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吉玛基因帮你做双荧光素酶报告基因实验(一)

荧光素酶(luciferase)是自然界中能发出荧光的酶的统称。他们可以通过酶促反应催化底物产生自发荧光。因其便与检测,灵敏度高等特性,荧光素酶常作为报告基因被广泛应用于生化检测实验中。

在生化实验中,应用最广泛的是萤火虫荧光素酶(Firefly luciferase)和海肾荧光素酶(Renilla luciferase)。两者分别催化各自的底物luciferin和coelenterazine发出不同颜色的荧光。两种荧光的吸收波长不同(luciferin波长550-570nm,coelenterazine波长480nm),故而在同一个化学反应中,两种荧光的检测互不影响,由此双荧光素酶报告基因(Dual-luciferase)系统受到广泛欢迎。

双荧光素酶报告基因系统的应用

miRNA与RNA靶向关系验证

在miRNA的研究中经常会涉及到miRNA与RNA靶向关系的验证,这其中包括mRNA中CDs区后面的3’-UTR区,long non-coding RNA(LncRNA)或者circular RNA (circRNA)等。miRNA通常是通过其种子区(seed region),及5’端2-8个碱基与目的RNA靶位点完全匹配结合(注:RNA之间存在U-G结合的模式),并在沉默复合体(miRNA-induced silencing complex)的共同作用下导致目的RNA降解,进而致使目的RNA的表达量下调。基于这个原理,miRNA-target 双荧光素酶报告基因系统被科研工作者普遍认可,用于验证miRNA与靶基因的直接靶向关系。

吉玛基因采用pmiRGlo及psiCHECK双荧光素酶报告基因系统,帮助广大科研工作者解决miRNA-target验证的难题。该验证实验的基本步骤如下:

1. miRNA-target靶位点预测

通过miRNA-target数据库,如Targetscan,miRDB,microRNA.org(Miranda program) 等来预测miRNA与mRNA的3’-UTR区的结合位点。对LncRNA,circRNA以及以上数据库中无法预测到的mRNA,可以尝试条件开放型的比对方式,例如应用RNA22 V2或者RNAhybrid等网站进行预测,找出潜在的靶位点,用于后续验证。

2.  构建双荧光素酶报告基因载体

吉玛基因可以提供整套的miRNA-target RNA靶向关系验证双荧光素酶报告基因载体。

首先,将包含预测靶位点的RNA序列WT(50~200bp)用全基因合成的方式构建入pmiRGlo载体(下图左),如果靶位点正确,则luciferase-target mRNA会被miRNA靶向并降解,导致荧光素酶活性下降;相对应的,预测到的靶位点会被随机打乱造成突变MUT,为保证突变不会产生新的靶位点,MUT序列会在RNAhybrid等网站再次验证。之后MUT序列以同样方式合成构建入pmiRGlo载体。MUT载体的预期效果与pmiRGlo空载体相似(下图右),因为载体转录产生的mRNA不存在miRNA的靶位点,荧光素酶预期是没有改变的。

3. 实验步骤方法详见吉玛基因双荧光素酶报告基因实验指南

预期结果示意图如下

总结:pmiRGlo双荧光素酶报告基因系统,不但可以定性验证miRNA与目的RNA的相互作用关系,更可以集体分析相互作用的位点,且经过验证的相互作用为直接靶向作用。吉玛基因帮你做实验,20-25工作日完成。敬请来电来信咨询。

吉玛基因诚邀生物领域科学家在我们的平台上,发表和介绍原创的科研成果。

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