如何发表一篇7分的Olink蛋白质组 转录组文章？

联川生物近期Olink蛋白质组学系列讲座，科普性强，干货满满，也相信大家收获颇多（Olink蛋白质组学系列讲座回放）。

如果有收获那怎么去应用呢？小编今天就和各位分享：Olink蛋白质组 转录组的文章是如何发表在7分杂志上的！

论文标题：Paired Transcriptomic and Proteomic Analysis Implicates IL-1β in the Pathogenesis of Papulopustular Rosacea Explants

发表杂志：J Invest Dermatol

影响因子：7.58

研究机构：斯坦福大学医学院等

技术手段：Olink蛋白质组学 转录组学

1.研究背景：丘疹性红斑痤疮(PPR)是一种慢性炎症性皮肤病，其特征为皮肤潮红、毛细血管扩张、丘疹和脓疱以及皮肤敏感。

2.研究现状：有研究表明IL-1β可能是PPR的主要驱动因素，但是还缺乏更多直接研究说明IL-1β在PPR发病机制中的关键作用。

3.实验方案：目前没有PPR的疾病的动物模型，作者利用人体皮肤外植体模型实现本次的二个研究目的。

①利用皮肤外植体模型获得配对的样本用于RNA测序和对应配对的NLS外植体条件的细胞培养基用于开展Olink蛋白质组学

②其次用IL-1β刺激NLS外植体，评估IL-1β对PPR的作用机制。作者采用的生物学重复（n = 5 patients）

 

研究思路示意图

4.研究结果：

①PPR皮肤与NLS外植体中DEGs和差异表达蛋白

 

图1与邻近NLS相比，PPR皮肤外植体中的DEGs和炎症蛋白

(a) 实验设计示意图。PPR或非病变组织体外培养24小时后，获得条件培养基进行后续Olink蛋白质组学，活检组织用于RNAseq。

(b) b和c显示了表达差异的基因和表达差异的蛋白，其中黄色代表基因/蛋白表达量增加，蓝色代表基因/蛋白表达量降低。

总结：从PPR皮肤与NLS外植体中DEGs和差异表达蛋白热图中，可以发现配对样本中有非常明显的差异基因和差异蛋白。在PPR皮肤和NLS皮肤中鉴定出92个显著改变的基因，其中87个基因上调，5个基因下调，在Olink的Inflammation Panel中发现16种差异蛋白

图2.PPR皮肤和相邻NLS活检之间的DEG和DEP展示

 

总结：其中显著差异基因包括TNF signaling pathway中的FOS、JUN、NFKBIA，细胞因子IL-1β，趋化因子CXCL5等基因，显著差异蛋白包含细胞因子LIF、IL-6、OSM及趋化因子IL-13、IFN-γ。

图3.PPR皮肤外植体和NLS外植体中DEG的KEGG通路分析

 

总结：对PPR皮肤外植体和NLS外植体差异基因进行通路富集分析，并发现显著富集的通路为MAPK signaling pathway、TNF signaling pathway，并对这个通路上的基因进行热图及P值和FC的展示。

图4.PPR损伤皮肤与NLS外植体中DEGs和DEPs的网络分析

 

总结：差异基因富集最显著的通路为MAPK signaling pathway、TNF signaling pathway，进一步分析差异基因和差异蛋白之间是否存在连接性，差异蛋白如LIF、IL-6、OSM是MAPK signaling pathway节点蛋白，差异蛋白CXCL5、IL-6、CCL20、LIF 是TNF signaling pathway的节点蛋白。

图5.IL-1β刺激非病变组织与PPR皮肤和NLS的比较

 

总结：进一步通过IL-1β刺激非病变组织与PPR皮肤和NLS，通过热图展示暴露在IL-1β的NLS活检会改变NLS组织转录组和蛋白质组，并其倾向于获得PPR表型，说能IL-1β在疾病发生发展的关键作用。

图6.基于本研究的差异基因和差异蛋白中确定的PPR发病机制假说

 

总结：DEGs和DEPs分析的联合结果表明TNF和MAPK是PPR皮肤外植体中上调最显著的通路。这些通路的上调可能与本研究中发现的多种炎症蛋白的表达增强有关，包括IL-1b、OSM、LIF和IL-6，而TNF信号通路主要是通过toll受体2的激活进而影响PPR疾病的发生和发展。

小编总结：转录组学 蛋白质组学是常规的发文章的组合，采用Olink蛋白质组学，在方法上具有一定的新意。炎症因子对于PPR是具有关键性的影响，研究目的和方向更加明确。 

如何更好的利用Olink蛋白质组 转录组去解决科研问题呢？

① 如果前期在开展转录组的实验时候，是有一定预期和明确研究背景的，比如和炎症因子、趋化因子、免疫等方向相关，Olink的蛋白质组学是首选的利器。

② 可以优先开展转录组，通过富集分析的方法锁定要研究的pathway，通过显著富集的通路选择panel进行蛋白检测，最后通过转录组和蛋白质提出机制假说。

③ 关注的一些低丰度蛋白，其他方法没办检出或者检测概率比较低的蛋白，如细胞膜蛋白、转运蛋白、炎症、趋化因子等，还是首选Olink！！

还想什么呢？Olink 转录组一些列高分文章向你走来！！