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《遗传的革命》| 砚尘解读
关于作者
内莎·凯里是表观遗传学领域的专家。虽然表观遗传学是一门新兴学科,但凯里已经在该领域研究了二十年,是较早对表观遗传学产生兴趣的学者之一。此前,她还主攻过免疫学、病毒学、人类遗传学、分子生物学等等,学术背景丰富;并在制药行业工作了十三年,了解老百姓的健康需求。

关于本书
本书是表观遗传学的科普佳作,虽然早在1942年就有了“表观遗传学”这个概念,但在整个20世纪,主流的生物学家们都对基因的研究趋之若鹜,表观遗传学研究被低估了。

直至2000年人类基因组测序完成,基因研究的基础工作告一段落,人们才意识到,还有许多问题是基因不能解释的。而表观遗传学可以解释这些问题,并且随着研究的深入,取得了几项惊人的成就,如克隆、干细胞移植等。本书用通俗的案例,替我们梳理了表观遗传学的发展、应用前景、以及这些技术如何改变了我们对生命的理解。

核心内容
表观遗传学是一门革命性的学科,它改变了传统遗传学的研究重点,不再以基因本身为中心。它让我们知道,就算基因没变,表型也是有可能改变的。表观遗传学修饰四两拨千斤,会因为生物本能和环境因素调节基因的表达,改变我们的表型。
前言
你好,欢迎每天听本书。本期音频为你解读的是《遗传的革命》,说到遗传,我们最容易想到的就是基因,也就是具有遗传效应的那部分DNA。通过基因,父母可以把他们的特征传给子女,这就是遗传。那么,如果我们能确定哪个基因控制哪个特征,是不是就能像乐高积木一样拼装生物体了呢?这一直是生物学领域的研究热点。

在2000年的时候,基因研究有了重大突破:六个国家的科学家联合起来,完成了人类所有基因的测序。很多人觉得,这下我们就拿到一份“人体说明书”了,连有遗传病都不用害怕,检查到缺陷,赶紧修补就行了。但我们在生活中也能发现这种情况,高个子父母的孩子身高却不太高,高个基因为什么没遗传下来呢?是基因出了什么问题吗?这个现象让科学家们意识到,在基因编码之外,可能还有一只看不见的手在调控基因的表达,它能让完全一样的基因表现出不一样的性质,而且这个性质还可以遗传给下一代。这就是表观遗传学,这里的“表观”指的是生物体的“表型”,说的是一个生物体的形态或者功能上的表现,像是身高、肤色、酒量等等都是表型。

这个结论一出,颠覆了原来人们对遗传学、对生物结构的看法。它让我们知道,原来就算拿到所有的基因测序,也不能完全解释生物的进化和发育。而同样的基因变现出不同的形态,也是我们解释地球上生物多样性的重要理论工具。

本书作者内莎·凯里是一个表观遗传学家。她的学术背景很丰富,主攻过免疫学、病毒学、人类遗传学、分子生物学等等,后来还走出了象牙塔,在制药行业工作了十三年,知道老百姓的健康需求。在这本书里,作者就结合许多贴近生活的例子,来帮助我们理解表观遗传学这门前沿的学科。

下面我就通过三个问题来详细讲述本书内容:第一个问题是,为什么说表观遗传学是一场遗传领域里的革命?第二个问题是,表观遗传是怎么实现遗传的?第三个问题是,在未来这门前沿的学科,能给我们带来什么?

第一部分
先来说说为什么表观遗传学是一场遗传领域里的革命?表观遗传学提出,基因只是影响表型的一个方面。除了基因本身包含的信息,一个基因能不能表达、或者能够表达多少,也会影响表型。于是,当大家都把基因捧成明星的时候,表观遗传学家却在边上观察调节基因的开关,并且开创出一片遗传学的新天地。

