DGIdb: 药物-基因作用数据库

我们做很多疾病研究，最终的目的就是为了挖掘疾病的基因位点，并且寻找针对位点基因的靶向作用药物。今天小编就向大家介绍一个关于药物-基因作用的数据库DGIdb http://dgidb.genome.wustl.edu/

DGIdb, the drug gene itneraction database. 它收集了多个数据库DrugBank,herapeutic target database (TTD), PharmGKB, a list of targeted agents in lung cancer and ClinicalTrials.gov,等等。DGIdb也将基因根据

通路，分子功能，基因家族等分为39个类。目前DGIdb包含了超过40000gene,10000drugs, 15000drug-gene interactions.

DGIdb首页:

我们可以看到DGIdb的网页非常简洁，只需要输入你关注的gene list（ps.一行一个），以及搜索标准即可。

对于搜索标准，sourse database :DGIdb囊括了10个sources，下拉可以挑选你希望关注的数据库。

SourcTurstLevel: 对于各个source database,有的是text-mining,有的是expert curated。因此这里的可信等级也就分为expert curate and non-curated.

Interaction Types:DGIdb将药物-基因间的作用分为33种，有促进表达，有抑制表达，有cofactor，等等。用户可以根据自己需求筛选与基因positive or negative 作用的药物。

参数设置好后，数据库搜索返回结果页面：

这里给出了gene,drug, interaction type and source database用户也可以将结果下载为TSV文件。

DGIdb数据库内容全面，界面简单友好，力荐。