印尼纳土纳问题考验中印尼关系，印度尼西亚海事安全局透露，去年12月19日至24日期间，有63艘中国渔船在两艘中国海警船和一艘护卫舰的护航下，闯入印尼纳土纳群岛的专属经济区（Exclusive Economic Zone，简称EEZ）。它们拒绝海事安全局船只的要求，拒绝离开，并坚称它们是在自己的“领海”捕鱼。海事安全局除了通知印尼相关部门有关入侵事件，并不能做什么。

12月30日，印尼外交部与各部门协商后，提出抗议照会，指“印尼EEZ出现违法行为，包括非法、未报告、无管制的捕捞活动，以及中国海警在纳土纳海域对主权的侵犯”。印尼外交部召见了中国驻印尼大使肖千，对此表达强烈抗议。

中国外交部发言人耿爽于12月31日的例行记者会上，对印尼的抗议作出回应称：“中国对南沙群岛拥有主权，对南沙群岛有关海域拥有主权权利和管辖权。同时，中国在南中国海拥有历史性权利。中国渔民一直在中国南沙群岛有关海域开展正常的渔业生产活动，合法合理。中国海警船按照自身职责在有关海域开展常态化巡逻管理，维持海上秩序，保护本国人民的正当权益。中国驻印尼大使已向印尼方面重申了中方上述一贯立场。”

耿爽补充说：“中方愿与印尼方面一道，继续通过双边对话妥善管控分歧，共同维护好两国友好合作关系和当前南中国海和平稳定的大局。”

印尼外交部于今年1月1日反驳中国的回应，并指出中国对纳土纳群岛周边EEZ拥有历史权利的说法没有法律依据，因为根据印尼和中国都签署的《1982年联合国海洋法公约》（UNCLOS），纳土纳群岛附近的EEZ属于印尼主权范围。印尼也拒绝接受“有关海域”一词，它并不见于任何法律文件，所以没有法律依据。印尼外交部还重申，印尼在司法管辖权方面没有与中国重叠，它“永远不会承认中国划定的九段线，因为根据2016年海牙国际仲裁庭的裁决，中国的九段线主张违反了《联合国海洋法公约》”。

1月2日，耿爽回应印尼外交部的声明：“我要强调的是，中方的立场和主张符合包括《联合国海洋法公约》在内的国际法。无论印尼方面接受与否，都无法改变中方在相关海域拥有权益的客观事实。南中国海仲裁案所谓的裁决是非法的、无效的，中方早就阐明不接受、不承认的严正立场。中方坚决反对任何国家、团体和个人滥用非法仲裁裁决损害中方利益。”

尽管被要求离开印尼EEZ，但直到1月6日，中国海警船仍在距离拉奈（Ranai，纳土纳县首府）130海里的纳土纳群岛海域作业。印尼国会谴责中国船只闯入纳土纳群岛海域，印尼媒体则开始报道紧张升级的局势。一名学者甚至要求政府召回印尼驻中国大使，并检讨所有与中国合作的项目。政治、法律和安全事务统筹部长马福德指这起事件侵犯了印尼的主权，印尼不会就EEZ问题与中国进行谈判。

不过，印尼国防部长普拉博沃要求各方保持冷静，称印尼正在寻求和平解决方案。他补充说，“中国是印尼的朋友”。作为一名有影响力的退役将军和印尼总统佐科的亲信，海洋事务与投资统筹部长卢胡特也认为，人们不应该渲染夸大这起纠纷。他指出，中国无意与印尼发生冲突，如果中国海警船只是按照国际法，航经印尼纳土纳群岛的EEZ，印尼就不应采取任何行动；但如果中国渔船在印尼EEZ捕鱼，那就违反了国际法。