随着食用菌产业的发展，食用菌栽培后产生了大量的菌渣。但是由于近期环境保护加大力度，按照有关部门规定，菌渣不能直接燃烧，也不能堆放在房前屋后、田间地头：直接燃烧不仅会污染空气还会造成资源浪费，而堆放会给附近居民生活造成严重影响，也给下一季食用菌生产环境带来杂菌污染。如何实现菌渣资源化利用，规模化、标准化处理，提高食用菌生产综合效益，已成为当前食用菌产业亟待解决的新课题。今年，如何处理菌渣成为摆在菇农们面前的大难题，这里介绍一种简单实用处理菌渣用作肥料的方法，农民朋友自己稍加处理即可。
食用菌菌渣含水量为30%~55%，粗蛋白含量5.80% ~ 15.44%，粗纤维含量2.00%~37.11%，粗脂肪含量0.12% ~4.53%，粗灰分含量1.56%~35.87%，无氮浸出物33.00%~63.50%，钙0.21% ~4.59%，全N、全P、全K总养分含量2.72% ~ 5.39%，C∶N一般在30∶1以下，p H值在6.0 ~8.0，大多数菌渣的有机质含量达到了45%以上。由于菌渣中蛋白质含量较食用菌栽培原料提高，糖类、有机酸类、酶类和生物活性物质含量丰富，是综合利用的优良基质。
目前菌渣肥料化发展迅速，将废弃菌渣用作有机肥料，菌丝在生产过程中分泌的一些生物活性物质，能够分解复杂的有机物，抑制部分土传性病害，对有害菌繁殖有较好的抑制作用，能够有效地控制和减轻地上病害和土传病害的发生，减轻危害程度，促进植物生长。但是食用菌菌渣不能直接施入田中，这是因为菌渣腐解不完全，直接施入农田肥效作用小，腐解速度慢，会影响到植物的生根和成活，所以不能直接使用菌渣做肥料。可以在菌渣中加入适量鸡粪和水进行发酵，然后把发酵好的菌渣施入土壤中种植其他农作物，另外可以在菌渣中接种高温纤维菌，缩短发酵时间，这样不仅可以提高菌渣的综合利用价值，还能提高作物品质及产量。菌渣肥料已经过实践证明会使作物品质更好、效益更高。菌渣肥料既可以应用到蔬菜、果树中，也可以施用到小麦、玉米、棉花等经济作物，每亩用量约为0.5-1吨，大棚蔬菜中可增加至每亩1-2吨。这种方法简单、实用，不仅解决了菇农处理菌渣的难题，还带来了经济效益，有利于实现生态农业循环经济，增加产业效益，值得大力推广。
此外还有一些处理菌渣的方法：用作二次种菇的培养料、生态修复材料、养殖场的发酵床垫料、燃料、获取生物活性物质、畜禽饲料。不过菌渣发酵用作肥料更加方便、环保，经济价值更高，不仅可以保护环境，还能大大节约成本，带来一定的经济效益，实现了农业资源的再利用。
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