1644年，李自成攻破北京城，崇祯在煤山自缢，但从严格意义上来说，崇祯并非明朝最后一个皇帝，因为之后朱家皇室在江南先后建立了五个“南明政权”，其中坚持到最后的就是永历皇帝朱由榔。
朱由榔是崇祯皇帝朱由检的堂弟，两人有一个共同的爷爷万历皇帝朱翊钧。1646年，桂王朱由榔在肇庆称帝，改元永历。但是朱由榔性格柔弱，并非中兴之才，在清军的打击下，他从湖南跑到了贵州，又从贵州跑到了云南，最后索性跑到了缅甸。
按说这皇帝都跑到国外去了，成了“流亡政府”，对清廷没有多大威胁了。但清廷仍然派吴三桂攻入缅甸，并威胁缅甸王，要他们交出朱由榔。
此时恰逢缅甸内乱，对朱由榔还算友好的老缅王莽达被杀，新缅王莽白随后杀尽永历侍从近卫300多人，其中就包括云南沐王府最后一代的沐天波。
1660年12月，莽白将朱由榔献给吴三桂，随后朱由榔被押回云南昆明。由于从云南到北京路途遥远，如果途中有反清复明人士劫了囚车更是麻烦，于是清廷下令吴三桂将永历帝就地处死。于是，吴三桂命人用弓弦将朱由榔父子及眷属25人，在昆明篦子坡勒死，时间定格在1662年6月1日，至此明朝才算彻底灭亡。
吴三桂杀死朱由榔，是他当时唯一的选择。清军入关之后，吴三桂一直在前线跟李自成的起义军打仗，但在李自成部快要被消灭的时候，清政府突然将他调回，出镇锦州。过了两年，又把他调回来继续镇压反清力量。
对于这次“敲打”，吴三桂心知肚明，为表忠心他对起兵抗清的朱明后裔，不遗余力地去斩尽杀绝。如今抓到了朱由榔，那必须要杀死以表忠心。
果然，吴三桂擒杀永历帝之后，被晋封为亲王，镇守云南，兼辖贵州，开藩设府，总管军民事务，同时还规定“假以便宜，不复中制，（吴三桂）用人，吏、兵二部不得掣肘，用财，户部不得稽迟。”
可是，吴三桂万万没有想到，他杀死永历帝在让他加官进爵的同时，也为他带来了两个大大的副作用，甚至最后导致了他的兵败身死。
永历帝死后，云贵这片地区的反清势力在吴三桂的打击之下，已几乎消失殆尽。由于多年经营，吴三桂在云贵也根基深厚，所以他这个时候开始想像明朝时期的沐王府一样，做世代永镇云南的平西王。
在这种思想的指导下，吴三桂实际上把云南当作自己的小王国开始经营，在这里，他有兵、有钱、有粮……甚至连官员任命也是由吴三桂说了算，北京朝廷都插不进手来。
但是，永历帝一死，反清力量被大幅削弱，清政府对吴三桂的便不再那么倚重，转而担心起吴三桂会不会造反起来。因而在吴三桂杀死永历帝后，便着手裁抑吴三桂的权势。
康熙二年，朝廷以云贵军事行动已经停止为由，收缴了他的平西大将军印信，削弱了吴三桂的兵权。接着，又“截其用人题补之权，迁除悉归部选。”官员任命的问题也解决了。康熙六年，又下令云贵两省督抚听命于中央，同时还剥夺了吴三桂的司法特权，“平西藩下逃人，俱归有司审理，章京不得干预。”
康熙十二年，镇守广东的平南王尚可喜、镇守福建的靖南王耿精忠先后请求撤藩，康熙予以同意。迫不得已，吴三桂只好也上书朝廷请求撤藩，只是他没想到康熙竟然有那么大的魄力，顶着大多数朝臣的反对，毅然同意了他的撤藩请求。
这几乎是在逼着吴三桂表态了，要么交出权力，回家养老，要么起兵造反。当年十一月，吴三桂诛杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，提出“兴明讨虏”，起兵造反。
此时，吴三桂杀死永历帝的第二个副作用也展现了出来。
朱由榔是明朝最后一位皇帝，在很多人眼里，他就是代表了汉人正统政权，而吴三桂擒杀永历帝，亲手扼杀了大明复国的最后一丝希望，可以说已经占到了所有汉人的对立面上，成为人人喊打的“国贼”。虽然在反叛之前，吴三桂曾率部下祭扫永历帝陵墓，“恸哭，伏地不能起”，但拙劣的表演根本没人相信。
吴三桂要起兵反清，必须要打着“兴明讨虏”的旗号，只有这样才有可能团结更多的力量，也使得自己师出有名。但是吴三桂前脚杀了永历帝，后脚就打着“兴明讨虏”的旗号，自然没有号召力，知识分子对之更是嗤之以鼻，耻与为伍。
这也导致吴三桂虽然兵强马壮，但在思想上不能统一，所以军队如同一盘散沙，尤其是到了战争的后半段，吴三桂部队的战斗力直线下降，最终败给了清军。1678年，吴三桂眼看战胜无望，于是在衡州称帝，过了一把皇帝瘾，之后不到五个月，就病死在了军中。
综上所述，吴三桂擒杀永历皇帝朱由榔，虽然为他暂时换来了荣华富贵，但一来他在清政府这边失去了存在的意义，二来在汉人眼里成了彻头彻尾的“国贼”，前者导致他不得不反，后者则导致了他必然失败的下场。
所以说，擒杀永历皇帝朱由榔是吴三桂最大的败笔，如果放任朱由榔在缅甸流亡，说不定他可以一直顺顺当当地在云南做他的“平西王”。
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