督抚制度的产生可以追溯至明朝洪武时期，由太子朱标巡抚陕西开始，逐渐形成“命京官巡抚地方, 有军事则命总督军务, 因事而设, 事已旋罢”的派遣制度。这是中央集权的的一项重大措施，朱元璋的改革思路很清晰，先以三司分权改变行省制度下地方权利过重的局面，但三司分权又严重影响了行政效率，那干脆就从中央派遣督抚巡按地方，总览地方军政民财，且直接对皇帝负责。
这个模式发展到清朝就更为完善，地方布政使和按察使的权力逐渐削弱,督抚成为地方的头把交椅，但清代督抚制的发展也经历了漫长的过程，大致可以分为两个阶段，其特点和用意都有不同，所以我们熟悉的9大总督并非是一如既往的设置，河南、山东、山西这些地方也并非只有巡抚。
顺治元年 (1644 年) 至十八年, 这是清代督抚制度建立的阶段，这个时期还处于和南明、农民军残余势力的战争对立阶段，所以清朝设立的督抚多处于关津要塞之处, 且随着军事征服由华北向西北、东南、西南逐步展开。再说直白点，就是清朝在前期的统一战争中，每每征服一个区域，都要巩固战争胜利的成果，故而逐步设立督抚，此时的督抚还是临时派遣制，并非地方的行政长官。
比如清入关伊始, 先设置了顺天、天津、保安、宣府、登莱等处巡抚和天津、宣大山西总督。这里就出现了山西总督，全称为“总督宣大山西等处军务兼管巡抚事”，首任山西总督乃是顺治元年任命的吴孳昌，此人是明朝降清官员，于明朝时期就在山西为官，对地方性事务较为熟悉，故而被清朝加以重用。从这里也能看出，清朝入关后也是一头雾水，基本上就是按照明朝的模式依葫芦画瓢，这个宣大总督也是明朝所设。再如顺治二年设置的陕西三边总督，这也是明朝的模板。
宣化
同年增设的还有湖广四川、浙闽、淮扬总督, 江宁、安庐池太、凤阳、延绥、郧阳、南赣汀韶、偏沅等各处巡抚。这些巡抚可能很多人都未听过，因为这些都不是按照省份划分的，而是用于专项军事活动的临时岗位。如顺治二年七月, 以刘应宾“巡抚安庐池太兼理军务”；总兵土国宝“巡抚江宁总理粮储军务”，可见清初的巡抚更多的是执行临时的军事任务。如前边说的保定巡抚，首任是王文奎，他并非保定地方官，其职责还有“总督淮扬等处地方, 提督漕运海防军务兼理粮饷”。
但随着军事行动的胜利，清朝需要在征服区进行维稳、治理工作，所以随之而来的才是偏向行政化的督抚设置。这也是有规律可循的，即总督巡抚设立的大致地域与其进攻征服地区的先后顺序相吻合。如顺治二年四月，调雷兴“巡抚陕西”，焦安民“巡抚宁夏”， 黄图安“巡抚甘肃”，王文奎“总督陕西三边军务”。这些任命的前提就是阿济格、多铎西征成功，将农民军赶出了大西北，清廷需要稳固这些区域的胜利成果，巡抚主掌民政，安抚一方百姓，总督主揽几省军政，防范反清活动。
这个规律在顺治时期尤为明显，如弘光政权覆灭后，清廷以马国柱“总督江南江西河南等处”；以何鸣銮“巡抚湖广等处提督军务”；以李翔凤“巡抚江西兼理粮饷”等。到了顺治十六年，云贵地区得以平复，清廷又设云贵总督，首任总督乃是贵州巡抚赵廷臣兼任。
到了顺治十八年,统一战争基本完成，督抚制度也就有了雏形，当年八月，清廷“命直隶各省设总督一员, 驻扎省城”，全国18 省份中, 共设置了直隶、江南、山东、山西、河南、陕西、福建、浙江、江西、湖广、四川、广东、广西、云南、贵州15 位总督,除奉天、吉林、黑龙江的龙兴之地外，每个省都有一个总督。规模如此庞大的督抚设置是因为久经战乱的社会秩序亟待恢复，政府的治理与监管必须精细化，且政府也需要完成角色转变，即从侧重军政型政府转向侧重于民政、财政、司法等方面。
这个阶段就是清朝各项管理制度完善并确立的时期，读过《大清会典》的都应该有所感悟，清朝大部分管理制度、内务规矩都是在这个阶段确立的，督抚制度也是如此。在康雍乾隆三位帝王的统治时期内，督抚制度经过不断调整，形成了后来我们见到的体系。其主要特点是确立了“封疆大吏”的地方最高长官的“名分”，尤其是乾隆十四年后，督抚在典籍上不再作为都察院条目的一部分, 而单独置于地方官制之下。
