1、元朝的宣政院：
宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关，由帝师兼领。忽必烈始置总制院，后改为宣政院，负责藏族地区的行政，委派官吏，清查户口，征收赋税。从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
1264年，总制院设立，统领吐蕃各宣慰司军民财谷，以国师八思巴领之。
1288年，总制院改称宣政院，以帝师领院事，秩从一品，用三台银印。并扩大机构，于院使下设同知、副使、参议、佥院等各二人，为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。
1311年，罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。
1331年，复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
1342年，又附设崇教所，治理僧俗庶务。若遇地方蕃寇起事，则于其地设行宣院担任讨伐事宜，平息后则废止。
2、明朝的乌思藏行都指挥使司和朵甘行都指挥使司：
1369年，朱元璋派遣官员持诏谕前往西藏，着令各部归顺明朝。
1370年年正月，当时控制乌思藏大部分地区的帕竹政权首领遣使入朝被封为灌顶国师后，藏族地方的大小僧俗首领纷纷来到首都南京请封，明朝一律授给他们以新的官职和封号。如指挥同知、佥事、宣慰使同知、副使、元帅、招讨、万户等职，以及国师等封号。
对于西藏的行政机构设置，明朝先后在西北西藏设立洮、河、岷、西宁四卫，在今甘、青、川部分西藏以及卫、藏地区设置“朵甘卫”和“乌思藏卫”。1374年，复于河州设置“西安行都指挥使司”，同时升“朵甘卫”为“朵甘行都指挥使司”，升“乌思藏卫”为“乌思藏行都指挥使司”。
明朝在确定藏族地区的都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。
其中的安多西藏：
明朝在安多西藏的行政建制主要是军事性质的卫所，一方面承认世居其地的土官酋豪的世系特权，一方面派遣汉族流官，以流管土，以土治番，土、流官员皆为武职，听命于兵部调遣。
3、清朝的驻藏大臣和金瓶掣签：
达.赖五世富有政治才能，公元1643年，他借蒙古的兵力打败藏王，统一西藏，建立了政教合一的“甘丹颇章王朝”。然后，又于清顺治九年（公元1652年），到北京朝觐，接受了清廷的册封。
1682年，五世达.赖过世，西藏局势不稳。
1709年清康熙四十八年，清朝廷派遣大臣前往喇萨，办理西藏事务。
1713年，清朝政府确定了班禅和达.赖的同等地位，“互为师”，谁大谁为师。
1716年，准噶尔部派兵入侵西藏，攻打拉萨。
1720年，康熙帝十四子率军打败准噶尔部，协助达.赖七世入藏，以拉藏汗旧臣管理西藏。清政府从此在西藏驻军，这是清朝经营青海、西藏地区之始。
1727年雍正五年正月，清世宗派遣内阁学士僧格、副都统马喇驻喇萨，“与达.赖喇嘛、康济鼐、阿尔布巴等和衷办事”，并设立驻藏大臣衙门。自此，朝廷派驻藏大臣二员办理西藏事务。
1750年，西藏出现叛乱，清朝廷派四川总督领兵入藏平叛。清政府驻藏大臣制度最终确立，成为定制，不再册封噶伦为札萨克，防止权力集中於世俗贵族之手。
1751年，清朝颁行策棱所奏的《西藏善後章程》十三条。 章程扩大了驻藏大臣的职权，并首次正式规定了达.赖喇嘛的世俗权力，形成了驻藏大臣、达.赖与班禅的僧官系统、噶厦俗官系统三者制衡的状态；正式设立噶厦政府，驻地在拉萨大昭寺，长官为噶伦，秉承驻藏大臣、达.赖喇嘛旨意办事。
1791年，廓尔喀入侵西藏，西藏政府请求清政府派兵支援。
1792年，乾隆命清朝大将军福康安同参赞大臣海兰察率领清兵支援当地藏兵，将廓尔喀军队驱返喜马拉雅山南麓，甚至还反攻至廓尔喀首都－阳布外二十公里的热锁桥，迫使廓尔喀向清朝五年朝贡一次。驱逐廓尔喀军队之後，清官兵以完善西藏行政为理由，订立了治理西藏的多项章程，要求以“金瓶掣签”认定达.赖喇嘛、班禅喇嘛和其他呼图克图的转世。 《藏内善後章程》二十九条，大大加强了驻藏大臣的权力。
1793年，上述章程的部分条款汇编成“钦定藏内善后章程”，并翻译成藏文，详细规定西藏的宗教事务、外事、军事、行政和司法权力，达.赖、班禅转世程序，地方政权的组织结构，并正式划分西藏和青海、四川、新疆等省份的边界。此后西藏的政务完全依照此章程行事。
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