生工技术 | 怎样对蛋白序列进行比对

在进行蛋白研究时，有时候知道蛋白的序列，但不知道这个蛋白的序列具体对应的是哪个蛋白或者需要研究蛋白序列的相似性，所以需要进行比对。关于蛋白序列的比对有两种方法。在NCBI上可以进行蛋白的比对，也可以用Uniprot 上对相关信息进行比对。

“

NCBI蛋白序列比对

”

打开NCBI的网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，  点击页面上的“blast”。

打开页面后可以看到有四个选项，Nucleotide Blast，blastx，tblastn以及Protein Blast，Nucleotide Blast是输入碱基序列，碱基序列和数据库中的核酸序列进行比对；blastx是输入核酸序列，核酸序列经翻译成蛋白质后与蛋白质数据库中的序列进行比对；tblastn使用蛋白序列在由核酸翻译的数据库中查询相似的序列；Protein Blast是输入氨基酸序列，氨基酸序列和数据库中的蛋白序列进行比对。因为需要利用氨基酸序列确定是哪种蛋白，所以，点击“Protein Blast”。

点击后进入此页面。

将氨基酸序列输入序列框，进行blast，出现下图页面

往下拉，可以看到相关描述，点击方框中的内容可直接看到具体的分析匹配信息。

点击方框内容后可看到下图中的内容。

“

Uniprot蛋白比对

”

打开Uniprot的网址：https://www.uniprot.org/  ，点击页面上的“blast”。

跟NCBI不同的是，Uniprot的blast是将蛋白或核酸的序列和蛋白序列数据库进行比对，寻找相似蛋白序列，无法像NCBI一样进行交叉比对。

点击后进入此页面，填好选择好后点击“Run Blast”。

出现如下页面可以看到相关比对信息，可以看到分析相关信息。

点击“View alignment”可以看到相关下图中的内容。

可以看到，不匹配的氨基酸会以空白显示。

序列比对是非常有用的功能，使用序列比对，可以对未知蛋白进行溯源、比对蛋白之间的同源性、查询蛋白保守区域等。上述两个网站是最常用的蛋白序列在线比对工具，能够让我们随时随地分析蛋白的序列信息。