晋江发源于福建省中部戴云山，流域面积5629km 2，河长182km，河道平均坡降1.9‰，沿程流经永春、安溪、南安、晋江、鲤城、丰泽等县市。
晋江上游有东溪和西溪两大支流，东溪发源于永春县呈祥乡云路村，流域面积1917km 2，河长120km。西溪发源于安溪县感德乡挑舟村，流域面积3101km 2，河长145km。两支流于南安市丰州镇井兜村双溪口汇合始称晋江，并于晋江市淄滨纳入九十九溪至丰泽区浔浦入海。
晋江水系支流多，河网密度大，达0.171公里/平方公里，流域面积在100平方公里以上的支流有15条。从晋江干支流的流向和水系的几何形态看，晋江水系具有格子状扇形水系的特征 。
晋江是 泉州市第一大江，下游是福建省著名侨乡，也是福建省经济最发达地区之一，水资源对于晋江流域可持续发展尤其重要。
晋江发源于戴云山脉东南坡，中上游分东西两溪，两溪汇于 南安县丰 州镇英兜村前的双溪口，始称晋江。
西溪为晋江正源，发源于 安溪县 桃舟乡 达新村附近的斜屿山（海拔1352米），流经安溪县桃舟、 永春县一都和横口、安溪县剑斗、白濑、湖上、湖头、金谷、蓬莱、魁斗、城厢、凤城，在城厢镇仙苑村纳蓝溪后始称西溪，再入南安县仑苍、美林、溪美，至丰州双溪口与东溪汇合，全长约153公里，流域面积3101平方公里，占晋江流域面积的55.1%。西溪多年平均径流量为36.5亿立方米，水量约占晋江总水量的65%左右；水位季节变化大，1935年洪流量曾达8500立方米/秒，枯流量1963年为1.68立方米/秒；天然落差大，河道平均比降约6.5‰；多年平均含沙量为0.73千克/立方米；支流多，流域面积在100平方公里以上的支流有9条。
东溪源于永春县锦斗乡珍卿村附近的雪山（海拔1386米）南麓，流经永春县锦斗、呈祥、蓬壶、达埔、石鼓、五里街、桃城、东平等乡镇，在永春境内称桃溪，至东平乡东关桥纳湖洋溪后始称东溪。后出东关入南安县，经山美水库、码头、梅山、洪濑、康美、美林、丰州等乡镇，在丰州双溪口与西溪汇合流入晋江干流，全长120公里，流域面积1917平方公里，占晋江流域总面积的34.1%。东溪多年平均径流量14.0亿立方米，流域面积100平方公里以上的支流有5条 。
九十九溪就是这样的一条河。它是晋江境内最长的河流，发源于南安大旗尾山和黄山骆驼岭，向东流经内坑、磁灶、紫帽、西园、梅岭、池店、陈埭等镇（街道），最终分为两条支流，一条由溜滨水闸汇入晋江，另一条则由乌边港水闸入海。九十九溪全长47千米，流域面积345平方千米。九十九溪并不是有九十九条溪，而是因为它支流众多，人们用最大的数“九”来给它命名，还不足以描述它庞大的数量，故称“九十九”。
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