北元（1368年—1635年），是1368年元朝在中原的统治崩溃后，元朝皇室退居漠北，形成与明朝并存的游牧政权，1402年之前国号以“大元”为主，1402年之后国号以“蒙古”为主。 高丽人首称为北元。
1368年，中原局势彻底失控，加之明将徐达领兵进逼大都，惠宗被迫放弃大都，北走上都。1402年，鬼力赤杀坤帖木儿汗自立，明史记载其复称蒙古。
1438年， 卫拉特部脱欢统一了东西蒙古。
1449年，卫拉特部也先俘明英宗，史称土木之变。
1510年，达延汗统一蒙古本部，史称达延汗中兴。
1547年，库登汗惧为阿勒坦汗所并，率左翼蒙古南迁避祸。
1550年，阿勒坦汗兵临北京，史称庚戌之变。
1571年，阿勒坦汗与明朝达成隆庆和议，结束了蒙古与明朝近二百年的敌对状态。
1576年，图们汗制定《图们汗法典》颁行于全蒙古。
1616年，与明朝、后金并立。
1626年，林丹汗不敌后金，率右翼蒙古西迁避祸。1635年，额哲献元传国玺降后金，蒙古亡。
北元疆域概述图
北元疆域广阔，长期控制着内外蒙古，势力所及长城以北、东至女真、西抵哈密以及哈密以西的裕勒都斯河流域、北到叶尼塞河的广袤地区。
北元政权是一个多民族的独立政权，在统辖的境内除蒙古族外，还有汉族和其他少数民族的众多人口，如同辽、金、西夏政权一样，是当时中国不可分割一部分。北元时期不仅是蒙古民族发展史上的一个重要环节，也是中国北方草原政治、经济、文化发展的一个重要时期。
至正二十七年（1367年）十月，明太祖朱元璋命徐达、常遇春举兵北伐。
至正二十八年（1368年）闰七月，惠宗命淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，出大都健德门逃往上都。八月二日，大都被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国，元朝在中原的统治结束。此时除元惠宗坐镇蒙古故地以外，山西、甘肃的扩廓帖木儿；辽东的纳哈出；云南的把匝剌瓦尔密，都在各自的管辖之地策应着大元皇帝的军事行动。 此外，北元与高丽、畏兀儿仍旧保持着政治上、经济上的联系。
至正二十九年（1369年）二月，明军克大同，山西平定。三月，明军入陕西，克西安、凤翔，陕西行省平章李思齐出降。北元主力扩廓帖木儿部精锐，被歼于兰州东。六月，惠宗北逃应昌。八月，徐达克庆阳，斩元将张良臣，陕西失陷。
至正三十年（1370年）四月，明元沈儿峪之战爆发，北元大败，扩廓帖木儿由宁夏奔和林。五月，明将李文忠围应昌。昭宗与数十骑已北逃，明军不久克应昌。
宣光元年（1371年），辽阳行省平章刘益降明，不久被平章洪保保、马彦翚合谋杀害。宣光二年（1372年）岭北之役后，使北元政权转危为安，南北对峙逐渐形成。
宣光八年（1378年）四月，昭宗去世，由其弟益王脱古思帖木儿（一说为其子）继位，称乌萨哈尔汗，年号天元。
天元三年（1381年）九月，明军傅友德南征云南；十二月，梁王孛儿只斤·把匝剌瓦尔密于晋宁州忽纳砦自缢而死。天元四年（1382年）闰二月，大理总管段世降明，至此明军平定云南全境，元朝在云南的统治结束。
从1254年元世祖灭大理，到1382年明军击败元军夺取云南，元朝统治云南地区长达128年。
天元六年（1384年）五月，西番蒙古部落举兵攻明，明将宋晟率军至亦集乃分省，俘北元海道千户先帖木儿、吴国公伯都剌赤、平章阿来部众一万八千余人。
天元九年（1387年），明将冯胜逼金山，纳哈出无力抵抗，遂降。 自此辽东尽属明有，漠北与高丽的联系亦被阻绝。至此，除了漠北沙漠和西域等地外，全国已经基本为明朝控制。
天元十年（1388年）四月，明将蓝玉在捕鱼儿海附近大败元军，俘虏天元帝次子地保奴，即捕鱼儿海之役。天元帝和长子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑逃走。十月，孛儿只斤·也速迭儿弑君称汗，尊号“卓里克图汗”。以阿里不哥家族为代表的卫拉特部正式与蒙古本部分裂，蒙古本部与卫拉特部为争夺蒙古高原的统治权进行的长达半个世纪的斗争也就开始了。
明洪武二十四年（1391年），卓里克图汗去世，其子孛儿只斤·恩克继位。
明北伐灭元之战
明建文元年（1399年），卫拉特部首领绰罗斯·猛可帖木儿太尉怂恿尼古埒苏克齐汗杀死哈尔古楚克都古楞特穆尔鸿台吉，夺取弟媳鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉。鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉设计让尼古埒苏克齐汗杀死了绰罗斯·猛可帖木儿。事后，尼古埒苏克齐汗发现中计，遂封其子绰罗斯·马哈木为丞相，管理卫拉特各部，引起布里牙特·乌格齐不满，于是布里牙特·乌格齐起兵杀了尼古埒苏克齐汗。