表观遗传学不光是研究的重点“非主流”,研究成果里面还有许多革命性的观点。

就拿我们刚才说的举例子,如果生物体的基因没变,表型怎么会变呢?答案就是,后天的刺激,让生物体的表型改变了。它在生物学里有个专有名词,叫“获得性遗传”,它是由19世纪的生物学家拉马克提出的。最近几十年以来,这个说法已经被人们彻底否认。它是说,物种后天出现的什么特征,也是可以遗传给下一代的,比如如果父亲被太阳晒得很黑,那孩子生下来皮肤就会很黑。这个说法听起来就有点不靠谱,现在人们会更相信基因,也就是说,孩子的皮肤黑不黑,得看父母的基因是什么样的。

但是现在,表观遗传学发现的许多案例都告诉我们,获得性遗传,确实存在,在2015年,权威科学杂志《自然》和《科学》都刊登过这类文章。这本书里也介绍了一个案例,就是发生在1944年的“荷兰饥饿冬天事件”,我们熟悉的影星奥黛丽·赫本是这次事件的幸存者。因为荷兰的医疗资料保存得很好,刚好可以充当表观遗传学的研究数据。科学家就研究了一群特殊的孕妇,她们在怀孕前三个月经历了饥饿冬天事件,三个月以后,饥荒过去了,她们赶紧调养,把营养补上,当时生下的婴儿体重是正常的,但是,当这些婴儿成年以后,却有特别多的人都是肥胖者。

为什么会这样呢?科学家猜想,这可能是因为,怀孕头三个月是胎儿细胞发育的高峰期,为了适应低营养状态,细胞内发生了一个表观遗传学改变,通俗地说,就是调节了细胞的代谢,把它们修改成了“节约食物”模式。这样一来,当孩子长大了,哪怕摄入正常的热量,对细胞来说也太多了,所以就容易肥胖。

如果这还容易解释,那接下来还有更奇怪的事。科学家继续调查了这些婴儿中的女性,她们生下的第一个孩子,又有很大比例一出生就超重,照道理,第二代婴儿的基因是正常的,他们的母亲也没有经历过饥饿冬天,他们为什么会超重呢?你可能想到了,答案还是表观遗传学的改变。仔细想想,这个结果还挺让人吃惊的,上一代人经历的饥荒会影响我们的代谢,我们不仅遗传到了上一代人的基因,还要为他们的习惯买单。

这事儿离我们一点也不远,我们身边就有例子。现在生活水平好了,很多人年纪轻轻就得了“三高”,很多人都觉得这是现在年轻人不知道控制饮食。但如果按表观遗传学的观点,这里面可能还有另一个原因。我们的父母和爷爷奶奶,都曾生活在食物紧张的年代,后来条件改善了,“节约食物模式”的基因还是传给了我们这代人,稍微多吃一点,“三高”问题就跟着来了。

表观遗传学除了让科学家们重新审视“获得性遗传”之外,作者还提到了一个更颠覆发现。我们知道,身上的每个细胞都是有寿命的,它从一个新生的细胞逐渐衰老,那这个过程可以倒回去吗?让衰老的细胞重新容光焕发?

听着有点不靠谱,我们先按照正常的发育顺序来看:一颗受精卵先通过分裂来自我复制,在受精发生的头几个小时里,生成的细胞叫做胚胎干细胞。干细胞这个词我们经常听到,它可以自我复制,还能够分化成其他细胞。干细胞也有很多种,胚胎干细胞是最全能的一种,它会分化成身体的各个细胞,变成不同组织和器官,这是我们熟悉的过程。细胞的分化不可逆,神经细胞永远不会变成肝脏,牙齿细胞也不会长出头发,用表观遗传学的术语来说,这叫做“沃丁顿表观遗传学”,提出者沃丁顿,称得上是表观遗传学研究的鼻祖了。他打了个生动的比方,来解释生命初期的细胞分化。

沃丁顿说,在山顶上有个小球,山底下呢,有很多的凹槽。如果把球滚下山,它会顺利落到某一个凹槽里,但如果要把它从一个凹槽移动到另一个凹槽,就很困难了。这就跟细胞分化的过程一样,决定好了发育方向,就不能变来变去了,在表观遗传学领域,“沃丁顿表观遗传学”可以说是举足轻重,不过,后来的科学家却硬生生把小球推回了山顶。其中最有名的,是剑桥大学的科学家约翰·格登。

