该行动坚持以人为本、执政为民的根本宗旨，突出转变增长方式、提高执政能力的发展要求，以整治水环境、遏制水污染、保护水资源、重建水生态、保证水安全为目标，从解决当前无锡市民最关心、最直接、最现实的饮用水安全问题着手，以建立六大工作机制、实施六大应急对策、建设九大清源工程、落实九大治污措施为重点，以政府主导、多元投入、市场运作、市民参与为抓手，强化组织领导，落实目标责任，形成以我为主、多方联动、协调有力、措施到位的工作机制，为建设群众认可、环境优美、生态良好的和谐宜人新无锡，加快建设高水平的全面小康社会提供坚强有力的保障。
“6699”行动的总体目标是
建立治理太湖、保护水源的长效工作机制，确保无锡城乡生活生产用水安全；
建立强有力的应急预案和处置对策，确保夏季全市居民的饮用水安全和社会安定；
加快推进水源清源的各项工程，确保城市供水水源的长效安全；
全面落实治理污染的有力措施，确保太湖治本之策取得实实在在的成效。
“6699”行动着力建立监测预警机制、调水引流机制、应急处理机制、协调联动机制、公众参与和信息公开机制和考核监督机制等六大工作机制；同时实施自来水水质强化处理对策、打捞和阻挡蓝藻对策、调水引流对策、人工增雨对策、地下水补充对策和净水保供对策等六大应急对策。
为了实现长期、安全的供水目标无锡决定建设九大清源工程：
贡湖水源地取水口优化和延伸工程（2007 年底前完成贡湖水源地取水口优化和延伸工程的前期工作，2008 年底前建成并投入使用，确保取水规模达到 100 万吨/日）、饮用水源地保护和生态修复工程、水源预处理和自来水深度处理工程、第二水源地建设工程（锡澄水厂取水能力达到 120 万吨/日，一期供水工程力争 2008 年 3 月底前、确保 4 月底前建成投运；二期供水工程确保 2009 年 4 月底前建成投运，实现长江饮用水供水）、新沟河拓浚工程、走马塘拓浚工程、应急饮用水源建设工程、太湖清淤工程、太湖生态修复工程。
同时落实九大治污措施：
1、关闭规模以下化工生产企业；
2、明确和严格入湖排污口封堵、截污和水质功能区断面达标；
3、整治和取缔所有直接向太湖排污的船舶和临湖经营场所；
4、所有乡镇生活污水集中处理和村生活垃圾集中收集处理；
5、撤除太湖一级保护区内畜禽养殖场、规模以下工业企业、村落和传统种养业；
6、禁止新建排放氮磷污染物的项目和限制氮磷污染物排放总量；
7、全面实施生活污水处理厂尾水脱氮、脱磷处理和工业及生活污水回用；
8、全面实施山军嶂山、大小箕山、中犊山、充山、马山工业和生活污水回用；
9、取缔定置渔具、垂钓、游泳行为和禁捕期的捕捞行为；
为了确保6699行动取得预期的成效，无锡市委市政府还制定了具体的保障措施：一是建立健全领导体制和工作推进机制；二是紧紧依靠专家实行科学治水；三是加大财政支持和多元投入治理太湖；四是严格各项工作目标责任的考核。（
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