对于R包的安装,我们曾经做很详细的总结:
其中,提到了更便捷的R包安装方法:pacman包中的 p_load
函数,以及如何通过设置国内镜像源,加速包的下载!所以,讲到了Rprofile.site文件的设置。
只不过在此之前的文档中,我还是在以常规的 install.packages
和 library
在写R语言相关的生信控文章。
直到最近学习生信控课程(见文章下方链接)的小伙伴仍然在面临R包安装的问题(大家比较喜欢自己摸索),而偏偏这个时候bioconductor在官网上发布了新的包安装脚本,又偏偏我习惯了pacman的便捷,所以打算自此开始,全部以 p_load
代替之前的R包安装和加载过程。
例如你想安装hgu133plus2.db包,不用管它来自CRAN还是bioconductor,直接
library(pacman)
p_load(hgu133plus2.db)
就好啦~
而面临新的问题是,对于已经安装完成的包,如stringr,在新的R窗口中只需要执行 library(stringr)
即可,而如果想使用 p_load 加载stingr包的话,则需要先加载pacman包:
library(pacman)
p_load(stringr)
所以有了本篇文章!
如何在打开R的同时,就已经自动加载了pacman包,或者往大了说,你想让R开启时自动完成什么操作,要做的就是修改Rprofile.site文件,在文件的末尾添加命令:
library(pacman)
# 或者
#options(defaultPackages = c(getOption('defaultPackages'), 'pacman')
此时,重新启动R环境,即可在不用再加载pacman包的情况下执行 p_load
命令了!同理,你也可以让R在启动时加载任何你想自动加载的包!所以,直接用函数就好啦!
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