孙可望投降清朝以后，把西南地区的军事部署情况全盘汇报给了清方；清廷决定乘此良机，进军云贵，彻底消灭南明永历朝廷，消除清朝统一天下的最大障碍。
清军计划一举攻占云贵地区
顺治皇帝计划由三路大军分进合击，直取贵州，然后再进攻云南。
因此，清廷调集了三路大军：
吴三桂所部清军从汉中出发，经过四川，往贵州挺进；
满洲将领赵布泰率领广西清军主力，从广西开拔贵州，途中又会合了清廷从湖南拨过来的一部清军，加强了这一路清军的实力；
满洲将领罗托统率湖广清军主力，再加上由拨来的江南洪承畴等部清军，由湖南直趋贵州；
清朝顺治皇帝
顺治皇帝一心要抓住这次大好战机，为了确保万无一失，他又任命多罗信郡王多尼担任总指挥，统率驻守北京地区的满洲八旗精锐，还把自己的御前侍卫以及王公、贝勒府中的护卫几乎全部抽调到军中，充实军力，专门去进军云南。
这就表明：清廷决意乘南明永历朝廷内乱之机，意欲倾全力于一击，先取贵州，再攻云南，彻底消灭永历朝廷，毕其功于一役。
反观南明方面，永历朝廷与李定国的应对措施极其不当。
南明永历朝廷的擎天柱——李定国
本来贵州前线一直非常稳固，可李定国考虑到各处关隘的守将大多是孙可望的旧部，对他们很不放心，就把他们全都调回云南，换上了自己的部将。
此举导致贵州防线军心大乱，士气就此涣散。
当清军攻过来时，明军大多不战而逃，纷纷奔回云南。
于是，长期处于对峙状态的湖广、川贵防线瓦解崩溃了。
在此情况下，清军很快就占领了贵州。三路大军会师，同时出兵对云南发起进攻。
李定国这时才急忙调兵遣将，但是为时已晚。
清军大兵压境，李定国调兵遣将
清兵三路进攻云贵是在二月里，李定国直到七月里才开始备战。他一直在忙于平定孙可望亲信在云南境内的势力，耽误了备战的时机。
本来，在清军统帅多尼未赶到贵州之前，吴三桂、赵布泰、罗托等三路清军各驻一地，互不统属，兵力分散，尚未形成合力。
如果李定国及时迎战，抓住这一时机，集中优势兵力，攻击消灭一路清军，就能够打乱清廷的军事部署，瓦解清军对云贵的进攻。
七月间，李定国率军来到贵州关岭，集合众将誓师，表示要誓死报国。可是，在誓师以后，定国并没有发动进攻，却在观望、徘徊之中，丧失了战机。
清军三路大军会师，多尼又率北京八旗精兵赶到前线，对明军发动大规模的攻击。
三路清军顺利会师，开始进攻贵州
李定国这才匆忙派大将冯双礼扼守距离贵阳仅有数十里的鸡公背山岭，阻击清方多尼的中路军；
又派大将张先璧据守南盘江的黄草坝，来阻击清方南路的赵布泰军；
李定国亲自据守守北盘江的铁索桥；此时，李定国还想以此三路兵马去收复贵州。
同时，李定国还派遣大将白文选率军四万人，出西路，去镇守七星关，摆出进攻遵义的态势，实际上则是想牵制住吴三桂的军队，以保证其他三路军的顺利阻击。
但是，李定国没有料到几路明军都处于河流湍急或深山峻岭之处，粮草辎重无法运送，士兵们吃不饱肚子，丧失了大半战斗力。而且，白文选与冯双礼等部相隔甚远，无法联系，各自处于孤危之地，战时不能互相支援。
因军事部署不当，明军无力抵挡清军的攻势
结果，几路军队中，张先壁、冯双礼被清军击败，白文选被吴三桂截断了退路，明军一片大乱，纷纷溃退。
大势已去，永历朝廷开会讨论下一步的退路。最后，永历帝决定逃往滇缅边境，一旦清军逼来，就推进缅甸境内。
就这样，永历朝廷离开了昆明，李定国贴出告示，告知百姓们逃出城去，免遭清兵屠杀。这时，昆明百姓才知道前方吃了大败仗；惊慌之下，满城百姓追随着永历帝仓皇出逃。
