方由多数药物组合而成，组合成方以后，能够兼顾病因、病位、病性，协同增效，并可制约某些药的毒副作用，更好地发挥其治疗作用。由于方是根据一定的理法组成，为了体现治法，药物之间也就反映了主从和相须相制等关系。古人借用君、臣、佐、使说明药物间的相互关系，形成了解释方剂的独特模式。但是，这一模式是从属于理法的，没有理法作为依据，君臣佐使也就失去依托而毫无价值。
君药：亦称主药，是针对病机起到主要治疗作用的药物。一首方应有一味或两味以上是主药。随着病情变化和病机重点的转移，主药也可随之变更，不是一成不变。臣药：亦称辅药。是协助主药增强疗效的药物，数量较多。结构简单的方剂亦可不用。佐药：是治疗兼证或制约主药、辅药毒副作用的药物。如果佐药的药性与主药相反，则称为反佐。结构单纯的方剂亦可不用佐药。使药：仅具调和作用，亦有引经报使之说。不居主要地位。
总之，用君臣佐使表示药物间的关系是可取的。但在配伍方剂或阐述方义时，应该注意两点：①方从法立，根据病机决定治法才是关键，治法决定以后，才用它来反映方的配伍关系，它是从属于理法的。临证组方，应该首先根据病机和治法组合方剂；解释一首方剂，也应以依法释方为主，君臣佐使为辅，不能本末倒置。②每方不必强分主次，能分则分，不能分则据理析方，使其活而不死。
兹举数方为例，说明如何运用君臣佐使理论解释方剂，体现药物间的层次和相互关系。
例一：麻黄汤由麻黄、桂枝、杏仁、甘草四药组成。用治恶寒发热，头痛身疼，无汗而喘等证。病机属于风寒束表，营卫失调。法当辛温解表，通调营卫。方中麻黄辛温发汗，宣降肺气，能够消除病因，调理肺卫功能，宣通津气壅滞，一药兼具三种作用，故是主药。桂枝既能温经通阳，增强麻黄发汗作用，协助主药解表，又能调营通滞，使血液流通，故是辅药。杏仁协助麻黄宣降肺气，调理功能，治疗兼证，是佐药。甘草缓急和药，是使药。此方说明了四个问题：一是君臣佐使四者全具；二是主药与辅药之间有相须作用；三是杏仁是治疗兼证的佐药；四是甘草是舒缓经隧药。
例二：小半夏汤由半夏、生姜二药组成。所治呕吐，属于脾湿生痰，痰浊上逆病机。法当祛痰降逆，才与此证机理相符。半夏燥湿运脾，祛痰降逆，是方中主药；生姜温胃散水，降逆止呕，既能协助主药祛痰降逆，又能制半夏之毒，故为辅佐药。此方说明了两点：①君臣佐使不必全俱；②生姜是制半夏毒性的佐药。
例三：左金丸由黄连、吴茱萸二药组成。是治肝郁化火、胁痛、呕逆、口苦的方剂。有清热疏肝，和胃降逆之功。病性属热，黄连自是主药；因有痛呕证象，故佐吴茱萸疏肝止痛，降逆止呕。此方说明了两点：①此方只有君药和佐药；②吴茱萸辛热之性与黄连苦寒之性相反，属于反佐。
例四：清瘟败毒饮由黄连解毒汤、白虎汤、凉血地黄汤三方加减而成。治气血两燔证候，体现解毒、清气、凉血、救阴之法。此方用黄连、黄芩、栀子、连翘清热解毒；石膏、知母、竹叶、甘草清泄气热；水牛角、牡丹皮、赤芍凉血散血；生地黄、玄参凉血增液；桔梗载药上行。此方任何一药都不可能兼顾四个方面。故以每组药中效力最强的药为主，其余药物为辅，黄连、石膏、水牛角、生地黄也就成为主药。此方说明了三点：①君药不限于一味，可由多数药物组成；也可将药物分组，指出某一组药为主，不必细分。②没有佐药。③病在上而用桔梗载药上行，属于使药中的引经药。例五：小承气汤是治热证便秘的方剂。热结便秘，法当苦寒泻下。故方以大黄泻热通便为主药；枳实、厚朴消除痞满为辅佐。
如将方中枳朴剂量加重，即《金匮要略》治胀痛而闭的厚朴三物汤。由于气机阻滞的胀痛变为主症，便秘属于兼证，故以厚朴行气宽胀为主，枳实下气消痞为辅，大黄通便为佐。
剂量一经变更，遂由苦寒泻下之方一变而为行气导滞之法。通过此方说明一首方的主药可以变更，不是一成不变。
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