东晋建立初期北方侨姓士族以琅琊王氏为首，南方吴姓士族以义兴周氏，吴兴沈氏为首。
东晋一朝，皇权与士族、士族与士族间的矛盾贯穿其中，皇帝不甘心受制于士族，多次尝试伸张皇权，但大多都受到士族的强烈抵制，引发了诸如王敦之叛等动乱，多以失败告终。同时，掌握大权的士族内部，也存在着对立与纷争。在东晋百余年的历史中，王、庾、桓、谢各族轮番登场。
琅玡王氏在晋末八王之乱中，最早得势的是王戎。其祖父王雄为幽州刺史，父王浑为凉州刺史，均为边境长官。
王戎袭父爵为贞陵亭侯，官至豫州刺史，因伐吴功，晋爵安丰县侯，增邑六千户，后迁光禄勋、吏部尚书。杨骏执政，任太子太傅，有职无权，太子被废，免官。八王之乱中，官至司徒。
琅玡王氏第二个得势的就是王戎之弟王衍。王衍因妻郭氏是贾后的亲属，得到贾后的眷顾，官至尚书令。齐王冏专权，又附齐王冏，官拜尚书令、司空、司徒。
东海王司马越掌权，又投靠司马越，并建议司马越在天下大乱之时，要重视地方力量，其弟王澄为荆州刺史，族弟王敦为青州刺史，并对王澄、王敦说：
“荆州有江汉之固，青州有负海之险，卿二人在外而吾留此，足以为三窟矣。”
公元311年，石勒进攻洛阳，众推王衍为元帅以御敌，兵败被石勒杀害于苦县宁平城，同年刘矅攻陷洛阳，俘虏晋怀帝，西晋名存实亡。317年司马睿在建康称王，318年称帝，琅玡王氏才又得到大发展的机会。
琅玡王氏在东晋成为侨姓士族之首，首先与机遇有密切关系。在八王之乱时，琅玡王司马睿，被东海王司马越任为安东将军，都督扬州诸军事，移镇建康，王导为其谋主。原来司马睿在诸王中声望并不高，不为南方士族所重视，全赖王导、王敦多方维护，才在建康站住脚，琅玡王氏也因此提升为一流门阀。
【王导】
朝中官员75%以上是王家的或者与王家相关的人，出现了王氏同皇族司马氏共同掌握了东晋的大权的局面。
王敦专擅，如私自擢用降将杜弘，自行加任割据险处的何钦为将军等，司马睿更是厌恶。他为了减弱琅琊王氏的影响力，重用丹阳尹刘隗、尚书令刁协等亲信，并逐渐疏远王导。王敦对此也是极为不满。君臣之间逐渐产生嫌隙。
太兴三年（320年），梁州刺史周访病逝。湘州刺史甘卓调镇梁州。王敦趁机请求以亲信陈颁接任湘州刺史。
湘州所处位置十分紧要，素有牵制荆州的作用，司马睿不愿让湘州被王敦所控制。刘隗也建议司马睿派遣心腹重臣出镇湘州，以防备王敦。司马睿遂以宗室司马承为湘州史。
王敦又上表陈说古今忠臣如何被皇帝猜疑、如何被小人离间，想以此感动司马睿。司马睿却对王敦更为忌惮，但在明面上是还是给王敦增加属官、赏赐羽葆鼓吹等仪仗，提高他的待遇。
太兴四年（321年），司马睿在刁协的建议下，将扬州诸郡的僮客恢复良民身份，以备征役，随后又以戴渊、刘隗出镇合肥、淮阴。他还将所征发的兵卒全部分配给戴渊、刘隗，名义上是抵御北方的后赵政权，但其实是在防备王敦。
王敦致信刘隗，表示要和他修好，同心戮力共辅王室，却被刘隗所拒绝。他不禁更为恼怒。而就在当年九月，豫州刺史祖逖病逝。王敦最为忌惮的周访和祖逖，至此全都去世。王敦认为再无人可以在军事上威胁自己，因此决意举兵入京。
王敦起兵，正是打着诛刁协、刘隗，维护士族利益的旗号才得以势如破竹地攻入建康。
晋元帝信任刘隗、刁协，并且用南方士族戴渊作将军，这是和王氏势力不相容的。王导认为佞臣扰乱朝纲，同意王敦来杀这些人。这些人被杀以后，帝室势力退缩回去。
门阀政治体制，其正常运行依赖于各大士族间的权力平衡，一旦有任一士族权力过大，其余各大家族的便会群起攻之，以求回到均势。
王敦起兵攻破建康后，司马睿无奈，只得遣使向王敦求和。他命公卿百官到拜见王敦，同时大赦天下，宣告王敦等无罪，以王敦为丞相、都督中外诸军事、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，食邑万户。至此，朝政大权尽归王敦，司马睿被彻底架空。
王敦渐渐有了篡位之意，导致士族的反对。王导更是宣称“宁为忠臣而死，不为无赖而生”，表示坚决的反对态度，来维持帝室。
太宁二年（324年）六月，王敦以左司马温峤为丹阳尹，意图借此监视朝廷动静。但温峤却将王敦的谋划尽数禀报给司马绍。司马绍当即决定讨伐王敦，亲自驻屯于台城宣阳门外的中堂，并作出一系列军事部署：
【晋明帝讨王敦作战经过图】
太宁二年（324年）七月，王敦之乱至此被彻底平定。
由于王导未附逆，所以王氏仍受晋室重用。可以说王氏家族在朝中的地位举足轻重，地位名望之高其他家族根本无法取代。只有在淝水之战中崭露头角的陈郡谢氏家族能与之平肩，并被后人合称“王谢”。
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