李定国只得放弃昆明
到了1659年的正月，清军继续猛追，永历朝廷一直逃到永昌，才暂时喘了一口气。李定国请求允许他坚守永昌东北的重镇大理，作为永昌的后备。
永历批准了李定国的请求。
李定国到达大理不久，白文选率溃兵撤退到这里，手下部队尚有一万多人。
李定国率领数百骑兵出城迎接白文选。白文选一看见李定国，就不胜愤激。
南明巩昌王白文选
白文选一边流泪，一边斥责李定国：
“皇上把全国全军以及恢复明室江山的重任，托付于您；今天惨败至此，谁来承担这个罪责？您先撤兵走了，可曾看见无数万百姓抢天呼地，惨遭清兵的刀枪屠戮吗？”
李定国忍不住大哭：“事既如此，夫复何言！惟本此孤忠，死而后已，以报君父，以结此残局。”
眼见李定国如此悲痛，白文选也不忍心再加斥责，便收住了眼泪，说：“皇上已经走了，请您先行一步，由我来留守断后吧。”
于是，李定国又回到永昌。大理北边有一个玉龙关，是通往永昌的要道，白文选率领残部驻守在那里断后，准备阻击清军。
李定国与白文选是南明最后的领军人物
永历帝在永昌暂时得到喘息，便下了一道“罪己诏”，斥责自己丢失云南的过失。
李定国自知指挥失误，才招致如此惨败，就主动上缴永历帝赐给的象征统帅之权的“黄钺”，请求朝廷给予自己削职降级的处分。
永历不同意，说：“是国之祸，王何罪焉！”
南明永历皇帝朱由榔
吴三桂率清军主力追来，打败了白文选，占领了大理。李定国急忙派兵护送永历帝撤离永昌，自己留下来阻击吴三桂的清军。
接下来，为了教训一下骄狂的清军追兵，李定国在磨盘山精心部署了一场歼灭战。
这场历史上著名的磨盘山大战，成为李定国军事生涯中的最终绝唱。
因为叛徒卢桂生偷偷从李定国军中逃走，投降了清军，向吴三桂告密，导致李定国伏击全歼清军的计划落了空，伏击战成了遭遇战。双方展开了一场惨烈的肉搏战，最终，双方都伤亡惨重。
磨盘山血战之后，永历帝与李定国失去联系，不得不逃往缅甸。从此，这对君臣一直到死，再也没有见过面。
磨盘山一战，明军功亏一篑
白文选得知永历帝进入缅甸，就率部去迎接永历帝。可是，永历帝却被缅甸方面的人威逼着下诏，让白文选撤兵而去。
随后，李定国与白文选合兵一起，多次前往缅甸，要营救永历帝出来；但永历帝被奸佞马吉翔欺骗蒙蔽，屡屡错失脱险的机会。
最终，新上台的缅甸国王在吴三桂大军的逼迫利诱之下，把永历帝交给了清军。
1662年6月，在得到清廷的同意之后，吴三桂在昆明把永历帝朱由榔父子用弓弦勒死了。
为清朝充当鹰犬的降将吴三桂
消息传来，正在滇西一带活动的李定国悲痛万分，不久就病死于军中。
此前，白文选虽然决意要跟随李定国坚持抗清，但是，他的部下将领却因前途无望，产生了动摇。在吴三桂派来劝降的老战友马宝、马惟兴等人的极力劝说下，白文选最终被部下将领挟持着，投降了清朝。
孙可望投降清朝，对南明永历朝廷确实有很大的不利影响；但是，只要李定国大公无私，安抚好内部将士们的情绪，整军备战，加强前线的防御工作，那么，南明军队还是能够抗住清军的进攻的。
可惜，为了巩固自己在永历朝廷的地位，李定国猜忌排挤善得军心的刘文秀，歧视忠于抗清事业的孙可望旧部将士，搞得内部人心涣散，失去了凝聚力。
当清军进攻的消息传来以后，李定国又不当机立断，竟然徘徊观望了几个月的时间，坐等几路清军顺利会师，错失了战机，终于，在强大的清军面前，李定国纵然英明神武，也无力回天了。
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