NIST
NIST数据库通常被认为是一个EI-MS数据库，但是在最新版的NIST数据库中也包含了234284张小分子化合物的ESI MS/MS质谱图，这些小分子包括代谢物的化学标准品、脂质以及生物活性肽等。
具体一点说，该数据库中含有从8171个化合物中获得的51216张离子阱质谱图，以及来源于7692个化合物的183068张CID串联质谱图（包含Q-TOF和QQQ质谱检测）。
值得注意的是，该数据库中包含了常见的ESI加合离子类型的母离子的碎片信息，除了正离子模式下常见的[M+H]+和负离子模式下常见的[M-H]-之外，还包含了[M+H-H2O]+，[M+Na]+，[M+NH4]+，[M+H-NH3]+ ,[2M+H]+，[M-H-H2O]−，[2M-H]−和[M-2H]2−等形式的加合离子数据。
很少有质谱数据库可以提供来源于不同加合离子的母离子的串联质谱图，这一点是非常有用的，因为在ESI电离源中，每一种化合物的主要的加合离子都是不一样的，另外，流动相的不同也会产生不同的加合离子，而不同的加合物母离子产生的碎片离子也不尽相同。例如小分子葡萄糖-6-磷酸，在使用甲酸或者含有铵的试剂作为流动相添加剂时，生成的主要的母离子分别为 [M+Na]+和[M+NH4]+离子，不同的母离子产生了不同的MS/MS质谱图（如下图）。
NIST数据库中小分子质谱图的采集使用了不同的低分辨和高分辨仪器，而且使用不同类型的碰撞池在不同的碰撞能量下采集了正负离子模式下的串联质谱图。所使用的质谱仪包括：热电的 Orbitrap Elite和OrbitrapVelos，安捷伦的6530，沃特世的TQD QqQ和Micromass Quattro Micro QqQ，以及热电的 LTQ IT/ion trap质谱。
NIST数据库为二级制格式，可以独立使用或者使用NIST MS Search软件进行数据检索。研究者可以使用NIST MS Search软件来检索自己实验中得到的质谱图，以及浏览匹配结果。
数据库中存储的质谱图包含了一下信息：电荷状态、分子量、分子式、化合物名称以及谱图采集参数。该数据库还提供一些特定仪器的数据格式（如安捷伦的ChemStation和MassHunter软件格式），以便于直接检索。NIST谱图可以导出为.msp格式的文件，该格式可以被大多数的厂商的数据处理软件所识别。此外，使用LibNIST数据转换软件，用户可以将自己实验中得到的谱图经过转换添加到NIST数据库中。因此，一些研究小组使用NIST数据库格式建立了一些小分子的数据库（https://chemdata.nist.gov/dokuwiki/doku.php?id=chemdata:start），与NIST数据库不同的是，这些数据库是免费的，网络开放获取的。
总体来说，NIST数据库是一个可以用于基于LC-MS代谢组学代谢物鉴定的全面的质谱数据库。虽然在最新版的数据库中已经为每一个化合物都添加了InChI命名，但是这些数据尚不能链接到其他代谢组学数据库（如KEGG、HMDB等）来对化合物进行进一步的分析。
NIST数据库可以以某种方式与大多数供应商软件连接进行离线检索。
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