研究miRNA,此工具足矣!
酸菜老师曾经推荐零基础的学员们把miRNA作为科研入门的引线,因为miRNA的机制简单,作为一个单变量的研究主题还是很适合的,一两分的SCI也可以,三五分的文章也不少,机制做得好,上10分也不是没有可能。
工欲善其事必先利其器,解螺旋的课程里也提到过很多miRNA数据库,例如TargetScan和StarBase。今天再给大家介绍一款研究miRNA的终极核武器——mirDIP(网址:http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp )。
这款工具的搜索功能相当强大,而且整合了多达到30个miRNA数据库资源的信息!笔者表示看到时很震惊。
mirDIP的功能模块
其功能模块主要有3块:
1. Unidirectional search:这部分为自由搜索靶向基因的miRNA和miRNA靶向的基因;
2. Bidirectional search:这部分需同时提供基因和miRNA,预测输入的两者间是否有关系;
3. miRNA-gene matrix:这部分需提供多个基因(或miRNA),预测出能同时与多个基因(或miRNA)作用的miRNA(或基因)。
mirDIP具体使用方法
1.Unidirectional search
搜索框介绍
结果框介绍
2.Bidirectional search
在本例中,我们点击Example search,看看搜索结果:
首先网站会提醒你,你输入的基因名或者miRNA存在格式不规范的问题:
在结果栏,我们可以看到APP这个基因与hsa-miR-17-5p的靶向关系在多个来源的数据中得到验证,那么能够在实验中得到验证的可能性也就更大。
3.miRNA-gene matrix
这部分分为Search gene symbol和Search miRNA两个模块,两部分的使用方法一样,我们以Search gene symbol为例。
这部分的功能为“Search miRNAs targeting a group of genes.”,可以找到一些能同时靶向一些重要基因的miRNA,如此这个查询到的miRNA的重要性就不言而喻了。
数据库的介绍就到这里,学习更多关于miRNA研究套路,欢迎加入解螺旋的课程!
联系客服