黑格尔恢复了古代哲学的辩证法传统，克服了近代哲学机械世界观的局限，以辩证法为结构，第一次使形而上学形成了一个科学的体系。理解黑格尔的哲学首先应当理解他的辩证法，而理解黑格尔的辩证法又必须把握他的整个哲学。
从希腊哲学开始，哲学就始终面临着有限的方法与无限的对象之间的矛盾。
在《精神现象学》的序言中，黑格尔分析对比了古代人的思维方式与近代人的思维方式之间的差别：古代的研究者通过对呈现于面前的一切事物都作哲学的思考，才给自己创造出一种渗透于事物中的普遍性；而现代人则不同，他不是从具体事物出发，而是利用现成的抽象形式，不假中介地将内在的东西外化出来并隔离地将普遍的东西制造出来。黑格尔称之为“知性思维”。
康德第一个揭示了知性思维的局限性，认为这种方式只能运用于现象而不可能把握事物自身，但他的本义是说明形而上学不可能成为科学。黑格尔却从康德的消极辩证法中看到了哲学成为科学的一线曙光。在他看来，思维的辩证性为我们扬弃固定的概念，打破它们之间的界限，重新再现事物的整体生命提供了可能性。
所以黑格尔将辩证法称为真正的科学方法，这个概念源于希腊文，原义是“对话”。在某种意义上，黑格尔的辩证法就是思想自己与自己的对话，因而是一种概念辩证法。正因为思想是“客观思想”，他的辩证法就不仅仅是一种认识的方法，也不仅仅是构建哲学体系的方式，而且是世间一切事物共同的运动方式或客观规律。换言之，辩证法与本体论是同一的。
黑格尔认为，科学总是以某些不证自明的前提出发的，这正是它们的局限所在，所以科学并不是真正的科学。而哲学研究的是最高的对象，没有前提和条件，它是自己证明自己、自己完成自己的。就此而论，唯有哲学才是真正的科学，哲学自己证明自己的方法就是辩证法。
真正的科学方法亦即辩证法的本性，一方面是方法与内容不分，另一方面是由它自己来规定自己的节奏，这两个方面可以看做是其辩证法的基本特征。也就是说，黑格尔认为辩证法不仅仅是方法，而且是事物自身的客观法则。方法不是外在的形式或我们认识事物的某种方式，而是事物内在的生命、灵魂和运动方式。
黑格尔辩证法的核心是对于否定性的辩证的理解。在他看来，事物本身是一个结合了诸多有差别的属性在自身之内的统一体，这种差别是内在的差别即对立面的统一。正因为存在着差别，事物之中包含着否定性的因素。
黑格尔指出，否定从来不是抽象的否定，而是具体的特殊的否定，即“规定了的否定”。因此否定的结果其实是从否定之中而产生的有内容的东西，由于它在否定了先前内容的同时亦将其内容以新的形式包容于自身之内，这就使事物发展为更高、更新、更丰富的阶段。黑格尔将这种辩证的否定称为“扬弃”。扬弃的否定包含三个环节：一是否定，二是在否定中对有价值的东西的保留，三是向更高的阶段的过渡。
由于实体即主体，在实体中就包含着纯粹的否定性，它自己否定自己，将自身树立为自身的对立面，然后扬弃自身，恢复自身的同一性，由此成为现实。这样一个过程就是绝对的自我运动、自我完成、自己实现自己、自己成为自己的过程。
所以，绝对精神乃是由于其自身内在的矛盾而自我运动的，在它的发展过程中，每一个阶段、每一个环节都是有限的、暂时的和有缺陷的，然而它们之间相互扬弃以及继承和发展，又使它们构成了整体的必要环节。（“酒神的宴席”）
所以在黑格尔看来，真理是全体，哲学是一个“圆圈”。
黑格尔辩证法的独特之处就在于他把宇宙万物看做是一个由于其内在矛盾而自我运动的过程，从而把真理理解为过程、结果和全体，理解为一个自己完成自己的“圆圈”。
黑格尔的辩证法以“三一式”为其形式，亦即正题、反题与合题。正题是肯定的环节，它表明矛盾此时还处于潜在的阶段；反题是否定的环节，此时矛盾的双方得到了展开；合题则是否定之否定的环节，它是正题与反题的对立统一。黑格尔哲学体系就是由许许多多这样的正题、反题与合题的圆圈所组成的一个巨大的“圆圈”。
精神自身就是否定性，未经否定的精神只是潜在的精神，不敢面对否定的精神还不是真正的精神，唯有投身于否定仍然保持着自身的同一性并且扬弃了否定的精神才是真正现实的精神。
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