明建文二年（1400年），布里牙特·乌格齐立孛儿只斤·坤帖木儿为汗。1402年（明建文四年），坤帖木儿汗被布里牙特·乌格齐所杀。布里牙特·乌格齐自称蒙古大汗。布里牙特·乌格齐成为蒙古“黄金家族”以外即大汗位的第一人，尊号“兀雷帖木儿汗”。
明永乐六年（1408年）冬，阿苏特部首领阿鲁台太师杀兀雷帖木儿汗，迎立孛儿只斤·本雅失里为大汗，尊号“完者图汗”。
明永乐七年（1409年）八月，明将丘福率军征讨阿鲁台太师和完者图汗。九月，明将丘福在胪朐河上游被击败，全军覆没。
明永乐八年（1410年），明成祖率军在斡难河大败完者图汗，之后又击败阿鲁台太师。完者图汗率七骑逃向察合台汗国。
明永乐十年（1412年），完者图汗被卫拉特部绰罗斯·马哈木杀死。
明永乐十三年（1415年），卫拉特部首领绰罗斯·马哈木拥立孛儿只斤·答里巴为大汗，尊号“德勒伯克汗”，绰罗斯·马哈木自任太师。阿鲁台太师再次攻打卫拉特部，德勒伯克汗、马哈木太师先后战死。绰罗斯·脱欢拥立布里牙特·额色库为汗。布里牙特·额色库为蒙古“黄金家族”以外即大汗位的第二人，即“卫拉岱汗”。
明洪熙元年（1425年）阿鲁台太师拥立成吉思汗同胞弟孛儿只斤·拙赤合撒儿七世孙孛儿只斤·阿岱为蒙古大汗，尊号“阿岱汗”。
明宣德九年（1434年）三月，脱欢太师所立岱总汗孛儿只斤·脱脱不花率众袭击阿鲁台太师。八月，脱欢太师出兵攻打阿鲁台太师，阿鲁台太师被杀，部署溃散，其所立阿岱汗等残部百余人遁往阿察秃之地。
明正统三年（1438年），阿岱汗被脱欢太师杀害。终年39岁，在位13年。至此蒙古进入了一个短暂的统一时期。
明万历三十六年（1608年），建州女真首领努尔哈赤的长子褚英率领五千人进攻乌拉部。经呼图克图汗同意，科尔沁部翁阿岱巴图尔诺延及其子奥巴与乌拉部联军，共同打退了建州女真。
明万历四十七年（金天命四年，1619年）六月，呼图克图汗趁后金攻打明朝之际，率军攻占了广宁城。
明天启元年（金天命六年，1621年）三月，呼图克图汗令锡尔呼纳克杜棱洪台吉率两千骑兵前往沈阳营救被禁的齐赛诺延，轻骑到达沈阳城下，与守城部队展开激战，因担心后金援兵前来，便撤兵了。
明崇祯元年（金天聪二年，1628年）秋，林丹汗与右翼蒙古土默特部、永谢布部、鄂尔多斯部在挨不哈（达尔罕茂明安联合旗查哈干哈达苏木境内的艾不盖河）进行会战，右翼蒙古诸部被击败。至此，林丹汗在宣大塞外站稳了脚跟，西迁取得了成功。
明崇祯五年（金天聪六年，1632年）四月，后金军逼近都勒河，呼图克图汗率领所属十万之众，西奔库赫德尔苏，经呼和浩特，渡黄河到达鄂尔多斯。
明崇祯七年（金天聪八年，1634年）初，漠北喀尔喀朝克图台吉率部直奔大草滩与呼图克图汗会合。呼图克图汗和朝克图台吉通过红教的关系，与藏巴汗和康区白利土司屯月多吉建立了联系。夏，呼图克图汗不幸因病去世。呼图克图汗三福晋叶赫那拉·苏泰与其子孛儿只斤·额尔孔果洛额哲率领察哈尔和鄂尔多斯部众自大草滩返回鄂尔多斯。
明崇祯八年（金天聪九年，1635年）四月，苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降后金，大蒙古国正式宣告灭亡。清太宗皇太极将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封呼图克图汗子孛儿只斤·额尔孔果洛额哲为察哈尔亲王，并将次女固伦温庄长公主爱新觉罗·马喀塔嫁之。
清崇德六年（1641年），孛儿只斤·额尔孔果洛额哲去世后，呼图克图汗遗腹子孛儿只斤·阿布奈受命主管察哈尔部事务。
清顺治二年（1645年），依照蒙古夫兄弟婚的习俗，孛儿只斤·阿布奈娶嫂子固伦温庄长公主马喀塔为妻，生有二子孛儿只斤·布尔尼、孛儿只斤·罗布藏。
清顺治八年（1651年），孛儿只斤·阿布奈袭封察哈尔亲王。
清康熙八年（1669年），清圣祖以多年不朝觐等为由，削其亲王爵，将其监禁于盛京，并令其子孛儿只斤·布尔尼袭爵。
1675年（清康熙十四年），孛儿只斤·布尔尼与其弟孛儿只斤·罗布藏发动叛乱，不及二月便即被清廷平定，孛儿只斤·布尔尼与其弟孛儿只斤·罗布藏被杀。事后，清廷绞死了孛儿只斤·阿布奈。通过这次事件的平定，清朝消灭了察哈尔汗室，使蒙古王公全部顺从了清朝。清朝在漠南蒙古的统治根本上确立，内蒙古的政治形势也最后稳定。
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