母公司中标子公司施工的资质共享项目，在营改增后的税收风险风险主要体现以如下：
1、母公司中标的建筑项目全部转包给子公司施工，从而出现违法分包行为。
转包则指承包人在承包工程后，又将其承包的工程建设任务转让给第三人，转让人退出承包关系，受让人成为承包合同的另一方当事人的行为。根据《房屋建筑和市政基础设施工程分包管理办法》（建设部第124号令）第12条、13条和《中华人民共和国建筑法》第24条、28条、29条的规定，禁止将承包的工程进行转包。不履行合同约定，将其承包的全部工程发包给他人，或者将其承包的全部工程肢解后以分包的名义分别发包给他人的，属于转包行为。分包工程发包人将工程分包后，未在施工现场设立项目管理机构和派驻相应人员，并未对该工程的施工活动进行组织管理的，视同转包行为。基于此规定，常见的转包行为有两种形式：一种是承包单位将其承包的全部建设工程转包给别人；另一种是承包单位将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人即变相的转包。但不论何种形式，都是法律所不允许的，一旦查出，必须承担一定的法律责任。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(法释[2004]14号)第4条的规定,承包人违法转包建设工程的行为无效。人民法院可以根据民法通则第134条的规定，收缴当事人已经取得的非法所得。
2、母公司将其中标建设项目中的主体工程分包给子公司进行施工，或者母公司与子公司签订分包合同中的分包额超过整个中标合同额的50%，从而出现违法分包行为。
分包是指从事工程总承包的单位将所承包的建设工程的一部分依法发包给具有相应资质的承包单位的行为，该总承包人并不退出承包关系，其与第三人就第三人完成的工作成果向发包人承担连带责任。根据《中华人民共和国建筑法》（中华人民共和国主席令第46号）第29、《房屋建筑和市政基础设施工程分包管理办法》（建设部第124号令）第14条、《建设工程质量管理条例》（国务院第279号令）第78条的规定。违法分包，是指下列行为：
（1）总承包单位将建设工程分包给不具有相应资质条件的单位的；
（2）建设工程总承包合同中未有约定，又未经建设单位认可，承包单位将其承包的部分建设工程交由其他单位完成的；
（3）施工总承包单位将建设工程主体结构的施工分包给其他单位的；
（4）分包单位将其承包的建设工程再分包的。
发生违法分包行为将面临一定的法律风险，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(法释[2004]14号)第4条的规定,承包人违法分包建设工程的行为无效。人民法院可以根据民法通则第134条的规定，收缴当事人已经取得的非法所得。
3、母公司将工程转包给子公司不可以在工程所在地差额预缴增值税。
国家税务总局公告2016年第17号第四条第（一）项规定：“一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2％的预征率计算应预缴税款。”基于该税收政策规定，总分包企业要差额计征预交增值税的前提条件是，总包方必须跨县（市、区）提供建筑服务。因此，母公司中标的建筑项目，母公司不提供建筑服务，而是将建筑工程全部转包给子公司施工，则母公司在计征增值税和工程所在地预缴增值税时，其销售额不能扣除分包额，必须全额缴纳增值税。
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