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R语言 | 能自动完成的R包加载


对于R包的安装,我们曾经做很详细的总结:

R语言 | R包安装大法

R语言 | 安装特定版本的R包

其中,提到了更便捷的R包安装方法:pacman包中的 p_load函数,以及如何通过设置国内镜像源,加速包的下载!所以,讲到了Rprofile.site文件的设置。

只不过在此之前的文档中,我还是在以常规的 install.packageslibrary在写R语言相关的生信控文章。

直到最近学习生信控课程(见文章下方链接)的小伙伴仍然在面临R包安装的问题(大家比较喜欢自己摸索),而偏偏这个时候bioconductor在官网上发布了新的包安装脚本,又偏偏我习惯了pacman的便捷,所以打算自此开始,全部以 p_load代替之前的R包安装和加载过程。

例如你想安装hgu133plus2.db包,不用管它来自CRAN还是bioconductor,直接

  1. library(pacman)

  2. p_load(hgu133plus2.db)


就好啦~

而面临新的问题是,对于已经安装完成的包,如stringr,在新的R窗口中只需要执行 library(stringr) 即可,而如果想使用 p_load 加载stingr包的话,则需要先加载pacman包:

  1. library(pacman)

  2. p_load(stringr)

所以有了本篇文章!

如何在打开R的同时,就已经自动加载了pacman包,或者往大了说,你想让R开启时自动完成什么操作,要做的就是修改Rprofile.site文件,在文件的末尾添加命令:

  1. library(pacman)

  2. # 或者

  3. #options(defaultPackages = c(getOption('defaultPackages'), 'pacman')

此时,重新启动R环境,即可在不用再加载pacman包的情况下执行 p_load 命令了!同理,你也可以让R在启动时加载任何你想自动加载的包!所以,直接用函数就好啦!

生信控包教包会的课程

这次一定带你进入生信分析的大门

文献模拟 | 4分纯生信文章看过来

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