他本来也是顺着沃丁顿的思路在想,细胞滚下小山之后,有些基因它就终生用不上了。比如,细胞想替全身输送氧气,就得能制造血红蛋白,这本来是血液里红细胞的任务,那肝脏细胞不用管这件事,它有没有把制造血红蛋白的基因扔了呢?理论上,只要有办法把肝脏细胞变成红细胞,我们就能证明肝脏细胞还保留着制造血红蛋白的基因,但根据沃丁顿理论,这做不到啊。可格登却做到了。他用到的是“细胞核移植技术”。

我们知道,细胞最重要的组成部分是细胞核和包裹着它的细胞质,细胞核里包含遗传物质,细胞质主要提供细胞营养。细胞核移植技术,顾名思义,就是把细胞核替换掉,就像心脏病人移植他人的心脏一样。用这个技术,格登把蟾蜍的身体细胞移植到了没有受精的卵子里。这样一来,卵子就有了身体细胞的基因。照道理,这些基因应该不能发育成完整的蝌蚪,因为它如果是肝脏细胞,就只有肝脏的基因,是皮肤细胞,就只有皮肤的基因。可实验结果却是,格登培养出了正常的蝌蚪,这说明,细胞并没有把用不到的基因扔掉,只是把基因的表达关闭了。如果条件合适,滚下沃丁顿小山的小球还可以爬上山,实现“逆生长”。

这个实验,是表观遗传学领域的重大突破,后来大家都知道的克隆技术,就是格登实验的翻版。所以,格登荣获2012年的诺贝尔生理学或医学奖,一点儿也不令人意外。而跟他一同获奖的日本科学家山中伸弥,也在研究那些被关闭的基因,他想更具体地知道,细胞如何“返老还童”。

山中伸弥在老鼠身上找到了四种特殊的基因。虽然老鼠身上有两万种基因,但只要这四种基因共同作用,已经分化的细胞就会变回干细胞,也就是细胞滚下沃丁顿小山之前的状态。科学家可以按照自己的意愿,让它们重新滚下小山,分化出需要的细胞。这事就跟时光倒流一样。

回顾下我们刚才说的,获得性遗传和体细胞重新编程,都是表观遗传学领域革命性的研究结果。这些研究提醒我们,基因不是遗传的全部,是不是携带特定的基因当然重要,但我们也想知道携带了特定基因以后,它能不能表达。这里面有什么规律吗?这就是接下来要谈的表观遗传具体是怎么遗传的?

第二部分
在回答这个问题之前,我们先来梳理一下,在不考虑表观遗传学的情况下,基因怎么控制我们身体的性状。我们知道, DNA 是双螺旋结构,身体要读懂它,先得把它拆开,变成一条单链,然后,拿这个单链做模板,制造一条跟它配对的单链,新的单链叫做信使 RNA 。它就像是 DNA 和身体之间的信使,负责传递信息,细胞里有个专门的结构,可以把信使 RNA 翻译成蛋白质。

整个过程听起来有点复杂,双链又是拆开、又是重新配对,为什么不能直接读取 DNA 呢?因为直接读取可能会损坏 DNA ,我们可以拿生活中的例子来打比方:假如我们要引进泰勒·斯威夫特的新唱片,她的唱片公司可不会把珍贵的原始录音,也就是母带,直接给我们。我们只能得到一个翻版唱片,用这个翻版再去制作唱片和其他格式的音乐,像是 MP4 等等。这里的“母带”就相当于 DNA ,“翻版唱片”就是信使 RNA 。虽然也可以直接用母带来制作 MP4 ,但指不定会把母带弄坏。丢了歌事小,但是删了一段 DNA 那影响可就大了,所以唱片公司只肯提供翻版唱片,用它制作的“MP4”就是蛋白质。这些蛋白质会影响我们的表型,以及我们的生理功能。比方说,胰岛素就是一种蛋白质,少了它,血糖就会升高。

