按证候分类，首推《伤寒论》将方剂按太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴六经证候变化分类，突出了中医辨证论治的思想。
按功效分类，源于唐代陈藏器 《本草拾遗》，按功效分为宣、 通、补、泄、轻、重、涩、滑、燥、湿十种，称为十剂。
明代张景岳在 《景岳全书》 中提出：补、和、攻、散、寒、热、固、因的八阵；
清代程钟龄在《医学心悟》中提出：汗、 和、下、消、吐、清、 温、补的八法；
汪昂在《医方集解》中提出的补养、发表、涌吐、攻里、表里、和解、理气、理血、祛风、祛寒、清暑、利湿、润燥、泻火、除痰、消导、收涩、 杀虫、明目、痈疡、经产、救急等二十二类，均是按功效分类。
按临床分科分类，首见于《汉书.艺文志》列为"经方十一家"之一的《妇人婴儿方》;《千金要方》中也有妇人方、少小婴孺、七窍病等按科分类方法。以上四种分类方法各有所长，都比较实用。现代方书多采用以功效为主的联合分类法，如冷方南等编著的《中国基本中成药》的目录部分采用功效分类法，索引部分采用三级分类:第一级按内、外、妇、儿、五官等分科；第二级按病名分类；第三级在病名之下再按证候分类。这种方法提纲挈领，纲举目张，符合中医辨证论治思想，又比较实用。
按方剂组成结构的分类，见于《内经》中的七方。按病因和脏腑的分类法，首见于《千金要方》。按主方的分类法，见于明代施沛的《祖剂》，书中选古方70首为主方，将其衍化方分列其后。合计达800余方，对研究方剂的变化渊源有一定价值。按剂型的分类法多见于现代中成药制剂手册，便于制剂时查找使用。
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