固体菌剂有单一菌剂和复合菌剂，单一菌剂只含有一种微生物菌种，只能针对使用，例如土壤缺氮，可以用固氮菌菌剂；土壤缺磷可以用解磷类微生物菌剂。复合菌剂含有两种以上的微生物菌种，作用比单一菌剂全面，能够促进作物生长、改良土壤，还能起到一定的防病作用，对各种作物都适用。使用菌剂时根据土壤肥力的不同可以选择不同类型的菌剂，使用方法都是一样的。
把适量菌剂倒入盆中，再倒入清水，菌剂与清水按1:1的比例混合，然后放入粮食作物种子，搅拌均匀，菌剂均匀地附着在种子表面，放置在阴凉地阴干后播种，这样能促进种子生长，减少病虫害，这种方法适合各种粮食种子。 把适量菌剂倒入盆中，再倒入清水，菌剂与水按1:2的比例混合，搅匀后把种子放入菌液中，搅拌，浸泡8～12h,捞出阴干后播种。这样能提高种子发芽率，增强抗病能力。 以红薯苗为例，将适量菌剂倒入盆中，再倒入清水，菌剂与水按1:2的比例混合，和成粗糊状，将红薯根放入菌剂中浸泡10min左右，在栽植穴中浇水，再把藤根后的红薯苗植入穴内，覆土。这种方法适用于有根的作物，在移栽时使用比较好，能够促进作物早生根、多生根，根系发达。 微生物菌剂可以和农家有机肥混合，作基肥或追肥使用。先将腐熟过的有机肥堆在地里，将适量菌剂倒在有机肥上，微生物菌剂与有机肥的比例为1:10,将菌剂与有机肥拌匀。每亩可用菌剂10～20kg。要注意的是有机肥必须充分腐熟后才能使用，否则会杀死菌剂中的微生物。将拌匀的肥料均匀撒在地里，然后翻耕入土作基肥，这样能提高土壤肥力。 微生物菌剂可以拌土使用，菌剂与土的比例为1:2.将适量菌剂倒入盆中，将筛过的细土按照2倍的量与菌剂混合，搅拌均匀，制作成营养土，可以撤施作基肥，也可以沟施作种肥。沟施时在整好的地里开沟，把营养土施入沟内，浇水，覆土，然后点种或下苗，这样能培肥地力、促进种子或苗木生长。每亩可用菌剂10～20kg。
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