按照清代官制，总督的品级定义为“正二品加从一品衔”，意思是享受从一品的待遇，与实际的从一品尚有一点点差距。
关于总督加衔和品级的问题需要说明一下，清初时期各省总督的加衔并不规范，有的加尚书衔，有的加侍郎衔，还有的不加衔。雍正以前，六部尚书的品级沿袭明制皆为正二品，总督即使加了尚书衔，品级也是正二品。
雍正即位后更定官制，六部尚书由原先的正二品提升为从一品，侍郎提升为正二品。同时规定，总督授加尚书衔，则例兼都察院右都御史衔；其不加尚书衔者，俱加兵部右侍郎兼都察院右副都御史衔。
一直到嘉庆年间，总督的品级实际上都是不固定的，有二品顶戴者，也有头品顶戴者。然而总督权责重大，从乾隆时期开始，总督加兵部尚书、右都御史衔成为常例，仅有个别总督例外。
原则上来讲，尚书的原品是从一品，比加衔的总督略高。但是清代的六部权力受到了不同程度的削弱，皇帝对总督甚至是巡抚的任命更为慎重，就像《清史稿》作者在此表的开头语中所说：“清制：疆帅之重，几埒宰辅。选材特慎，部院莫拟。”
正是由于总督权责重大，所以在皇帝眼中，总督的地位甚至比尚书还要高上一头，这一点在仕途晋陞上也有充分的体现。
按照正常程序，各省总督如果被调任京师，如果是平行调动则担任各部尚书，需要注意的是，总督调任尚书往往不会在吏部和礼部任职，最多的是户部、刑部、兵部，因为总督的专业与钱粮、刑名、军政较为对口。
总督调任尚书称为“平调”而且多多少少还有点明升暗降的意思，皇帝真要重用提拔某位总督，就会将其提升为协办大学士或一步到位晋大学士，像雍正朝的云贵总督鄂尔泰，一到京师就被委以大学士、军机大臣一职。
另一方面，皇帝信任某一位总督但又不想将其调至京师，那么就会在头衔上给与“高配”，即加协办大学士或大学士头衔，这一类“大学士总督”清代并不少见。
如果说总督调任尚书是平调的话，那么尚书调任总督则属于简拔。以直隶总督为例，雍正以前直隶省的最高长官变动很大，有时设总督有时设巡抚，没有形成定制。
清初时期，不管是直隶总督还是直隶巡抚，一般都是由在京各部院大臣兼任，尚书到直隶任职乃家常便饭，但任期普遍都不长。到了雍正二年以后，直隶总督一职才形成定制，与各省总督同。
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