在督抚制的发展中，最重要的就是巡抚辖区及数量的固定。上文介绍过，顺治元年,只在顺天、天津、保定、 宣府、山东、登莱、山西、河南设8 处巡抚, 次年又增设2 处，此时的巡抚还非以省划分，因为职责偏向军事，故而也就没有辖地一说。所以裁撤起来很简单，如顺治六年裁“巡抚天津等处一员”、“巡抚凤阳等处一员”，后来随着省份的确立，顺治帝也就陆续裁撤了“小巡抚”，康熙初期也进行了一批裁撤，并开始确立以省为单位的巡抚制。
1. 巡抚直隶等处地方、管辖紫荆等关宣府镇地方密云等关隘、赞理军务、兼理粮饷一员;
2. 巡抚江宁等处地方、总督粮储、提督军务一员;
3. 巡抚安徽等处地方、提督军务一员;
4. 巡抚浙江等处地方、提督军务、兼理粮饷一员;
5. 巡抚江西等处地方、兼理军务一员;
6. 巡抚湖广等处地方、提督军务、兼理粮饷一员;
7. 巡抚湖南等处地方、提督军务一员;
8. 巡抚福建等处地方、提督军务一员;
9. 巡抚山东等处地方、督理营田、兼理军务一员;
10. 巡抚山西太原等处地方、提督雁门等关军务、兼理云镇一员;
11. 巡抚河南等处地方、提督军务、兼理河道一员;
12. 巡抚陕西等处地方、赞理军务、兼理粮饷一员;
13. 巡抚甘肃宁夏平庆临巩等处地方、督理军务、兼理茶马一员;
14. 巡抚四川等处地方、提督军务、兼理粮饷一员;
15. 巡抚广东等处地方、提督军务、兼理粮饷盐法一员;
16. 巡抚广西等处地方、提督军务、兼理盐法一员;
17. 巡抚云南兼建昌毕节等处地方、赞理军务兼督川贵兵饷一员;
18. 巡抚贵州兼督理湖北川东等处地方、提督军务一员。
乾隆二十五年，清廷对十八处巡抚进行了一次微调，取消了直隶、四川两处巡抚，直接由总督兼管，且不再称巡抚某地，而是称某地巡抚，名正言顺的将临时派遣确立为地方官制。乾隆二十九年三月，陕甘总督移驻兰州，清廷认为该总督驻所可居中节制这两个省，所以就裁撤了甘肃巡抚，由陕甘总督兼管。所以这个制度就确立了清朝15位巡抚的大体框架，直隶、四川、甘肃都不再设巡抚。
再来说说总督，情况与巡抚还不一样，因为巡抚毕竟有行省作为划分单位，而总督则是总览两个以上省份的军政，需要人为的划定所辖范围，所以要根据不同时期的政治需求。
“湖广、四川、福建、浙江四省仍各留总督一员。贵州总督裁并云南, 广西总督裁并广东, 江西总督裁并江南, 山西总督裁并陕西, 直隶山东河南设一总督, 总管三省事。”——《康熙会典》
如康熙四年，吏部首先提出总督员额过冗，给康熙帝上了《题请裁并督抚疏》。康熙帝随即做出指示，将顺治时期的15处总督裁撤至6处，其中就包括山西、河南、山东，所以康雍时期的总督分别为：
1. 总督江南江西等处地方事务兼理粮饷操江一员;
2. 总督湖广等处地方文武军务兼理粮饷一员;
3. 总督福建等处地方军务兼理粮饷一员;
4. 总督四川陕西文武军务兼理粮饷一员;
5. 总督两广等处地方兼理粮饷一员;
6. 总督云南贵州等处军务兼理粮饷一员。
上文说了，乾隆二十五年针对巡抚进行了微调，主要调整就是撤巡抚，合并总督，所以就有了 8 大总督,即：直隶总督、两江总督、闽浙总督、湖广总督、陕甘总督、四川总督、两广总督、云贵总督。
不光是总督辖省的划分有变化，总督巡抚的职能也常有调整，这些都是根据现实需求来的，正如《康熙会典》说的“皆因事设裁，随地分并，历年员额多寡不一”。清初为了满足战争需求，顺治帝进行了督抚制的一系列尝试，这本就是一个不断与时俱进的过程。其中涉及边疆和沿海省份的变化最大，直到清末的海防、陆防大讨论，也是围绕几个边疆、沿海省份进行的。就比如川、陕总督，从顺治二年到乾隆二十五年, 反复裁并16 次，其实就是满足不同时期的需求罢了。
