唐文宗开成五年（840年），回鹘人句录莫贺联合十万黠戛斯骑兵攻占可汗城，可汗阖馺特勒被杀，曾经雄踞漠北的回鹘帝国灭亡了。从此，漠北陷入了长达366年的混乱征战，直到公元1206年成吉思汗重新统一漠北，建立大蒙古国。
伯孜克里第二十窟的回鹘人供养图
回鹘灭亡后，族人四散，其中一支在庞特勤王子的率领下向西迁徙，投奔西域的葛逻禄；很快，庞特勤在葛逻禄迅速站稳了脚跟，不久便反客为主，征服了葛逻禄。庞特勤自称毗伽阙·卡迪尔可汗，建立了新疆历史上著名的喀喇汗王朝；“喀喇”在维语里有“黑色”之意，故中原直译 “喀喇汗”为“黑汗”。
西域局势图
喀喇汗王朝自诞生之日起便面临严峻的国际环境，它的西边是强大的波斯人国家—萨曼王朝；萨曼王朝在“圣战”的名义下积极东扩，给喀喇汗王朝造成了极大压力。公元893年，萨曼王朝攻占怛逻斯，副汗奥古尔恰克被迫迁都喀什噶尔（今新疆喀什）。
喀喇汗重骑兵
为了达到分裂萨曼王朝的目的，奥古尔恰克接纳在政争中落败的萨曼王子—纳赛尔·萨尼曼，并将其安置在阿图什。这时，关键人物萨图克出现了，他是奥古尔恰克的侄子，一个觊觎汗位的野心家。萨图克为了夺得汗位，于是在萨曼王子的劝说下，改宗伊斯兰教，以期获得萨曼王朝的支持。
新疆阿图什的萨图克陵墓
最初，回鹘人在漠北时信奉的是萨满教，安史之乱时，因入唐靖乱之机，曾从洛阳带回摩尼教师，摩尼教始大行漠北，并成回鹘国教。摩尼教发源于波斯，于武周时传入中原，一度大兴，会昌灭佛后一蹶不振，始转入地下发展，多为举事者所用，如宋代的方腊起义和元末的明教起事。回鹘帝国灭亡后，西迁的回鹘受到西域佛教的影响，又改宗佛教。
摩尼教文献，卷轴，唐开元十九年
萨图克改宗伊斯兰教后，在萨曼王朝的支持下，于公元915年起兵，不久杀其叔父，自立为博格拉可汗。因受益于伊斯兰教，萨图克在境内大力推行伊斯兰教，无数的佛寺被封闭，僧人被迫改宗。公元960年，其子穆萨将伊斯兰教定为国教，新疆地区第一个穆斯林国家建立；这标志着新疆地区伊斯兰化的开始。
喀喇汗战旗
喀喇汗王朝改宗伊斯兰教后，便开始向东面的于阗展开积极的“圣战”，于阗是西域强大的千年佛国，其首都位于今新疆和田，东晋时期著名的佛学大师鸠摩罗什便来自于阗。在战争的最初阶段，于阗在高昌回鹘、吐蕃和沙洲归义军的支持下，连连挫败穆斯林军队的攻势，甚至在公元998年击杀喀喇汗王朝的阿里·阿尔斯可汗。
喀什的穆斯林
但好景不长；公元999年，喀喇汗联合阿富汗的伽色尼王朝灭了萨曼王朝，喀喇汗国力大增，于是全力进攻于阗，同年，攻占于阗城，于阗王逃往昆仑山地区，并向宋朝求救，但此时的北宋陷于与辽国的战争，根本无暇顾及于阗。1004年，喀喇汗彻底消灭于阗残部。
《于阗国王像》敦煌98窟，罗寄梅临摹
于阗的崩塌，标志西域佛教的失势，新疆地区开始加速伊斯兰化，至明朝初年，伊斯兰教在新疆获得全面胜利，遂成今日之势。
被穆斯林毁坏的莫尔佛塔（喀什）
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