小伙伴们多多少少都会和小分子打交道，这不，我们遇到了一个小伙伴求助：一个药物单体，想知道有哪些作用靶点？我们在开展实验之前就有必要数据挖掘一番，来研究一下我们的单体或小分子化合物。这里我们对常见的数据库进行了总结。
STITCH数据库(http://stitch.embl.de/)是一个用于检索已知的以及被预测的化合物和蛋白质之间互作关系的平台。STITCH数据库中包含超过30,000的小分子化合物以及来自1133个物种的260万个蛋白质之间的互作关系，相互关系合并自BindingDB, PharmGKB 和the Comparative Toxicogenomics数据库该数据库。
中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP, http://tcmspw.com/tcmsp.php)是一种独特的中草药系统药理学平台，它能捕捉药物、靶标和疾病之间的关系。该数据库包括化学物质、靶点和药物靶点网络，以及相关的药物靶点网络，以及涉及口服生物利用度、药物相似度、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等天然化合物的药代动力学特性。这一突破激发了在各种中草药中寻找候选药物的新兴趣。
TTD数据库（Therapeutic Target Database， http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/）提供了已知或正在探索的可用作治疗的蛋白质靶点和核苷酸靶点的信息，以及与这些靶点对应的靶疾病，靶通路和相应的药物/配体信息。也包含这些靶点在其他数据库中的相关链接，包括靶点的功能，序列，3D结构，配体结合性质，酶的命名以及相关文献等信息的链接。目前，此数据库中包含1174个靶点以及1251个药物/配体.
DrugBank数据库（https://go.drugbank.com/）是一个整合了生物信息学和化学信息学资源，并提供详细的药物数据与药物靶标信息及其机制的全面分子信息，包括药物化学、药理学、药代动力学、ADME及其相互作用信息。目前DrugBank 5.0包含了10971种药物和4900种蛋白靶标的信息。这些药物包括2,391种FDA批准的小分子药物，934种批准的生物技术药物，109种营养药物和5090多种实验药物。
ChEMBL数据库（https://www.ebi.ac.uk/chembl/）是欧洲生物信息研究所开发的一个在线的免费数据库，它通过从大量文献中收集各种靶点及化合物的生物活性数据，为药物化学家们提供了一个非常便利的查询靶点或化合物的生物活性数据的平台。截至2019年10月29日，该数据库共收集了12482个靶点，187.9万个化合物，共有15500万条生物活性信息。通过该数据库，用户可以快速查询到某个靶点目前以报道的化合物及其活性信息，也可以查询某个化合物在哪些靶点做个生物活性测试及其数据。这些数据都来源于各种已报道的文献，数据较为可靠，且能够溯源，查询到数据的出处。
Binding database数据库(http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp)是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库，目的是使研究者更容易通过网络获取相关分子的非共价结合数据，从而促进药物研发和结合预测模型的构建。BindingDB 的数据来自PDB 相关文献报道数据、专利信息、PubChem BioAssays 数据和ChEMBL 记录数据。数据库当前包含6929 个蛋白靶点和505 999个小分子之间1161912个结合数据。在拥有亲和力值的蛋白质- 配体晶体复合物中有2291 个蛋白质拥有100% 的序列一致性，5816 个蛋白质拥有85% 的序列一致性。
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