再者一点，督抚的设置也要综合财政状况，国家战争时期养那么多封疆大吏是为了维护统治，到了和平时期当然要控制官员规模和开支。如顺治六年，户部讲话了，“一岁所入，不足一岁之出”，顺治帝随即同意裁撤天津、凤阳和安徽巡抚，并批注为“以裕国家经费之用”。顺治九年， 户部再次喊穷，得到的回应便是“一山东登莱巡抚宜裁，一宣府巡抚宜裁，以总督兼理。”
从督抚职能变化上也能反映出清廷的调整策略，一般说来，总督侧重于军事，巡抚侧重于民政，但在特殊情况下，清廷也会做出调整。如康熙十年, 山东道御史徐越建议各省巡抚要给予一定军权，以便“戢盗安民”，山东是个没有总督的省份，皇帝总不能为此再设一总督吧，于是下旨“各省巡抚不必概令管兵，其不设总督、提督省分，副将以下武官令巡抚兼辖”。所以山东巡抚规格就远比其余省份巡抚高的多。
再到康熙十二年，康熙撤藩引发吴三桂造反，随即清廷题准“直省巡抚俱令管兵”，这也是政策的适时调整，所以本来总督出任加兵部尚书衔，巡抚只加工部侍郎衔，可到后来，几乎巡抚都加兵部侍郎衔，无总督之省份提高半级，加兵部尚书衔。如康熙十二年的山东巡抚赵祥星，先加“兵部右侍郎”，再晋加“兵部尚书”。
雍正元年对外放督抚加衔有过定制，即川陕总督、两江总督“俱应授为兵部尚书”，其余各省总督巡抚“俱为兵部右侍郎”，次年改直隶巡抚为总督， 以李维钧升授兵部尚书衔，至此成为惯例。而惯例之外就是特例，如雍正三年，应西南地区改土归流现实需求，云贵总督高其倬也予以“加兵部尚书衔”。
田文镜画像
加衔特例其实就是为了说明督抚设置并非一层不变，如题所说的河南、山东、山西不设总督，其实该三省巡抚与总督职能差异不大，河南更是在诸多时期设置过总督一职，如名臣田文镜，协助雍正帝查办了年羹尧，后累功特晋河南总督，这里可能还存有雍正帝的私心。而在乾隆五年，因“豫省盗案繁多，营武亦觉废弛”，河南巡抚就被朝廷下令兼提督衔，等于民政、军政、司法一手抓，权力甚至比总督还要大。到了乾隆八年，乾隆帝下令“山东巡抚著照山西、河南之例，兼提督衔。”看到这里，你还认为这三个省份的巡抚不如总督吗？
再从地域角度看，由于陕甘地区的边防需求，兵部于康熙九年就提议陕甘并为一个大“军区”，所以以往概念的陕西三边概念被打破，总督衙门西迁，山西就成了“孤家寡人”。朝廷则下令“其山西省附近京师，应照山东河南例,令该抚料理”，这就很好的解释了该三省为何不设总督了，原因就是三个省围着直隶。
西边为边防重地，陕甘总督辖两省，以便专心防务，因为清朝与明朝不同，明朝设陕西三边总督，是因为要防范蒙古人，清朝则有满蒙联盟的加持，所以山西的防务功能下降，其主要功能在于财政协济，晋商在清朝尤其活跃也是因为这个经济功能。河南与山西类似，由于地理位置处于交通中枢，南北财富互通更是直接关系国家兴衰，又作为农业大省，其功能性也在于财政协济，协济区更是全国最盛，涉及直隶、山东、两江、广等地。
山东地理位置更加特殊，其海岸线较长，明朝是以辽东半岛与山东半岛合为一省，但明朝既要防御满人，又要防御倭寇，所以有辽东防务和备倭防务两重体系。辽东防务归于蓟辽督师，其区域侧重于山海关至燕云一带，备倭兵则直接由山东济南府掌控，又是另一个体系，所以山东的重要性不言而喻。清朝的海防压力更加严重，山东巡抚历来都是狠角色出任，最著名的如丁宝桢、袁世凯。说白了就是守住直隶的门户，再者就是保证两江地区的财富能够从海岸线、内河航运抵达京师。
综上所述，清朝总督巡抚的设置完全根据现实需求不断变化，总体来说，边关重镇、少数民族聚集区、沿海地带都要设总督一名，如山西、河南这等围绕着直隶的省份，自然是军事功能偏向于拱卫京师，所以由直隶总督协管最适合不过，从经济角度出发也能更好的滋养首都。山东的规格一直都不亚于总督，由于经济、军事方面的地理特殊性，单独提高巡抚规格，有点类似今天的上海市，此等重视不言而喻了。
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