简介
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种适用于研究蛋白质与生物体细胞中 DNA 相互作用的经典方法，这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰 。
将 ChIP 与第二代测序技术相结合的 ChIP-Seq 技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段，研究体内转录因子和靶基因启动子区域直接相互作用的方法，对于调控蛋白在基因组上的结合靶点筛选、差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决思路。
技术原理
在活细胞状态下固定蛋白质－DNA 复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的 DNA 片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。
适用研究
1. 筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点：针对转录因子、DNA/RNA 聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性的富集，分离纯化与之结合的靶 DNA 片段并测序，分析筛选到准确有效的靶位点、靶基因数据；
2. 揭示差异化表观遗传变异的原理：通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白及其他结合蛋白进行染色质免疫共沉淀测序并定量分析靶基因表达调控水平或针对同种组蛋白进行甲基化、磷酸化、泛素化修饰所导致的结合位点变异进行分析，即可准确揭示差异化表观变异原理；
3. 研究表观遗传变异疾病：借助染色质免疫共沉淀测序技术结合生物信息分析揭示由蛋白与 DNA 相互作用变异而引起的疾病的原理，明确表观遗传修饰在癌症等表观遗传变异疾病的发生发展过程中的具体作用机制。
实验步骤
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经典案例
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在 Developmental Cell 上发表的 《Convergent Transcriptional Programs Regulate cAMP Levels in C. elegans GABAergic Motor Neurons》 通过 ChIP-seq 研究了秀丽线虫的两个高度保守转录因子 UNC-30 和 UNC-55 调控的靶基因，这是首次在多细胞动物中原位表达水平转录因子的 ChIP-seq 实验。
研究揭示 UNC-30 和 UNC-55 这两个转录因子各自均调控近 2 000 多个基因的表达，而且非常有意思的是，它们共同调控 1 300 多个编码和非编码基因的表达。这些靶基因在多个神经元发育和可塑性具有重要调控作用的信号通路中行使功能。
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4. 高性价比：仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点
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