清朝皇帝派出总督巡抚大员，最初常常是“值其事其地用兵者设之”。
如顺治六年（公元1649年）八月给事中姚文然奏：
“北直接壤山东、河北一带，盗贼日炽，商贾不前，耕桑失时。兵到则东剿西遁，兵撤则勾连复起。由地势接连，两省兵粮各有分疆。巡抚无调总兵之事权，总镇亦无越境穷追之剿法。若仿江南川湖陕西之例，即将真保巡抚改为总督衙门…”从之。
顺治十年六月又有谕曰：
“湖南湖北疆界辽阔，军务甚繁，著祖泽远（湖广四川总督）专督湖广，其四川兵马钱粮，皆从陕西调发，境壤相连，著孟乔芳兼督四川”，遂设湖广与川陕两总督。
1、督抚兼任都御史、尚书、侍郎的缘起
派遣总督巡抚的事由，以军事为多，即调度兵马，其次是举劾官吏，察吏安民。
加以督抚属于由中央派出的差遣官，所以常以“兵部右待郎”、“右副都御史”或“兵部右待郎兼右副都御史”的名义派出，在此基础上逐渐形成了督抚兼衔制。
不过在顺治朝，这种兼衔还不固定。
如在总督的派遣上就有：
顺治元年（公元1644年)六月，令前明太子太傅左都督骆养性以原官总督天津等处军务；
七月，以吴孳昌为右佥都御史总督宣大山西处，兼管巡抚；
二年五月，以王文奎为兵部右待郎兼右副都御史总督淮扬；
闰六月，以内阁大学士洪承畴总督军务抚江南各省等等。
在巡抚的派遣方面，多数是以“右佥都御史”或“右副都御史”名义派出。
但值得注意的是：
顺治六年以林起风为兵部尚书兼右副都御史巡抚凤阳；
顺治二年七月以潘士良为兵都右待郎兼右佥都御史抚治郧阳；
顺治六年五月，以郭肇基为兵部左侍郎兼右副都御史巡抚广西。
总之，顺治一代，督抚兼衔还不固定。
总督巡抚兼衔是随着督抚设置的完善化面走向固定化的。
2、督抚兼任都御史、尚书、侍郎的定例
其中重要的定制是四次，康熙三十一年（公元1692年）题准：
总督由侍郎补授者，原系左侍郎，改为兵部左侍郎，原系右侍郎，改为兵部右侍郎、兼都察院右副都御史；由巡抚补授者，应升为兵部右侍郎兼都察院右副都御史。
雍正元年（公元1723年）又议准各省督抚兼衔：
川陕总督、两江总督俱授为兵部尚书，兼副都御史，其余总督俱照旧例。侍郎、副都御史、卿员、布政使补巡抚者，俱授为右副都御史，佥都御史补巡抚者，改为右佥都御史，由按察使擢补者，亦授佥都御史。
至乾隆年间，又有二次重要调整。
一次是乾隆十三年（公元1748年)确定：
(1)川陕两江总督，不论由何项官员补授者，俱为兵部尚书，兼都察院右都御史。
(2)其余各省总督，由侍郎及别项官员补授者，俱改为兵部右侍郎，兼都察院右副都御史；如各部尚书及左都御史奉旨补授者，俱为兵部尚书兼都察院右都御史。
(3)巡抚中，取消右佥都御史兼衔，确定巡抚由侍郎补授者，为兵部右侍郎兼都察院右副都御史，不由侍郎补授者，无论何项官员，俱兼都察院右副都御史衔。
乾隆四十四年又对上述规定作了调整，确定总督一体授都察院右都御史，巡抚授都察院右副都御史，至于应否兼兵部尚书或侍郎衔，由吏部请旨定夺。
经过康熙、雍正、乾隆三朝的调整，督抚兼衔制度也趋于完善。
其特征，一是总督与巡抚的兼衔的区分逐渐划一明晰；二是督抚兼衔名称也趋于固定。
3、为何督抚兼任都御史、尚书、侍郎？
兼衔制的存在，其意义是重大的。
一是使总督巡抚的身份具有双重性，由于督抚所兼为都察院和兵部官衔，从而也就有了受中央派遣之使命。本来督抚地方官制化以后，负有地方行政之责，而兼衔制则使督抚具有了代表中央行使军事和监察之权的意味，这就大大加强了督抚的事权，使督抚成为联接中央与地方之间的桥梁。
二是通过兼衔制抬高督抚的地位。
《光绪会典》称：
“凡百官之任，有管理以重其权，有行走以供其职，有加衔以显其秩。”
清朝定官吏品秩，其中总督正二品，巡抚从二品，而武官中，提督从一品，总兵正二品，督抚在武官提督总兵之下。但在清朝的统治思想中，要防止军事权膨胀，最好的方法莫过于以文制武。
康熙《大清会典》就说：
“国家军旅之事，专任武臣，其在直省者以文臣监督，曰总督，曰巡抚。”