了解了这个过程,我们再考虑加了表观遗传的情况,它是怎么调控基因的表达,或者说影响蛋白质生成的呢?很简单,如果想少生产一点蛋白质,就给刚才说的任意一步反应设置个障碍,比方说,让 DNA 单链不能制造成信使 RNA ,或者让负责读取信使 RNA 的结构失灵;反过来,如果想多生产一点蛋白质,就想办法促进中间的反应,让它复制出更多的蛋白质。

那要多大的力气才能阻止或促进这些反应呢?我们的身体很懂得四两拨千斤的道理。作者在提到表观遗传对基因的作用时,会用“修饰”这个词,之所以叫“修饰”,就是因为它的改变非常微小。

有多小呢?举个例子,有一种修饰叫 DNA 甲基化,指的是在 DNA 上连一个甲基基团,跟 DNA 的大小比起来,连上去的这个基团就像粘在网球上的小葡萄,不太起眼,但是效果很大。甲基化以后,这个 DNA 可以吸引特定的蛋白,联手去阻止信使 RNA 的生成。这样,基因就没法表达了。我们之前说的“细胞滚下沃丁顿小山”,这个过程就发生了许多 DNA 甲基化反应,来阻止基因的表达,比如肝脏细胞的 DNA 甲基化以后,就不能制造血红蛋白了。 

还有一种更精细的调控方式,叫组蛋白乙酰(音同“先”)化。组蛋白是一些包裹着 DNA 的蛋白质,乙酰化就是连上一个乙酰基团,这个基团比刚才说的甲基基团略微大点,但跟组蛋白比起来,也是非常小的一个修饰,组蛋白乙酰化可以控制信使 RNA 的生成,不过,这种修饰是非常不稳定的,可能这边粘上去五个基团,那边又掉下来三个。听起来不好用,换个角度看,也正因为它不稳定,所以多了许多变化,不像开关只能全开或者全闭,组蛋白乙酰化好比收音机的音量旋钮,可以控制基因表达的程度。而且这种不稳定的修饰,装上、拆下很方便,很适合作为临时调节的开关,当细胞内部或者外部环境变化的时候,组蛋白乙酰化经常发生。

生活中比较常见的,就是女性乳腺细胞的组蛋白乙酰化了,它的修饰程度会根据体内雌激素的情况波动,有的人月经来潮前会感觉胸胀,其实就是组蛋白乙酰化的调节,导致了乳腺细胞的增殖。

我们身体的各个部位,会发生不同的表观遗传修饰,有时候还会两种方式双管齐下,来调节基因的表达。既然是开关和旋钮,我们可以想象得出,表观遗传修饰不是一锤定音的,它会陪伴我们一生。那么,表观遗传修饰会在什么情况下发生的呢?大致有两种情况。一种是生物的本能,像是生物繁衍的压力;一种跟环境的因素有关。

先来说说生物的本能。我们经常会猜测:赵薇的女儿有大眼睛基因,姚明的女儿有长腿基因等等,但这是随机的遗传,孩子也可能遗传不到。而表观遗传学修饰要更有识别度,它们会更直接地声明,“我是来自爸爸”,或者“我是来自妈妈”。为什么要宣示主权呢?这跟生物繁衍的压力有关系,雄性和雌性面临的繁衍压力是不一样的,在基因层面上就会做出不同选择。

具体来说,双方都想把自己的基因传下去,很显然,发育健壮的胎儿存活的可能性就高一点,怎么衡量发育健不健壮呢?新生儿的体重就是一个指标,于是,为了传下自己的基因,父亲就希望孩子尽可能重一点。但是对雌性来讲,生孩子是个鬼门关,真要生出个巨婴,母亲自己可是会有生命危险的,她要面对的繁衍压力应该是:孩子要存活,但别长太大。

