Cytoscape的功能集中于两点，一个是展示蛋白/其他features间的网络图，一个使用app里的小工具分析，界面操作性相对简单(肯定比PS简单)。
官网
https://cytoscape.org/；搜索Cytoscape进入官网。
软件最好更新一下，因为不同软件版本，相同按钮的软件中的位置不太一样。
下载
直接点击Download 3.7.1，可以下载最新版本。
软件有点大，几百M。
安装
JAVA安装：java8是否已安装？
如果没有安装或环境变量的配置等，安装Cytoscape时候点击提示出：是否安装java，点击是即可。其他默认安装就可以，可以更改安装目录。（但不建议瞎改）
界面其他链接
如图。
open source：可以找到不同系统(mac/Linux/Wins)释放的不同版本
Release Notes：找到释放的不同版本
Samples Visualizations：展示出软件可视化图的类型，让你看看不同版本，软件能做什么图
cytoscape-tutorials：重点！
Cytoscape manual：可以查看Cytoscape的网页端学习手册
Cytoscape YouTube channel：你们可以试试能不能打开
Documentation for users：可以获得更多学习材料，如
3.x PDF Version：本地下载帮助手册，目前3.6版本的手册249页！！！（自学）
其他软件内启动Cytoscape等
Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和线/边/连接（edge）。
界面介绍
参数
全部适用于点/线的参数，我们可以称之为默认参数。
根据某些属性调节的参数带来的渐变或者离散的变化（这个属性，你可以在文件中自己添加一列）。
选中某些/个/条调节后适用的变化，如特定一条线型需要设置为波浪线。
Node调节的内容
节点：就是线线焦点
形状：圆型、正方形等
填充：Fill color
高度：Height
宽度：Width
边界：节点周围是否再涂边，比如一个圆，如果边界线全是灰色实线，现可调整为不同粗细线，不同颜色线，不同形状线条的属性。
描边后的边界形状：比如虚线实线、波浪线
边界颜色：渐变/离散颜色的属性
边界宽度：
标签
标签/字体的颜色、大小属性
不常用：
在节点上添加图片/表/误差棒等数据：Image/Chart 1
节点透明度：Transparency
Edge调节的内容
线的形状：Line Type 可以设置全部，根据属性设置渐变/筛选、或者设置某一条
线的宽度：Width
线的source形状：Source Arrow Shape--是否有箭头，默认没有，箭头是何种形式线的source颜色：source Arrow Unselected Paint
线的target形状：Target Arrow Shape
线的target颜色：默认黑色，Target Arrow Unselected Paint
线的透明度：Transparency
线里的Label：
设置线内的标签Label；好比节点内能写字/标签，那线也是有空间的
这是线内标签的颜色Label Color，大小Label Font Size
工具栏
大家自己加载示例网络图，可以随便试一下工具栏的参数，这不做图片的截图介绍
快捷操作栏
直接上图
网络图参数的设置
导入图片后，需要设置target和source等参数；
下面展示了style里Node和Edge的部分设置，学会一个参数的三种变化的设置(即上面参数的介绍)，其他是相同的，只是功能不一样，这里需要大家摸索，自己尝试一下，就像摸索下载的一个美图软件一样。
导入数据
Style介绍
Style设置也就是Cytoscape的核心设置。Style的默认设置是第一排第二个红框，可以选择导入的格式；Properties可以勾选展示的设置选项，展示出来，即可进行相关设置；最大的红框即核心设置选项，包括了三部分设置，Node,Edge,network的设置（左下角进行选择），每一部分都是该部分的设置按钮，需要重点学会！
Node设置示例
比如Node里的“Border paint”颜色，修改描边颜色。
第一个按钮白色是默认描边为白色。
第二个按钮，点击后就可以选择Type属性，根据文本里具有该列的属性来设置，当前选择离散设置（Discrete Mapping），分别手动设置三种Type设置为红绿蓝。
第三个按钮，一般是对选择部分进行设置。
同样的做法，如果你需要设置“Border Width”，也可以设置描边的宽度，默认是“0.0”，即第一个按钮的设置；第二个按钮设置Type属性关联部分描边的Node，根据Type属性来更改默认，比如你可以设置具有Type1的Width为8，具有Type2的Width为8，具有Type3的Width为8，那么不具有Type属性的Width为默认0。第三个按钮也是设置选择的Node的边，小伙伴们可以试一下~，反正我是没需求测试过这个按钮，Node的某一条性状的设置我还可以用一下~~~~
Node的大小设置如下，通常我们不会再设置离散了，但是这样得根据设置的属性来判断；通常不设置离散(也是英文Discrete)，是因为属性是数值，而且有数字一般都是慢慢变大，这个有点类似于数量性状和质量性状的一点区别；因此大小我们通常设置渐变，选择“Continuous Mapping”
Edge设置示例
对节点之间的线条的设置，诸如颜色，可以在“Stroke Color”，对于渐变颜色的设置，双击进去，再单击你要修改的地方，就可以自己修改各种中间色。
对于线条宽度（Width），你也是可以设置的，这里不再赘述，同上；
其次，还可以在线条内编辑信息（Label），同样对于线条内编辑的信息/字体的颜色（Label Color）和大小（Label Font Size）你也可以设置。
同样，线条也是可以和Node一样，设置透明度，范围在0-255。
Network的设置
Network的设置，比如背景色，比如鼠标选择内容的确定。
App功能的介绍
Cytoscape有很多小工具可以用来分析，但是需要先安装，找到“工具栏的Apps”，搜索要安装的小工具，点击“Install”安装功能即可。比如可以分析Go、KEGG，这里先不讲解。（后面会单独介绍各个APP）
windows电脑，按住ctrl键，左击滑动鼠标可以选择区域
对已经选中的区域，再按住ctrl键，可以不选择一些区域和节点
如果你想设置什么属性给某些区域，加载文本的时候，自己手动补进去一列属性给他一个这样可被区别对待的信息就好了
还有select等里对齐功能，上下对齐，水平对齐等
保存网络图，可以存成PDF，还可以存成.cys格式，保存下来已经存在的修改，方便下次进入继续修改等
导入数据还可以导入选择的数据库的数据，比如你搜索一个TP53，找到想导入的数据库，导入即可分析。
下面的链接选择性观看：
http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/UserManual
http://apps.cytoscape.org/
http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats
http://www.nature.com/nprot/journal/v2/n10/box/nprot.2007.324_BX1.html
http://www.cytoscape.org/download.php
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