SNP基因分型服务

SNP（singlenucleotide polymorphism），单核苷酸多态性，在基因组上由单个核苷酸变异形成的遗传标记，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富，一般指变异频率大于1％的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×10^6 个。因此，SNP成为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。

SNP基因分型的方法

SNP genotyping Method

LDR连接酶检测反应法

连接酶检测反应 (Ligase Detection Reaction，LDR)是利用高温连接酶实现对基因多态性位点的识别，高温连接酶一旦检测到DNA与互补的两条寡聚核苷酸接头对应处match存在着基因点突变类型的碱基错配，连接反应就不能进行。

该方法，对SNP位点同时设计两条有长度差异的探针，当探针末端与模板有一个碱基不配对，所以连接反应不能进行，没有连接产物；相反，若探针与模板DNA完全互补，故进行连接反应，通过温控循环，该特异性连接反应可反复进行，达到线性扩增的效果。最后通过荧光扫描片段长度，实现对SNP位点的检测。

多重SNaPshot SNP分型方法

多重SNaPshot SNP分型技术是一种以单碱基延伸原理为基础，同时利用多重PCR对多个已知SNP位点进行基因分型分方法。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI3730测序仪进行毛细血管电泳后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定基因型，根据出峰位置确定该延伸产物对应的SNP位点

直接测序法

将待检测片段（包含待测SNP位点）进行PCR扩增并直接进行测序是SNP检测方法中最准确的一种，堪称SNP分型的“金标准”。获得测序峰图，纯和位点为单峰，而杂合位点则为套峰，因此通过查看测序峰图很容易将基因型区分开来。直接测序法不仅可用于对已知位点的检测，还可用于发现未知的SNP位点。

Taqman荧光探针法

TaqMan荧光探针是一种寡核苷酸探针，荧光基团连接在探针的5’末端，而淬灭剂则在3’末端。在PCR反应体系中加入2种不同荧光标记的探针，它们可以分别与2个等位基因完全配对。正常情况下，由于探针5’端荧光基团和3’端淬灭基团紧邻在一起，荧光被淬灭。随着PCR有效的进行，与模板完全配对的探针逐步被Taq DNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割，致使探针5’端荧光基团和3’端淬灭基团分离，淬灭效应解除，报告荧光基团被激活，检测到荧光信号，相反，如果模板不能完全配对的探针（代表另一种等位基因）不能被有效切割，因此检测不到荧光信号，从而实现SNP位点的分型检测。

竞争性等位基因特异性PCR法（KASP）

竞争性等位基因特异性PCR法——KASP（Kompetitive Allele Specific PCR），是英国LGC（政府化学家实验室）公司所开发的技术，被广泛用于少位点，多样本的SNP分型中，与TaqMan荧光探针法有一定相似性。KASP基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels (Insertions and Deletions，插入和缺失)。

二代测序法

随着二代测序技术的普及，相比Sanger测序，以降低测序读长的前提，大大增加的测序通量同时大幅降低测序成本。利用二代测序进行SNP分型，不仅测序读长满足分型需求，可以同时对数十数百个位点，上千样本进行分型。该方法相比直接测序法，除了保留测序法的优点外，弥补了其通量不足的限制，二代测序分型法也正在快速在领域内推广。

片段长度多态性法（限制性内切酶）法

       片段长度多态性（限制性内切酶）法——RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism）法的基本原理是通过PCR扩增目的片段DNA，扩增产物再用特异性内切酶酶切成不同大小的片段，直接通过凝胶电泳分辨基因型。不同等位基因的限制性酶切位点分布不同，产生不同长度的DNA片段条带。

捷瑞服务优势

Generay Service Advantage 

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4. 已成功完成猴子、贝类、鱼类、杉木等非常规种属样品的SNP分型

5. 已完成脑血管、各种癌症、高血压、乙型肝炎等疾病相关位点几千个