表观遗传修饰很懂得父母双方的心思,我们前面说过,表观遗传修饰是个开关,孩子是大是小,它可以参与调节。比方说,父亲和母亲都有一些基因片段跟“强壮”有关,但是,只有来自父亲的“强壮”基因会表达,母亲的这个基因片段上有一个小修饰,不能表达。这样,孩子就不会因为两个“强壮”基因都表达了而长得太大,比如,老鼠身上有个促进生长的基因。科学家破坏掉雌性老鼠的这个基因,它们还是能生下正常的后代;但如果破坏掉雄老鼠的这个基因,后代就会比正常的老鼠小很多。这类表观遗传修饰只发生在父母一方的基因上,我们把它形象地称为“印迹”,就像父母拿印章在基因上盖了个戳一样。印迹通常是因为生物的本能而产生,对生物健康非常重要,并不是多此一举。

除了繁衍的压力,环境的刺激也会改变表观遗传修饰,我们吃的食物、去过的地方,都在影响表观遗传。关于这一点,科学家最喜欢研究同卵双胞胎,同卵双胞胎的基因是相同的,经历的事情却不太一样,表观遗传修饰就有了差异。科学家发现,随着年龄的增长,同卵双胞胎的表观遗传修饰差别会越来越大,这在分开生活的双胞胎身上更明显,因为他们经历的环境差别更大。他们身边的人越来越容易分清俩人的差别,健康状况也大不相同,可能双胞胎里的一个得了遗传病,另一个却很健康。

说到这里,你可能会想到很多讨论先天基因对人的影响大,还是后天环境对人的影响大的书,比如每天听本书就解读过一本《先天后天》,现在科学家们也已经基本确定,人会受两者的共同影响。那现在,也许我们可以把这个结论往前推进一步,那就是:受后天环境影响的表观遗传,和基因一起影响了我们。

上面说的这些,就是表观遗传修饰是怎么发生的。简单说来,我们的身体就像一台精密的机器,基因替我们配好了硬件,表观遗传修饰则像一个技工,当我们面对繁殖的压力或者环境的变化时,这位技工就会调节起开关,让我们的身体能好好运作下去。也正因为表观遗传修饰对我们的身体很重要,所以,当这位技工粗心或者失手的时候,后果就会很严重。有没有补救的方法呢?科学家正在努力摸清这位“技工”的脾气,想借助它的潜力,解决医学难题,真正实现革命性的突破。这就是接下来要说的,表观遗传学会有哪些值得我们期待的应用前景呢?

第三部分
前面已经说过,表观遗传学领域诞生过许多的奇迹,超出了我们的想象,比如小时候,很多人会羡慕孙悟空,拔根毫毛就能吹出许多小猴子。仔细想想,这不是跟约翰·格登的实验很像吗?用体细胞能“制造”出如假包换的蟾蜍,那我们如果要制造一个细胞,或者一个器官,不是更加小菜一碟了?

这不是异想天开,表观遗传学的确给细胞移植和器官移植带来了新希望。过去,需要器官移植的病人有两大难题:一个是供体短缺,要等到合适的供体不容易;另一个难题是,做了器官移植手术后,病人的免疫系统可能会出现排异反应,严重的话也会危及生命。但是,如果我们能用表观遗传的原理来制造器官,就能彻底解决这两个难题。患者可以用自己的皮肤细胞进行体外培养,然后让细胞爬上沃丁顿小山,重新分化成我们需要的细胞和器官。这个操作不需要依赖器官捐献者,加上它本来就是来自病人自己的身体,不会出现排异,一下子把两个难题都解决了。

假使这项技术成熟了,许多疑难疾病也可以用细胞移植,一劳永逸地根治。比方说1型糖尿病,它的病因是制造胰岛素的细胞罢工了,患者只好每天注射胰岛素来维持生命,可如果能直接移植制造胰岛素的健康细胞,或者移植一个产生这些细胞的胰腺,那么问题也就彻底解决了。

这些技术上的好处是显而易见的,但更重要的是,作者提到,表观遗传学还给了我们一种新思路,去看待疾病产生的原因,对病因非常复杂的疾病,比方说癌症,表观遗传学也会有用武之地。

