非新发现代谢物的命名
IUPA（InternationalUnion of Pure and Applied Chemistry）已经为化合物的命名制订了规则（系统命名法）。但是，这些命名规则下通常会出现名字非常长且复杂的化合物，因此化合物除了有系统命名法命名的名称外，通常会有一个更常用的较短的名称。如芦丁的系统命名名称为2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-3-[(2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-[[(2R,3R,4R,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-methyl-oxan-2-yl]oxymethyl]oxan-2-yl]oxy-chromen-4-one.
此外，化合物的命名也可参照以下数据库：
通常来说，CAS号码并不推荐大家使用，因为编码仅仅是数字的组合，但从这些数字看不出化合物的结构信息。相对而言，CID，SMILES和INCHI编码更能够展示化合物的结构。目前，CAWG推荐使用INCHI编码，因为这个编码为数据的交换以及数据库之间的联系提供了更好的格式。（国际化合物标识 INCHI 百度百科: https://baike.baidu.com/item/%E5%9B%BD%E9%99%85%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E6%A0%87%E8%AF%86/9649833?fr=aladdin）
因此，在研究报告中建议为代谢物提供一个名称（系统命名或者常用名）和一个结构编码。
新代谢物的鉴定
如果一个代谢物是首次被发现，那代谢物的鉴定需要提供充足的可以接受的佐证材料。通常这些佐证材料包括：提取，分离和纯化，然后进行元素分析，精确质量测量，串联质谱分析，NMR（1H，13C，2D）和其他光谱数据，如IR，UV等。
新代谢物的命名
首次鉴定的新的代谢物，其信息并未收录在PubChem中，所以正式的名称要按照系统命名法命名，通用名可以由作者自己定义。同时，额鼓励作者向PubChem提交新的结构，或发布结构代码（由IUPAC和NIST推荐的INCHI代码）。
未知代谢物的鉴定
在很多代谢组学数据中，有很多没有办法鉴定的未知化合物。比如上一篇文章中提到的第三，第四类鉴别（level 3 和 level 4）。那些被认为是有很重要的生物学意义的化合物最好能够严格地被鉴定出来。由于时间的限制，或者缺乏化学对照品，完整的代谢物鉴定并不是在每一个研究中都能实现。但是，很多情况下这些化合物往往在实验中具有统计学意义，被选为具有明显差异的化合物，因此系统的报告这些“未知的化合物”对于其他的研究者来说也是非常有意义的。
对于以质谱为研究平台的实验，以下信息需要推荐提供，保留时间，质谱图中的主要质谱峰的质荷比以及其串联质谱的信息（如果可以采集到）。
近期主要介绍了以质谱为分析平台的代谢组学研究报告中需要提供的基本信息，如果需要查询以核磁共振为主要分析手段的代谢组学研究需要提供的信息，请查看原文。😄
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