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如何用GraphPadPrism绘制小提琴图

小提琴图,现在是越来越火了!

在17年11月写《小提琴图的画法》一文时,想找小提琴图相关的材料都很费劲,而今天已经是随处可见!感觉能用箱型图展示的数据都已改用小提琴图展示。这也归功于能绘制小提琴图工具越来越多。

除了可以用R包(如vioplot,ggplot2等),OmicShare在去年5月份推出了小提琴图工具,之后约半年后,传统的科研作图软件Origin和GraphPad Prism也先后在其最新的版本中加入了小提琴图绘制功能。

之前的文章《如何用Origin绘制分边小提琴图》已经介绍过Origin2019绘制小提琴图的方法,我接着为大家介绍如何用GraphPadPrism 8.0绘制小提琴图。本文所用的软件版本为Graphpad Prism 8.0(官网:https://www.graphpad.com/)。

数据准备

打开软件后,通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角,新建工程文件,如下图。

在弹出的向导页面选择表格类型,如本文用到的数据为单列数据(4个Marker gene在30个细胞中的表达量),表格类型选Column,Data table选enteror import data…,Options选第1项(如下图)。Prism的表格中的数据组织是要求非常严格的,正确的数据结构是作图成功的关键。

接下来将数据粘贴到表格中,双击表格的名字(默认Data 1)改为Expression,如下图,类似Excel,Prism数据结构以多列的“宽”数据为主。

表格数据填完后,图表绘制已基本上“完成”了,只需点左侧导航栏中Graphs菜单下的Expression(与Data Tables下的表格同名),然后选择图表类型为Box and violin即可看到绘制结果,见下图。

图表调整

如果不喜欢“矮胖”的宽图表,可以双击坐标轴设置图表的比例,在Frame and Origin选项卡下将Shape由默认的Wide改为Square(方形),如下图。当然也可以设置图表的宽和高,或者用鼠标选中坐标后改变坐标轴的长度。还可以改变坐标轴的粗细、颜色、标签字体、颜色等。

如果不喜欢黑白的图,可以通过Change菜单或Change Colors按钮对表标的进行的自定义颜色调整,Prism也内建许多模板,可以选择自己喜欢的样式(见下图)。双击图表和坐标轴的标题可以进行内容修改。

得到的初始效果如下图:

双击图形表上的图形“小提琴”,可对不同Data set的“小提琴”进行个性化调整,比如调整轮廓粗细,使用单一的填充颜色,隐藏中位线、四分位线(将颜色的透明度设为100%)等。如下:

Plot:这里选Violin plotonly,你也可选择带有散点的小提琴图,这里不做演示。得到的单色小提琴图如下:

图表导出

通过File \ Export Graph 导出所需格式的图片,如下图,前5种是矢量图格式,无需设置dpi。最后,建议通过File\ Save保工程文件,以便反复调整。

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