学会这个技能，你的QTL定位将上一个档次！

最近，好几位老师给图谱君提了相同的问题，就是让把QTL的定位结果画到遗传图谱上，并且用不同的符号标识不同的性状，鉴于此需求较多，图谱君就把多年珍藏的经验倾囊相授，不要问为什么，只因图谱君知识渊博、心还善。之前一期中，我们详细介绍了高密度遗传图谱绘制软件Mapchart的使用方法（实用贴|不会敲代码，如何快速绘制高逼格高密度遗传图谱？），基于该软件，图谱君教你如何把QTL画到遗传图谱上。

话不多说，先上图，图1是图谱君使用模拟数据做的一版定位结果，对某物种株高、粒长和粒宽进行定位，其中绿色代表株高QTL，红色代表粒宽QTL，蓝色代表粒长QTL，QTL一目了然，不同性状区别明显，和你想要的图片是不是一样的？这是如何做出来的，听图谱君娓娓道来。

图1 某物种3个性状的定位结果

导入文件的样式可参见“实用贴|不会敲代码，如何快速绘制高逼格高密度遗传图谱？”的文章中，建议大家用excel对导入文件进行编辑，再将编辑好的内容粘贴到Mapchart中。

首先，我们需要整理一下QTL信息，然后把QTL信息附在相应连锁群的后面（图2），QTL信息以“qtls”开始，下面每一行是1个QTL的结果。每个QTL信息必须包括①~⑤列内容，其中①为QTL的名字，②~⑤是QTL峰值左右两侧的置信区间，分别为-2*LOD、-1*LOD、+1*LOD、+2*LOD。

图2 QTL信息

每个QTL信息都按这个标准整理好，然后把导入文件内容粘贴到Mapchart中（图3），就会得到图4的结果，可以看到每个QTL都依次排列在相应的连锁群右侧。

图3 导入文件粘贴位置

图4 QTL分布图

接下来，就是给不同形状的QTL进行着色，我们再把焦点放在导入文件上，在图2中，第⑧列即为颜色的赋值参数，共有10种颜色可选，C1-C10分别为不同的颜色，所以可以按1个性状的QTL用1种颜色，或者1个环境中定位的QTL是1个颜色，比如本次模拟数据中，粒宽为C2，粒长为C4，株高为C3。根据性状填好参数，复制到软件中，就会得到图1的结果，so easy。

如果定位的QTL非常多，而且还需要把所有QTL放在一张图上，就需要把QTL的标识尽量缩小，才能让结果图更加美观，这时就需要对QTL做调整。选择“chart options”对话框中“QTL&Graphs”，将“Bar width（mm）”设置为1，并勾选“Suppress names”（图5），就会得到图6中更为精简的结果，不管有多少QTL，都可以得到一张美观大气的结果图了

图5 QTL&Graphs参数设置

图6 精简QTL结果

今天的实用贴分享到这，应该会给广大研究者提供帮助，如果在操作过程中遇到问题，欢迎大家在下方留言联系图谱君，我们会及时帮你解答。另外，在文末附上本次的模拟数据导入的map文件，大家可以自己做一下，定会收获满满！