为使品秩低于提督总兵的督抚能够“制武”，于是通过兼衔来拾高督抚品秩，使总督官阶升为从一品，巡抚的官阶升为正二品，从而能够名正言顺地对辖区内的提督总兵行使节制监督权。
在督抚地方官制化以后，总督巡抚成为地方最高军政、行政长官，从而地就拥有了这一方面的职之权。
4、总督巡抚的职权
总督的职权，据《清朝通志》称是：
“掌综治军民，统辖文武，考核官吏，修饬封疆。”
《清史稿》云：
“总督掌厘治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆。三年大此充监临官，武科充主试官。”
对于巡抚的职权，《清朝通志》称：
“掌宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊。”
《清史稿》云：
“巡抚掌宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，考核群吏，会总督以诏废置。”“其三年大比充监临官，武科充主试官，督、抚同。”
总督巡抚总掌地方军政、行政大权，除履行兴民教化、整风调俗、赈灾保甲等职责外，主要包括如下几个方面：
（1）监督任用官吏之权。
实际包括四个方面：
一是保举权。
督抚保举权起于清初，顺治十二年（公元1655年）曾令督抚和在京满汉三品以上堂官保举知府缺。
康雍乾三朝皇帝也多次诏令督抚保荐人才。
雍正在诏京外大臣荐举道府州县“亲民要职”，扩大督抚保养对象的同时，也规定了荐举数额：
总督举三员，巡抚举二员，皆“密封奏闻”。
可见保举官员是督抚的重要职权，但在范围、人员方面是有控制的。
二是对文职道、府以下，武职副将以下官员的题补和调补缺权，即上述文职缺出，本省督抚有权拣选应升应调之员，以题本或奏折的形式向朝廷题请补授。
在武职副将以下的题补缺权中，还有一项“预保”权，即湖南、陕西、甘肃、四川、广东、广西、云南、贵州、福建九省督抚得将题缺内的参将以下武官于未出缺前，预先保题，由兵部引见注册。
三是对全省文武官员的监督权，即三年大计，由督抚对属下官员出考具题，报送吏部。
出考具题，即依业绩给所属官员定出卓异、供职、劾三个类别。其中划人“劾”类的知县以上官员，六个月内由督抚给咨送吏部引见。
在每五年举行一次的“军政”考评中，由总督巡抚提督对各省绿营副将以下千总以上武官进行考核，按才技、年力、驭兵、给饷等方面给予评定。
四是每逢大比即乡试，总督与巡抚共同充任监临官，武科任主试官。
（2）节制绿营军队之权。
雍正朝修的《大清会典》说：
“国家设将帅之臣，以守封疆，又遣都察院堂官为总督、巡抚以统率之，总督节制全省，巡抚专司粮纳而赞理焉。”
由此可见，总督巡抚军事权力有所偏重，即总督主军政、巡抚专司粮饷，负赞理之责。
然而在事实上，为尽快处理省内突发事件，朝廷也经常命巡抚，尤其是不设总督之省份的巡抚兼管军务。
如康熙八年（公元1669年）九月准康亲王杰书等议：
“文武既分职掌，巡抚例不管兵，但有未设总督之省，如遇军需急务提督总兵官仍应会同巡抚料理”，并令“副将以下武职官员若有贪酷、殃民、侵饷等事，亦应巡抚察实题参。”
九年四月又命：
“各省巡抚不必概令管兵，其不设总督提督各省份，副将以下各武官令巡抚兼辖。”
在这里，巡抚兼辖军务还仅限于不设总督提督之省份，且事权较轻，还仅限于参与军务，监督副将以下武职官员等方面，并无督兵进剿之职责，也不得檄令提督总兵发兵灭寇。
这种设置，意在使巡抚职权有所侧重，但在运作中也带来种种不便，正如乾隆十二年（公元1747年）谕旨所指出的：
“军务关系綦重，巡抚与通省营弁不相统辖，从前抚、提各持意见，公文遂致掣肘。”
为克服这种状况，雍正十二年（公元1734年）谕山西巡抚管理山西提督事务；乾隆年间又先后令河南、山东、贵州、江西巡抚兼提督衔；嘉庆时又定安徽巡抚兼提督衔。
这一兼衔的意义在于：
改变过去部分巡抚不能参与军令和只能监督副将以下武官的情况，赋予这部分巡抚“节制”“稽察”省内绿营之权，即“通省武弁听其管辖”、“节制通省兵马”、“节制通省营伍”之权。
