清军在入关后，保留了原有的部落世袭兵制，又招抚明朝降军和地方豪绅，逐步形成了兵、勇、丁三级体制。“兵”（八旗兵、绿营兵）是由朝廷饷银供养的国家军队，且父老子继；“勇”是战时由官府招募从军，但不被国家承认军籍且只有临时薪饷；“丁”是不吃国家财政而靠地方豪绅供养的团练一类。按旧制，在战时“勇”要辅助“兵”，但实际上，八旗、绿营在清朝中期时就已经腐朽不堪，在打白莲教和鸦片战争时就以募勇打先锋，相当于让临时工在一线出苦力。
在长期忽视工商业的作用下，清朝时期社会较为贫困，“康乾盛世”时政府年收入也不过4000万两白银，只相当于北宋王朝最高年财政收入的四分之一，维持25万八旗和65万绿营的固定兵额都很吃力。朝廷因此不肯养“勇”，一旦战事结束就将其遣散。然而，这些吃过皇粮且已习得武艺的人却不愿再回农田干苦活，许多人聚众为匪。官府往往又要花钱“招安”其中一部为勇来打另一部，就此形成恶性循环。
1851年，太平天国从广西金田聚集1万人造反，两年后就攻下南京。八旗、绿营兵屡战屡溃，各省临时募勇和乡间聚丁也仅能守住本地。此时正在湖南家乡服丧的清朝侍郎（相当于副部长）曾国藩接咸丰皇帝指令协助朝廷办团练，他认为原有之兵积弊太重，就算是孙武再世、诸葛复生也难以整顿，必须从团练选“丁”并上升为“勇”，进而取代“兵”而建新军。清廷病急乱投医，不顾汉人在家乡建军的大忌，允许曾国藩自己筹饷募勇组织武装。
曾国藩建立湘军的办法，被概括为“以儒生领山农”。其所用军官多属曾国藩自己的学生、乡亲和亲戚中坚持封建“义理”的知识分子，招募的勇卒多系“深山寒谷贫苦之民”，标准是“年轻力壮，朴实而有农夫土气者为上，其油头滑面，有市井气者，有衙门气者，概不收用”。简言之，就是在农民中挑选头脑简单、四肢发达的作为士兵。每营官兵都是同县同乡，只听命于营官，而各营又都只听命于曾国藩，从而形成了一支以人身依附为纽带的私人军队。
在组建湘军时，曾国藩首先面临的难题是，要向勇卒发高于绿营兵一倍的饷银，还要买洋炮和制械。曾国藩以保卫家乡的名义向乡绅摊派，但所得不多。于是，曾国藩向咸丰帝求了几千张清朝最高学历“监生”的文凭和虚衔官职的空白任命状，然后明码标价出售。南方几省的士绅出钱就能买到真文凭和空头官职。靠这种出售功名、卖官鬻爵的办法，曾国藩在1854年建成了一支人数达1.7万并装备有几百门洋炮的湘军。这支组织严密的军阀部队一经出师，就连连击败太平军，沿长江从武昌、九江、安庆直攻到南京，至1864年其兵力已发展至12万人。
湘军虽然很快就成为讨伐太平天国的主力，但军费却成为曾国藩最焦虑之事。在入不敷出的清廷拨不出钱时，湘军的主要财源是靠武力在各地设卡，向过往商旅乃至行人所携物品征收“厘金”以充军饷，其他各派军阀也照此办理。此举虽然勉强保障了军需，却形成了近代中国阻碍商品流通和经济发展的恶税。
曾国藩在湘军攻下南京后，曾为避免清廷猜忌，同朝廷商谈按过去对待“勇”的惯例来发放遣散费，让手下官兵回乡。然而，朝廷已无可用之兵，淮军和其他一些省的私人所建军队被保留下来作为国家军队，自此，中国进入了近代军阀蜂起和割据的时代。回乡湘勇出于怨愤，纷纷参加哥老会，这支会党队伍后来又成为辛亥革命时期推翻清朝的一支重要力量。曾国藩为挽救朝廷所作的努力最后却埋下了将其颠覆的种子。
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