UCSC基因组浏览器（一）

UCSC相当于一个数据库的航母，内容丰富，功能齐全，小编从公众号建立那天起就想说一说UCSC数据库，但是无奈内容真的太多了，不知道从何说起，今天就从UCSC Genome Browser说起吧，了解一些入门级功能，

数据库地址：https://genome.ucsc.edu/

打开数据库主页，把鼠标放在Genomes一栏，可以看到有不同物种的基因组信息，可以挑选，这里需要注意的是，在平时研究的时候，要确定好使用的基因组版本，拿hg19和hg38来说，都是人的基因组序列，但是不同的版本基因的位置信息等不一样。右侧红框内列出了UCSC经常使用的一些工具,有blat工具，强大的Table Browser等，最上面的Genome Browser就是今天要说的，点击进去

可以看到有搜索框，里面可以选择基因组版本信息，输入要寻找的位点信息等，

这里以人基因组hg19，选位置信息为chr1:1322615-1326245

可以看到查找的序列在1号染色体的位置，红色标注的地方，因为染色体是很长的，所以查找的位点具体到染色体的时候，可能占的位置就很小很小了，

下图三个分别标注了查找序列的位置信息，UCSC基因的注释信息和参考基因的信息，其中第二行，比较粗的指的是外显子信息，细线指的是内含子信息，箭头指的是基因的转录方向，

如果想查看其中一个外显子的信息，可以参照下面，鼠标点住外显子其实的位置，往右边拉就可以了，把序列信息放大，

接下来SNPs字样的是指的SNP位点信息，human mRNAs是指mRNA表达信息，其实就是exon区域

下面这一行指的是整合ENcode数据库的信息，表观遗传相关的数据信息，

下面这一行指的是保守型的信息，可以看到，在外显子区域，保守性变化比较大，内含子区域变化比较小，其中标注有Mouse，Dog那些，是指在不同物种当中的保守性信息

dbSNP数据库里面的SNP信息，用到的147是指SNPdb版本信息

对应要显示的内容，点击configure，自己对需要显示的内容进行设置，

如果你对应自己设置的东西混乱了，还可以恢复默认设置

最后面的一系列列表，

简单小结：以上就是UCSC Genome Browser一打开就需要知道的内容，说的不详细的地方可以给小编留言，下次将详细介绍；