在明确督抚分驻省份巡抚军事权限的同时，还进一步确定：
“总督兼辖省份，由巡抚署考会题，校阅防剿，定为专责”，即总督兼辖省份之巡抚也具有监视考核武官，参与练校阅绿营，会同防剿等军事权力。
督抚的军事权，包括节制、统领、调遣三个方面的职权。
节制，即管理、督察省内绿营之权。
据罗尔纲先生研究，节制顺序为：
总督可以节制辖区内的巡抚、提督、总兵；兼提督之巡抚节制辖区内各镇；不兼提督之巡抚则有监视提、镇的职责。
包括监督武官权(有定期举行的，如五年一次的“军政”，还有不定期举行的)；题调黜免武员权（武员自副将以下，得由督、抚奏请黜免，其副将以下的题调缺，也都由督抚奏请题调)；疏定营制权（凡营制的建制，或其间随时度务，因革裁复等事宜，都由督抚奏请颁定)。
统领，即统领所属绿营之权。
清代绿营分标、协、营三个系统，总督和巡抚都有自己所属的军队，称督标或抚标，数量各省不同。
督标多的如两江，达9000余人，少的如湖广，仅1000余人，平均是4000人左右。抚标一般为千余人。
这些是直属总督巡抚并为其直接调遣的军队。而对于标之下的协、营、汛各军队，虽无“从属”关系，但也有“统属”的权力，即“标”有权统属辖区内之各协、营、汛之军队。
调遣，即辖区内有事，督抚得征调军队。
在清朝制度中，武官有管辖军队权，但无征调权。
《大清会典》称：
“凡将帅统领军马，守御城地，及屯驻边镇，若所管地方遇有报到草贼生发，即时差人体探缓急声息，须先申报本管上司，转达朝廷奏闻，给降御宝圣旨，调遣官军征讨。”
这里“本管上司”，即总督巡抚。
督抚对提督总兵用兵得以节制，当辖内事情紧急时，督抚则可不必等候谕，自一面征调所辖兵马以赴事机，一面飞章奏闻。
在军令方面，总督的地位要高于巡抚，即总督可征调提、镇，并可檄调巡抚标兵。
（3）监督财政权。
在清朝制度中，管理一省财政的是布政使。
布政使“十年会户版，均税役，登民数、田数，上达户部”，也就是说，布政使直接向户部负责。
然而，自总督、巡抚转为地方官后，布政使成为督抚的属吏，督抚对布政使的工作有综理监督之责。
督抚的监督财政权主要是：
将各州县卫所所征收钱粮火耗，随地亩旧额，酌定士民之成规，一面据实具奏，一面出示晓谕。“徜有司于额外多取，该督抚即行指名提参。”
奏销地丁钱粮，由藩司核遣总册，申送督抚覆核，每年春秋二季报部。每年督抚还须送考成册一本，开列已完未完数目。
起运钱粮，“如布政使将解到线粮发换批回，改抵别项，及府州县不按款项蒙混抵解”，“听督抚纠参”。
督抚在钱粮征收、起运存留和奏销的过程中起审核把关作用。
督抚的财政权中还包括对地方司库、道库钱粮进出的监督方面。
如布政司库钱粮，每值奏销交代，总督巡抚应亲赴盘查，并具结报题。督抚新任，亦一例盘查。凡粮盐道库钱粮，每值奏销交代，督抚暨兼管盐政，督抚照盘查藩库之例盘查报题，对各省常平仓亦如此。此外督抚还得抽查州县仓库钱粮。
（4）司法审判监督权。
明代以提刑按察使专理省一级司法工作。
清代仍置按察使，但随着总督巡抚设置的常设化和制度化，督抚的司法权限也得到明确。
顺治八年（公元1651年）就有谕旨云：
“自今以后凡有奏告之人，在外省应先于各该管司道府州县衙门控诉。
若司道府州县官不予审理，应于该管总督巡抚巡按衙门控诉。若总督巡抚巡按不准或审断冤枉，再赴都察院衙门击鼓鸣冤。…”
这就是说，督抚已成为一个审级，并且是地方审判的最高级。
在审判顺序方面，徙罪以下之案件，即涉及户口、婚姻、田产继承，买卖、债务及斗殴、偷盗等案件，府州县可以自行审决，如不公，可向上司衙门申诉，道及直隶厅州为这类案件的终审机关，但须将材料报送按察使，督抚责任是对此进行核正。
而对于流刑以上案件，即涉及杀人、强盗、邪教、强奸、拐骗、窝赌、私盐等情节较重的案件，府州县得报后必须验勘通详，解上司以转审。
程序为：
