基因ID批量识别和转换，哪家强？

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科研路上狂奔的盆友

你是否也有过下面这些烦恼：

 

GEO上下了数据想自己玩玩

却不知道这些基因ID是哪个数据库的

如何识别并且转换成基因官方名称？

 

公司给了测序/芯片结果，

只提供了一种基因ID（比如ENSEMBL）

但是没有自己心仪的ID

（比如Refseq的NM号）

如何转换？

 

做完KEGG通路富集分析

某通路结果里只有基因的KEGG ID

如何转换成基因官方名称？

 

如果有过这样的疑问或者感jio

可以试试下面推荐的三个在线工具

 

（1） bioDBnet 

https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

 

来自NCI的高级货

界面简洁数据库全面

 

首先看最基本的ID批量转换功能

此处以从GEO上随机下的一个芯片数据为例

一般下载*_series_matrix.txt 文件

用作后续的分析

此处用 GSE54077_series_matrix.txt

Excel打开后

主要获取两个信息

芯片的公司（此处为affi的）

以及下面列出的有表达量的ID

（即affi的ID）

 

 

这是在线玩GEO经常面临的场景

此时有的科研er甚至就放弃了

甚至因此爱不上科研！

因为没看到基因名字让我怎么分析

此时别慌

把ID_REF里的ID贴入上述工具

进行优雅的转换！

如下图

左边INPUT选affi ID

右边OUTPUT选gene symbol

 

 

ID list贴入上述excel里的ID

记住不要选remove duplicate input

不然万一有重复的ID

再把基因名贴进excel时会错行哦

配置之后点提交

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