旧文重发,温故知新
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ChemDraw 是一款学化学的人基本都知晓的画结构式的软件,现已更名为ChemBioDraw
这是一款对于我们研究化学的人来说不可缺少的软件之一,但是能够完整使用它所有动能的人,我想应该很少吧?当然,笔者也是其中之一。
所以,也为了自我学习,就写了一下这篇文章。当然,这篇文章可能无法完全涵盖chemdraw所有的功能,这点也请大家见谅(^_^;)。
前言
有了ChemDraw,我们就能准确的画出标题图这么好看的结构式。但是chemdraw不是免费使用的,要买正规版还是需要花点钱。虽然在中国,大家都用破解版,笔者在这里还是推荐大家尊重知识产权,能够尽量花钱买正版。如果你只是一个大学生,为了写一下作业的话,有两款免费的软件推荐,它们是MarvinSketch和ChemSketch。当然,如果是专门的研究人员,或者硕士博士的话,还是建议买一个完整版。
笔者现在用的是ver.13。本文主要以这款进行说明探讨(2015年1月开始ChemDraw的最新版本是ver.14)。如果仅仅是画一些结构式的话,版本的更新之间的差异不是特别大。
接下来在这里主要介绍一些使用频率比较高的菜单。
File菜单打开的话,除了保存等功能以外,也可以对页面进行一些设定。
Open Style Sheets : 因为默认的样式表画出来的结构式并不是很漂亮,所以首先选择你想投的杂志所对应的结构式。初学者的话一般推荐ACS格式。具体的在后面会介绍
Document Setting :可以进行包括结构式的各种样式的设定。
→Layout : 在布局方面,经常在画到一半的时候,页面空余不够了。这个时候我们就可以点击Document Size→Height・Width把操作页面扩展后,确保有足够的空间供我们作图。
该菜单主要用于复制、修改与一些图片等等的插入。当然其中还涵盖了ChemDraw自带的一些功能。
Copy as : 把分子结构式转换成SMILE文字序列或者SLN文字(下图所示)序列,可以把这些文字复制到剪贴板用于复制粘贴。
Paste Special : 与Copy as相反、把文字列转换成分子结构式。
用于切换各种工具窗口的开/关。
Show Crosshair & Rulers : 显示十字线、标尺。主要便于调整化合物的位置。
Show Main、General、Style Toolbar : 这三项在画结构式的时候很有用,一般都需要点开显示出来。
Show Analysis、Chemical Properties : 当画完化学结构时候,用于预测化学物理性质等数据(分子mol量,分子质量分布,沸点等等)。该选项一般是必用项目。
Show Character Map : 当需要使用希腊字母等特殊文字的时候使用的选项。当然Symbol字体也可以代用,但是在这里点开的话更加一览无余,更方便查找插入。
该菜单用于多个化合物之间的位置关系的调整,以及化合物的一些修饰美化等。
Fixed Lengths & Angles : 指定并且统一化合物键的线长,以及结合角度。基本上都是默认的已选项目,不需要刻意去选择好。
Show Stereochemistry : 显示表示立体化学的参数(R, S, E, Z)。可以根据个人喜好设定。
Align, Distribute : 对所画的多个化学结构式,反应式进行排列,对其。该选项尤其在做成Table或Scheme的时候特别游泳。
Add Frames : 在图上添加各种框架。
针对画好的结构式为对象的一些操作。
Check Structure : 检查所画分子是否正确。
Clean Up Structure : 以Document Settings Drawing指定的键长,结合角度等为基准自动帮你调整。其中有时只调整分子中的一些基团。
Expand Label :把缩写的取代基以完整的结构表示出来。
Contract Label : 与Expand Label相反、将一些基团转换成其缩写模式。
接下来我们就具体到实例来一起看看怎么把这些功能组合在一起使用。可能由于版本的差异,或许会有所不同,笔者所用的是Version.13.
这次我们以下图所示反应(L-薄荷醇的合成反应)作为例子、来简要叙述下其画法。
在我们画双键以上的多重结合键的时候,要用到下图所示的多键绘图工具栏。当然在画三键的时候,可以在单键的基础上连续画三次,或者把鼠标移到单键上,按下数字3即可。另外双键的样式也有三种形式(下图右侧所示),只需要在最初画好的双键上左键点击就能调整出自己想要的双键样式。
选择已画化合物有两种方法、①鼠标左键双击化合物 ②用套锁或矩形工具圈住选定化合物。要同时选取多个化合物的话,按住shift键进行前述操作即可。在选取好对象后,在进行复制→粘贴工作,复制粘贴的话当然可以直接用快捷键Ctrl+C→Ctrl+V完成啦。
要对其一列的化合物的话,首先全选这个scheme,然后在选择好的状态下右击→Align→T/B center(下图所示)。
这一次,我们稍微更进一步,以Heck反应(下图)为例子介绍一下催化循环的作图方法。
一般选用3/4圆周的箭头,直径的大小可以按照自己喜好调整。
在Heck催化循环中,画有四个结构式(=连接这几个结构式也就需要4个圆形箭头),所以复制粘贴Ctrl+C→Ctrl+V刚开始画的那个箭头,一个成四个。这边的话为了方便大家看的明白,所以右图中的箭头进行了拖动处理,实际上复制粘贴后也有可能是与原来的箭头完全的覆盖重叠在一起,这一点大家注意一下。
新版本的ChemDraw的话,我们可以通过拖动圆周箭头的头或尾部沿着同心圆的方向随意调整圆周箭头的长短以及头尾的位置。这个功能十分实用,请大家务必试试看。
小窍门:当你想复制粘贴画好的结构式的时候,其实利用Ctrl+左键拖动更加方便。当画好下图的循环式的后,如果箭头跟结构式有重叠的地方的话,可以按照③种所介绍的方法,通过拖动箭头头或尾部进行微调。
最后的话为了便于理解,也为了更加鲜明,通常我们会在特殊的原子上着色。这个在先前也介绍过,只需要在menu项中的Colors里面选取自己所喜好的颜色,添加即可。
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