过去,对癌症的研究集中在对基因的研究上。科学家认为,不同的癌症可能跟不同的基因突变有关系。所以,他们就花了很大的精力去寻找可疑的基因突变,想要确定基因跟癌症的对应关系。但是人类的基因数量太多了,光是找到对应的基因就不容易了,找到以后,还不一定有办法能扭转突变。比方说女星安吉丽娜·朱莉,查出了和乳腺癌相关联基因的突变,你可能听说了,她预防性地切除了乳腺,因为没办法让这个基因回到突变前的状态。但还有很多癌症并不是基因突变引起的,我们了解表观遗传学就知道,有时候,基因是不是表达,跟它本身是不是正常并不划等号,可能基因是正常的,只是表观遗传的小修饰让它沉默了。在癌症里也一样,如果癌症的抑制基因只是碰到了错误的表观遗传修饰,抑制基因失去作用了,那用药物来逆转这种修饰,是不是要比改变基因本身容易多了?

上面说的这些,都是可以确诊的疾病。但是有些问题,轻微的时候不能算是疾病,我们很多人都会碰到,严重的时候又很难治愈,比方说,心理问题,不管是一般人感受到的情绪问题,还是精神病人的极端症状,都涉及到大脑中许多复杂的反应。可因为大脑本身是无比重要的器官,让人不敢轻举妄动。而表观遗传学的研究,或许能帮我们发现一个新方法。

举个例子,生活经验告诉我们,碰到压力,有的人容易焦虑,有的人就不放在心上。在老鼠身上也一样,有的老鼠对外界刺激很敏感,科学家把它们叫作“跳跃小鼠”,有的老鼠就没啥反应,也就是“冷静小鼠”。这是基因决定的吗?其实,这是表观遗传决定的。

科学家发现,在老鼠出生后的10天内,母亲的舔舐和清理,可以激活它们大脑中的一个酶,这个酶会参与到表观遗传修饰里,让皮质醇受体基因的表达程度更高,这个基因能让人放松,那么它表达程度更高的小鼠自然就是冷静小鼠。在自然状态下,要激活大脑里的这个表观遗传修饰,只有一段很短的黄金时间,也就是出生后的10天内,错过了这段时间,修饰就加不上去了。

所以我们原来说,要改变本能的反应是困难的。但现在,我们可以用药物来改变表观遗传修饰,经过处理之后,跳跃小鼠可以变成冷静小鼠。不仅在小鼠身上是这样,科学家还发现,人类的很多性格和行为都跟大脑中的表观遗传修饰有关。这些过去难以对症治疗的问题,未来有望通过表观遗传来解决,像是阿尔茨海默症、抑郁症,表观遗传修饰还可能改善酒精上瘾、记忆力衰退、学习能力障碍等等。我们过去归结为心理的弱点或者改不掉的习惯,很可能是一种表观遗传修饰的异常,是有办法解决的。

总结
说到这儿,本期音频的内容就聊差不多了,下面来简单回顾一下本期音频为你分享的内容。

表观遗传学是一门革命性的学科,它改变了传统遗传学的研究重点,不再以基因本身为中心,它让我们知道,就算基因没变,表型也是有可能改变的。表观遗传学修饰四两拨千斤,会因为生物本能和环境因素调节基因的表达,改变我们的表型,而且,表观遗传学的应用前景非常可观。除了解决当前医疗的困难,还能改变我们对于疾病的看法,过去无法治疗的疾病、病因不明确的疾病、甚至算不上疾病的情绪问题和坏习惯,都有希望通过表观遗传学来解决。

虽然表观遗传学看起来很有吸引力,也有人担心它会遭到滥用,所以,我们人为地做出了一些制约。比方说,克隆人实验就是明令禁止的,对人类干细胞的研究也有许多限制,特别是诱导干细胞制造人类生殖细胞的实验。这些限制主要是为了避免伦理问题,举个极端的例子,如果能用一个人的胚胎干细胞同时制造精子和卵子,不就真的可以又当爹又当妈了吗?但这一听就不正常。你看,表观遗传学还是一门正在发展的前沿科学,未来能走多远,需要社会方方面面的发展和协调,才能真正发挥它的潜力,造福我们。
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