府属之厅州县由府转审直隶厅直隶州所属之县，由该厅州转审；直隶厅直隶州本管者，由道转审；知府有亲辖地方者，其本管亦由道转。督抚对府州县重要案件的审判进行复核与审勘。
徙罪以上重要案件，督抚履行的是复审权。
朝廷极其看重督抚的复审权，规定，凡涉及谋反、大逆、会匪等应处以凌迟、斩、枭首等刑的重大案件，督抚应“专折具奏，交部速议”；其余斩、绞重案则“俱专本具题”，并分送揭贴于法司、科道。
（5）对外交涉权。
督抚之对外交涉权，起源于传统藩属体制。
嘉庆朝《钦定大清会典》称：
“贡使到，由督抚具题奏闻。…贡使往来，由督抚委派同知或通判一员伴送。外国有事陈请，不得擅自径申及陈奏御前，须由督抚转奏。”
嘉庆帝云：
“各省封疆大吏，守土是其专责，遇有关涉外夷之事，尤当立时亲往勘办，务臻妥协，方为无忝厥职。”
由于清朝没有专设之外交机关，又要避免被视为“夷”的外国使臣直达御前，所以以地方督抚为折冲，赋予他们交涉之权，其体就是上奏咨报和承转之权。
但由于西方殖民者频频东来，交涉事务日趋复杂，所以清廷也允诺督抚变通和就地处理外交事务。
道光二十七年（公元1847年）谕署两广总督徐广缙：
“嗣后遇有交涉事件，…变通参酌是在该署督临时加意权衡体察。”
这种“变通参酌”的事例，一是订立交涉章程。乾隆二十四年（公元1759年)，两广总督李侍尧奏定《防范外夷规条》；嘉庆十四年（公元1809年)，两广总督百龄订立《民夷交易章程》6条：道光十年(公元1830年)十月，英吉利大班违禁携带好人进入广州住馆，并偷运枪炮，两广总督李鸿宾又上奏的议变通增减防范外夷章程。
二是自行处理交涉争端。如嘉庆十九年（公元1814年），“英吉利国护货兵船违例闯入虎门”，两广总督蒋攸铦“示以兵威，派员诘责”，“英人屈服遂扬帆去。”
督抚的交涉权中还包括监管海关权。
清代海关设置监督一职，一般“以内务府司员简充”。但从康熙五十九年（公元1720年)起，陆续将江海关、浙海关交给巡抚管理。雍正年间又确定粤海关、闽海关“归巡抚衙门委府道征收”。
1734年雍正谕旨：
“督抚或不关心，监督动则掣肘，不独于税务无补，即于地方亦难免扰累。…嗣后凡有监督各关，著该督抚兼管所属口岸，饬令该地方文武各官不时巡查，如有纵容滋扰情弊，听该督抚参处。”
可知这种监管，主要是监察海关官员和海关管理。
上述权力，实际上都是督抚的职之权，即身为督抚之职，便拥有这些权力。
兼衔制的固定化和制度化，实际也使督抚的监督、军事权固定化，成为督抚职之权的组成部分。
这些权力，记之于会典，载之于事例，成为一套严整的行政法规，成为督抚行使权力的主要依据。
从上面我们可以看出，督抚职权包括地方军事、行政、司法、财政、交涉诸方面，可谓无所不包。
这样，地方在督抚这一级形成了一个集权体制，达到了督抚“事权归一”的结果。
5、督抚密折奏事权
然而督抚除拥有上述职权外，还拥有一项重要权力，即密折奏事权。
密折奏事起于康熙年间。康熙五十一年（公元1712年）曾有一道上谕称：
“朕为国为民，宵旰勤劳，亦属分内常事。此外所不得闻者，常令各该将军、总督、巡抚、提督、总兵官，因请安折内附陈密奏，故各省之事不能欺隐，此于国计民生大有裨益也。”
从康熙逾旨得知，密折最初是于请安折内附陈的。
但到雍正嘉庆年间，则进一步发展成奏折制度。为了保密，其进呈方式也是特殊的，即由朝廷颁给专门折匣，奏事时将奏折装入封套，匣外加铜锁，用盖有御押黄纸封口，派人贲京，交乾清门奏事官，直达御前。
对于督抚而言，专折奏事是他门的基本权力。
督抚所写奏折，一般包括两大类，一是对皇帝所希望了解的有关情况进行汇报，如官员行为、营伍情况、气候、风俗、百姓生活等等，另一类则是对有关事件提出建议和陈请。
督抚奏请事件，包括其管辖区域内之事，也包括国内其他事务。
皇帝对于督抚奏折，一般的加以朱批，交还本人执行。事关重大者划由皇帝与军机大臣商议决定，或以“寄信上谕”形式下达命令，或转交部议。
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