13世纪初，阿尔泰山以东地区的乃蛮部落被新兴的蒙古成吉思汗所击败，乃蛮部太阳汗子屈出律（又称古出鲁克）及大量部民逃脱。他们奔往别失八里，从那里又越过天山到达库车。屈出律带领部下在库车山里东游西荡，既无粮食又乏给养，而跟随他的那些人已作鸟兽散。
1208年冬，屈出律只好去投奔西辽王朝的菊儿汗。屈出律到巴拉沙衮后，有一段时间为菊儿汗供职。当花剌子模的沙摩诃末起兵反对西辽时，东方的属国、属部也起来造反，西辽处境困难。这时屈出律提出让他去纠集乃蛮旧部，以强大西辽的建议。耶律直鲁古接受了他的建议，赏赐他许多财宝并封他为可汗。
屈出律到叶密立和海押立一带收集自己的族人，又同其他部落结成联盟。他率领这支军队进入西辽直辖领地，大肆杀戮和抢劫。他向花剌子模沙派出使臣，约定夹攻菊儿汗，瓜分西辽土地。屈出律出兵击败西辽军队，遂劫掠乌兹干，又进攻巴拉沙衮，但被菊儿汗打败，士兵大半被俘。屈出律北走，重新集结兵力，等待时机。
1210年，怛逻斯战役后，花剌子模和西辽各自退兵。西辽军队纪律败坏，沿途烧杀抢劫，人民惊恐。当他们抵达巴拉沙衮时，居民们紧闭城门，拒绝他们入城。西辽军队的将领们告诉他们花剌子模已退兵。但居民们不相信，坚持战斗了十六天，最后被西辽军队用大象把城门攻毁。西辽军队入城后，屠杀三天三夜，有四万七千人被杀。西辽军队同时大肆抢劫，得到大量财物。但是这时菊儿汗财政困难，国库空空如洗。宰相马赫穆德巴依怕菊儿汗征收自己的财产，便建议把士兵抢劫的财物集中归国库。当将军们听到这一消息后，便各自带军队离开菊儿汗，煽动叛乱。
屈出律得知这一情况后，于1211年秋天趁直鲁古外出狩猎的时候将其带军队突袭菊儿汗，攫取了政权。《辽史》记载，“乃蛮王屈出律以伏兵八千擒之，而据其位。”屈出律攫取政权后，表面上对菊儿汗很礼敬“尊耶律直鲁古为太上皇，皇后为皇太后，朝夕问起居”，实际上是利用他来稳定自己的统治。耶律直鲁古在郁抑悲意中生活了两年，于1213年死去。耶律直鲁古史称末主。
屈出律为了取得契丹贵族的支持，娶了西辽王朝末代皇帝直鲁古之女忽浑公主，并依公主劝告，他由基督教改信佛教。由于花剌子模国摩诃谟打着伊斯兰教旗号向东扩张，屈出律在全国大力推行佛教，打击伊斯兰教。屈出律要穆斯林改奉佛教，至少要穿戴契丹人的服装，并强制推行，引起人民群众的普遍不满。
1211年，屈出律释放囚禁于巴拉沙衮的穆罕默德汗回喀什噶尔，但是喀什噶尔贵族们并不欢迎穆罕默德汗，当他入城时被刺死于城门中，东喀喇汗王朝灭亡。而西喀喇汗王朝成为花剌子模的属国后，末代君主奥斯曼处于花剌子模驻撒马尔罕总督的有力控制之下，完全失去自由，西喀喇汗王朝人民则遭受到更为残酷的剥削。1212年，河中人民不满花剌子模王朝的盘剥，举行起义，奥斯曼汗支持这一行动。摩诃末率军镇压，攻破撒马尔罕城，处死奥斯曼汗，西喀喇汗王朝灭亡。
成吉思汗在完成了全蒙古的统一，建立起蒙古帝国后，率先发起了对曾经奴役自己的金国的战事。元太祖十年（1215）年，成吉思汗攻占金朝中都(今北京)后，得知屈出律逃至西辽并篡位，篾儿乞部也附属于他，聚集兵力图反攻复国。为解除后顾之忧，成吉思汗回蒙古本土后，于十二年派哲别将军率2万骑兵西征屈出律。派长皇子术赤和速不台率兵2万消灭篾儿乞部残部。
