顺治十四年，表面上拥立南明永历帝的两大势力开始兵戎相见。
当时永历朝廷中统辖大军的孙可望在贵阳举行誓师大会，发兵云南，进攻李定国、刘文秀为首的云南势力。他们三人原为张献忠帐下的顶梁柱，可以说是名副其实的实权派人物，可是随着孙可望篡夺帝位的野心日益膨胀，他们之间的关系也开始产生了裂痕。
这年八月，孙可望统兵十四万大军浩浩荡荡的向着云南进发。
南明政权再一次的内部倾轧，也同时改变着永历帝的命运。
李定国、刘文秀为了能够拦截孙可望的数十万大军，带领了三万的主力部队驻守在了曲靖。孙可望带领十四万大军抵达曲靖之后，发现李定国、刘文秀已经扎营列阵，遂下令让部将张胜、马宝带领军队从寻甸小路突袭云南，而自己则在曲靖死死的拖住李定国和刘文秀的主力大军。
可是战争还没有开始，孙可望的前锋统帅白文选就致信于李定国，自己愿意作为内应，让他火速和孙可望的大军交战，避免李定国、刘文秀的大军陷入腹背受敌的惨境。
刚刚收到书信的时候，李定国、刘文秀还不太敢出兵交战。因为这如果是孙可望授意白文选的诱敌之计，自己的这三万大军绝对不是孙可望的对手。
当白文选一再催促的时候，李定国、刘文秀终于决定相信白文选，主动出兵进攻孙可望的十四万大军。孙可望万万没有想到李定国等人会主动进攻，而且此时的前锋统帅白文选带兵冲到了孙可望的后军营帐中，一时间孙可望十四万大军的阵营大乱。
相互踩踏、竞相逃亡者数不胜数，孙可望眼看大势已去，带兵撤离曲靖。而这场交战之后，李定国匆忙带军回援云南，刘文秀则带领追杀孙可望的残兵。
等到孙可望带领残兵撤退到安顺的时候，安顺守将拒绝开城。孙可望无奈，只能绕过安顺城带领残兵逃回了贵阳。而此时孙可望派遣直接偷袭云南的一小部分军队也被李定国大军击溃，云南危机成功解除。
然而孙可望此次夺权溃败引发的后果远远要比他想象的严重。
孙可望的发兵本来就是为了夺权，可是孙可望可能忘记了，永历帝的价值也正在于此，他是整个南明势力的核心，也是各地反叛力量抵抗清军的精神支柱，孙可望的擅权谋位在很大程度上已经尽失人心。
孙可望在逃回贵阳之后，下令让冯双礼带领驻守在威清，同时令冯双礼如果看到刘文秀的追兵到达，则鸣炮三声以示警戒。但是在孙可望的命令刚刚下达，冯双礼就立马鸣炮三声，在贵阳的孙可望以为刘文秀追兵降至，带兵少数军队继续逃亡，一路途径偏桥、镇远、平溪、沅州等地，一一被拒之门外，曾经统帅十几万大军的孙可望犹如丧家之犬。
孙可望在走投无路之下逃亡到宝庆，投降清军。
南明势力的这次内部倾轧，让清军再一次看到了胜利的曙光。清廷下令三路大军出兵云贵两地，趁机剿灭南明残余势力。
吴三桂、李国翰带领大军出汉中，奔袭贵阳
赵布泰带领大军出湖南、广西，奔袭贵阳
罗托、济席哈带领大军从湖南南下，同赵布泰的大军徐徐推进
清廷大军猝不及防的进攻给与南明永历帝极大的震撼，刚刚经历内斗的大军还没有获得一丝丝的喘息之机，就要迎接清朝三路大军的围攻，形势一度开始恶化。
永历帝令李定国统领大军，负责统筹全局，李定国很快就开始了作战部署：
白文选带领大军扼守七星关
冯双礼带领大军扼守关岭
李定国带领大军扼守贞丰
这三个据点构成了拱卫昆明的三道战略屏障，在清军做好防御的同时，清廷再次下令派遣多尼带领大军进入云贵之地。至此，清军虽然分兵前进，可是多尼的到来无疑使清军的兵力得到了极大的补充。
多尼带领大军很快就朝着冯双礼驻守的关岭扑杀过来，冯双礼为了躲避清军锋芒，下令全军撤退。
吴三桂也带领大军朝着白文选驻守的七星关奔袭而来，可是七星关易守难攻，吴三桂为了能够直扑昆明，带领大军从小道突袭到了天生桥，逼近了云南。
赵布泰带领大军深夜渡过北盘江，重创了李定国的大军。
南明三道屏障屡屡被挫败，清军在突破这三道防御之后，合兵一处，准备围攻昆明。永历帝只好再一次踏上了自己的逃亡之路，逃到了永昌。
顺治十六年二月，吴三桂带领大军继续对于南明势力进行穷追猛打，力求彻底解决南明残余势力。李定国一方面掩护永历帝逃往缅甸，一方面带领大军在磨盘山的山间小道中设下四千伏兵，等待吴三桂的大军。
吴三桂一路抄小路追击，直逼李定国的大军。
当吴三桂的大军不断进军进入李定国的埋伏圈之后，李定国大喜，认为吴三桂此次必定全军覆没。可是让李定国万万没有想到的是，在吴三桂的军队进入到第二道埋伏圈之后，明军一名叫做卢桂生的官员突然反叛，告诉了吴三桂李定国设伏的事情。
吴三桂大惊失色，一边下令急速撤军，一边下令将大炮对准丛林疯狂的炮轰。李定国埋伏于丛林中的四千伏兵因为未得军令不能擅自出战，在吴三桂的大炮轰击之下岿然不动。
李定国眼看大事不妙，急令大军前往救援，这才重创的吴三桂的大军。
这场磨盘山血战，李定国损兵五千余人，吴三桂损兵一万有余，可以说是取得了重大的胜利。
清军的各路大军也因为战线拉伸太过漫长，唯恐粮草补给，撤兵返回了昆明。
永历帝一生几乎都陷入了逃亡的悲惨命运中，这一切也并没有随着各地反叛势力的崛起而变得平缓，反而在一步步的消耗着南明势力的最后力量，而永历帝心中的那个复国美梦也离他渐行渐远。
永历帝或是耿耿于怀也好，或是仰天长叹也好，有些东西注定要在历史的滚滚车轮中真正的成为历史。
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