在人类初期，便已由简单的生活经验中得知，哪些植物有毒、哪些植物吃了会招至腹泻或呕吐，以及哪些植物可以止血，甚至可以帮助消化。人类运用药草的时间甚至比用火更久远。无法考证人类究竟是由何时开始将植物运用在医疗上的，但在经过了数千年的演进，植物的疗效才被人们发掘和重视。
在古代各宗教仪式中，燃烧芳香植物，也是进行祭祀神灵或驱魔辟邪活动必不可少的。甚至现代，仍有不少宗教在进行活动时需要燃烧芳香物质。如佛教常燃烧檀香。
芳香疗法的历史源自人类用药草的历史开始，因为芳香疗法中所用的精油，源自于药草，属于药草治疗的一支。在早期人类用药草的历史中，可以处处看见精油隐身在药油膏或药剂中，发挥药效，为民服务。直到11世纪，由阿拉伯医生阿维西那（Avicenna）改良水蒸馏精油的设备以后，精油治疗才开始自药草治疗中区分出来。
中国：中国医学可追溯到公元前2800年的神农时代,神农尝百草始有医药。《黄帝内经》也记载了许多药草植物的治疗方法。明朝李时珍花了30多年完成的巨著《本草纲目》，则介绍了1892种药材，其中植物占了1094种，有1万1仟多种药方。影响至全世界。
埃及：公元前3000年，古埃及人已在医疗、美容、宗教、以及木乃伊的制作上使用芳香植物。乳香、丁香、肉桂、没药、雪松等都用来为尸体进行防腐处理；芳香油膏也是古埃及人在社交、宗教、美容上常用的，类似我们现代的香水。
印度：在印度古梵文（公元前2000年）的医典中也记载着，古印度草本医生运用檀香、姜、没药、肉桂、胡荽子等香油协同一些植物草药来治病，而这些古老的自然植物疗法记录已被现今西方自然疗法师推崇及研习。
印度的阿育吠陀（Ayurveda)，意为“生命的知识、生命的科学”，被认为是世界上最古老的治疗体系。
欧洲：1346年欧洲爆发鼠疫（又称黑死病），在短短4—5年间，鼠疫屠杀了至少三分之一的欧洲人口。在瘟疫流行期间，政府命令每晚需在街头燃烧松木及迷迭香等其他芳香植物；教堂、医院也经常用芳香植物烟熏，包括蛇麻草、胡椒和乳香；医生穿斗篷，带口罩，在口罩内涂肉桂、丁香等植物油膏；也有制作香丸或花环挂在脖子上、手上，如薰衣草、迷迭香；用芳香植物制作蜡烛等。人们知道所有芳香植物都具有抑制病菌的功能。
芳香疗法是20世纪的新名词，形容芳香药草内含的挥发油运用在美容、身心保健及治疗上。
1926年法国化学家盖特佛赛（GatterFosse），在实验室进行实验时发生小爆炸，使他的手严重烧伤，他立即将这只手浸于纯薰衣草油中，后来发现，他的伤口有惊人的反应，不但没有受到感染，而且完全没有留下疤痕。盖特佛赛发现薰衣草的治疗作用，1928年发表论文《芳香疗法》，首创Aromatherapie一词，就是“芳香疗法”。被誉为现代“芳香疗法之父”。
1950年—1952年间，尚.瓦涅(Jean Valnet)担任法国驻越南的外科军医，以精油治疗许多疾病和创伤。1953年返回法国后一直运用精油进行医疗治疗。曾任法国植物疗法与芳香疗法学会主席。1980年出版《芳香疗法之临床医疗》一书。
玛格利特.摩利（Marguerite Maury）夫人是奥地利裔的法国外科护士。她发展出一套以按摩为基础的美容医疗疗程，并且将芳香精油在身体上、精神上及保养上做出更完整的研究。她将芳香疗法引进英国，并在美容与日常生活的应用中推广。1961年著有法文版《摩利夫人的芳香疗法》，英文译本为《生命和青春的秘密》。被称为美容界的“教母”。
1977年罗勃特.滴莎兰德的《芳香疗法的艺术》出版，是英语世界的第一本芳香疗法专著，也使他成为英国芳疗界的先驱。
1985年英国创立IFA国际芳香疗法师联盟，主导英语世界芳疗教学的方向，影响深远。1993年是其全盛时期，当时英国约有90所大大小小的芳香疗法学校，60册以上的芳香疗法专书，5000名左右的执业芳疗师。
1990年德国芳疗师协会(Forum Essenzia)成立，该协会由医师、化学家、自然疗法师、专业护理人员、植物学家组成，定期出版内容详实严谨的芳疗期刊，以及三年一次的国际芳疗学术研讨会。
其他国外芳疗组织：美国整体香熏协会（NAHA）、加拿大芳疗协会（CFA）、……
芳香疗法已经在世界范围风魔起来，并已成为另类疗法中的显学，有愈来愈多的中、西医投身其中进行研究或临床应用；另一方面，它也是休闲产业SPA与美容界的流行宠儿。所以，芳香芳疗在大众心目中的评价，仍视其认识深浅而在两极间摇摆。
秦汉以来,国外香味药物通过丝绸之路传入我国,大大丰富和发展了芳香疗法的内涵,从宫廷贵族､豪门富户到平民百姓,莫不为之倾爱,人们随身应用香囊､香枕､熏炉等香疗方法己成为一种习俗｡相关论述也散见于医学文献中,《神农本草经》记载药物365种,并按四气五味阐述功能,较详细地阐明了芳香中药的一般药物性质,为后世运用芳香药物提供了重要依据｡
隋唐时期,中外交流日益扩大,芳香疗法及芳香药物有了进一步发展,出现了宫室薰香､佩带香袋､衣服喷香､沐浴香汤､妆锦香膏､品饮香茶等方法｡唐代国家药典《新修本草》补充了苏合香､阿魏､安息香､龙脑香等外来香药｡特别是五代李珣所撰的《海药本草》,收集芳香药物50余种,称得上是论述外来药物的专书｡
宋元时期,芳香疗法进入全盛,《太平圣惠方》中记载以香药命名的方剂达120首,还涌现了大量的芳香疗法专集,如洪刍的《香谱》､叶廷珪的《名香谱》､颜持约的《香史》等｡苏合香丸､安息香丸､丁香丸､沉香降气汤､龙脑饮子等著名的方剂也均出现在那个时代｡
到了明清时期芳香疗法的应用和研究有了长足的进步｡明代朱橚编纂的《普济方》中专辟了“诸汤香煎门”,辑录了明以前的经验良方,有香汤､香茶､薰香､焚香､香脂等各种芳香疗法｡李时珍的《本草纲目》更是广搜博采,收录芳香药近百种,分别在芳草､香木两类中详加考正和阐述,还介绍了芳香疗法的给药方式｡
清代的外治大师吴师机在《理瀹骈文》中对芳香疗法的作用机理､辨证论治､药物选择､用法用量､注意事项等作了系统的阐述,使芳香疗法有了完整的理论体系｡此外,在清宫医案中,除慈禧､光绪御用的香发方､香皂方､香浴方､香丸方之外,还记载了透脑闻药方､清脑闻药方､避瘟明目清上散､避暑香珠､清静香､避秽香等｡
2005年10月在由北京成人按摩职业技能培训学校提议的“芳香保健师”工种，得到国家劳动保障部认可，人民大会堂宣布确立为新职业工种。也肯定了植物精油在日常保健中的所起的重要作用。
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