哲别尚未到达哈失哈儿城（今新疆喀什），屈出律已逃之夭夭。哲别抵达后，曾派人向当地居民宣布宗教信仰自由的政策，得到居民们的一致拥护，使屈出律所到之处，均遭到抵抗，被迫逃往巴达克山谷（今阿富汗境内）。因山谷崎岖不平，行走困难，蒙古军无法深入。因此，哲别跟当地猎户达成协议；如果能捉住屈出律并交付于蒙古军，蒙古军不再向猎户索取任何物品。猎户因此包围了屈出律及其部卒，将其捉拿后，送交了蒙古军。哲别下令，将屈出律处死。同时，蒙古军顺利进入西辽都城巴拉沙衮，西辽—喀喇汗各地领主相继归附，西辽国灭亡。
时至今日，在原西辽故地生活的哈萨克，柯尔克孜（吉尔吉斯）这两个民族中，都保留有独立的乞塔（契丹）部落。甚至在柯尔克孜中，乞塔（契丹）是一个重要的部落，人口众多，势力较大。可以说在西辽灭亡后，喀喇契丹人依然生活在西辽都城巴拉沙衮（今吉尔吉斯布拉多内吉城）一带，例如其王族后裔中有以“局儿罕”为汉化姓氏者，称局氏。并在后来以完整的部落组织加入到了哈萨克和柯尔克孜这两个民族实体中去。
如今在西辽故地，吉尔吉斯斯坦地区，能够找到的与西辽相关的文物和遗迹屈指可数，经过千年的磨砺，这个昔日繁华的城市已经荡然无存，这段充满传奇色彩的历史，随着时间的推移，正在慢慢消失。关于耶律大石、西辽、乃至于契丹的历史，似乎也都被这里的人们所遗忘，然而有些事始终无法改变，那就是血脉。在吉尔吉斯斯坦共和国首都，比什凯克附近的山谷草原之中，依然生活着崇尚自然，保留着传统生活方式的契丹人，他们大多数认为自己的身体里仍然流淌着西辽人的血液，他们不仅没有忘记，而且努力寻找更多的关于契丹人的根脉，乔罗波库洛夫便是其中的代表，作为吉尔吉斯斯坦共和国契丹部落协会主席，乔罗波库洛夫写过许多关于契丹人的书籍，并多次来到中国进行自己的寻根之旅，他在中国探究祖辈过去的历史，并寻找着和契丹有关的古代遗迹，当然他也忘不了西辽和耶律大石。他把自己走过的路线制成展板，向人们介绍自己的研究成果，他以自己身为契丹人而自豪。
契丹一词的含义，有专家说是东方太阳神之意，契丹人尊重太阳的力量，以期望蒸蒸日上，如日中天，也有人称他们为太阳契丹，他们似乎拥有超越时空的坚韧与力量，乔罗波库洛夫至今依然保留着崇东拜日的习俗，他用这种方式表达着自己寻根溯源的愿望和对自己契丹人身份的认同。耶律大石所建立的西辽有近百年的历史，一直延续到公元1218年，被随后崛起的蒙古灭亡，这些契丹人的后裔，始终没有回到东方，在这片土地上，希望与苦难像两块砾石磨砺了他们的意志，他们靠着辛勤的劳作终于把异乡变成了自己的故乡。目前在吉尔吉斯斯坦40多个大的部落中，契丹部落是最大的部落之一，人口达到50多万，将近占吉尔吉斯斯坦总人口的十分之一。
此后，随着蒙古大军的西征，西域、中亚各地皆归蒙古所属。蒙古大汗在此分别建立别失八里、阿姆河两个行尚书省管理该地军政事务。
蒙古以及后来的元朝对西域的政治统治影响久远，它不仅密切了天山南北各地同内陆的联系，而且在促进西域民族的大融合以及近现代意义上民族的形成发展起到了十分重要的推进作用。蒙古高原与西域之间有道路相通，因此天山南北各地的政治统一使大批蒙古人进入西域，蒙古统治者在此设立军政管理机构，行屯田，修驿道，西域社会经济得到一定程度恢复和发展。
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