基因检测报告怎么看？

会者不难，难者不会

01

入门版

来了一份全外显子组基因检测报告（2022年3月某域提供），密密麻麻很多内容，怎么看呢？

Step1，直接进入核心内容——检测结果及解释，其中最重要的是下面三列：

1、基因：哪个基因受累；

2、状态：杂合还是纯合；

3、变异分类：是否有致病性。

变异分类非常重要，至少包括以下五种（不同实验室的阈值略有差异）：

1、良性（B）：<0.1%的可能存在致病性；

2、可能良性（LB）：0.1%～5%的可能存在致病性；

3、意义未明的变异（VUS）：5%～90%的可能存在致病性；

4、可疑致病性（LP）：90%～99%的可能存在致病性；

5、致病性（P）：>99%的可能存在致病性；
VUS是个广阔的灰区，还可进一步分为VUS偏致病性、偏良性等等。

本例中变异分类为意义未明，就是不能准确判断该变异的致病性。

Step2，看突变基因的临床意义，检测公司已在附二中给我们相应的解释。

不满意的话我们还可以自己检索数据库查询突变的临床意义，常用数据库包括但不限于：

HGMD 数据库（https://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/introduction.php?lang=chinese）

OMIM数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/）

ClinVar数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/）

未来我们也会介绍相关数据库检索方法，敬请期待。

三大数据库收录比较（数据截止2020年3月）

Step3，综合判断患者临床情况（发病年龄、临床表现、遗传方式等）能不能用该变异解释，这一步有时非常困难。

02

进阶版

让我们多一点探究精神，看看分子水平发生了什么变化。

先复习一下中心法则。

再来看检测结果及解释，中间三列告诉了我们详尽的分子信息，包括：

1、染色体位置：即变异在染色体的位置，本例ACTN4基因的点突变就在19号染色体（chr19）的第39214722位碱基。

2、位置：即变异在基因的位置，本例ACTN4基因的点突变位于14号内含子。

注：为什么外显子测序能得到内含子的结果呢，那是因为所谓外显子测序不是百分之百测外显子，也会涵盖外显子旁边内含子的部分序列。

3、发生了什么突变：以HGVS表达式描述，后面详述。

详细解释下第三列HGVS表达式，分为三部分：

1、参考转录本：NM开头的一长串是RefSeq号，即ACTN4基因在RefSeq数据库里的ID号，一般可以不看。

2、DNA水平改变：c.指代编码DNA（由外显子组成），1692+5描述位置，G>A描述突变情况；

3、蛋白水平改变：p.指代蛋白质，后面描述发生的变化。

我们再来看下更详细的规则。

碱基位置描述：外显子的碱基以c.N（N为正数）表示，内含子则以邻近的外显子为参考系，如下图中c.36+10为外显子1最后一个碱基（c.36)下游第10个碱基。反之，c.37-10为外显子2第一个碱基（c.37）上游第10个碱基。

详见——https://www.hgvs.org/mutnomen/recs-DNA.html

DNA水平改变的描述规则

详见——https://www.hgvs.org/mutnomen/recs-DNA.html

蛋白水平改变的描述规则

详见——https://www.hgvs.org/mutnomen/recs-prot.html

*:终止密码子；fs:移码突变

一般无义突变、移码突变对蛋白结构影响较大。

再回头来看本例WT1基因发生的改变，其中一条等位基因（杂合）发生了错义突变

c.1225A>C：编码区1225位碱基由A变成了C，该突变位于7号外显子。

p.Lys409Gln：肽链第409位残基由Lys变成Gln。

其致病性意义未明。