公元1365年，经过了“变钞”和“开河”改革的元朝，不但没有迎来中兴之世，反倒是造成了天下群雄并起的局势。在这段时间里，江南的朱元璋部队崛起迅速，直接威胁了元朝所控制的北方地区。
公元1368年正月，朱元璋于南京称帝，国号“大明”。二月，徐达率军攻占山东，兵锋直指洛阳。七月，明军各将领已会师山东临清，直取大都（今北京）。
元顺帝孛儿只斤.妥懽帖睦尔，在听闻徐达攻陷通州之后，不顾大臣反对，执意出逃。当年八月二号，徐达攻入大都，统治中国九十七的元朝政权宣告结束，明朝入主中原。
元顺帝在出逃时带走了皇太子、后妃以及一百多位大臣，直奔上都（又称滦京，今内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗草原境内）。而留在大都坚守的淮王帖木儿不花、中书左丞相庆童等殉国。
元顺帝到了上都之后，仍以“大元”为国号，但因地处塞北，故又称“北元”。继续指挥各路军队镇压朱元璋等起义军，可是这各路军队中，除了扩廓帖木儿在韩店一带打了一个胜仗之外，其他各路无一胜绩。
而且此后的几度南征都未能攻克大都，并且于1369年，上都也被常遇春、李文忠的北伐军攻占。北元朝廷迁都应昌，宗王庆生、平章鼎住被擒杀。同年，徐达与扩廓帖木儿大战于沈儿峪，徐达大胜，擒郯王彻彻秃、文济王及文武官员一千八百六十多人。同年，李文忠大军攻占应昌，俘获顺帝之孙买的里八刺和后妃、诸王，官吏多人。
元顺帝在内忧外患之下，意志消沉，身体每况愈下。到了1370年四月二十八日，元顺帝因痢疾去世，由长子孛儿只斤.爱猷识理达腊继位，并在当年再次迁都和林，汇合盘踞陕甘的扩廓帖木儿，在和林即帝位。
八年后，爱猷识理达腊去世，庙号昭宗，其子脱古思帖木儿继位。此时的北元已经无力南下，自求自保而已，镇守云南的梁王把匝刺瓦尔密在傅友德的南征攻势下，带着妻儿一同投滇池自尽。
再六年后，大将冯胜与傅友德、蓝玉率二十万大军出征辽东，镇守辽东六年的纳哈出和全国公观童投降。至此，元朝所留在南方的力量：陕甘扩廓帖木儿、辽东纳哈出、云南梁王把匝刺瓦尔密，全部被平定了。
公元1388年，蓝玉率师十五万发动捕鱼儿海之战，借助风沙掩护，神兵天降在元帝大营面前。元军大败，元帝和太子天保奴，并官员十几人逃亡和林，途中被部将也速迭儿所弑杀，其余官员南下投降明朝。而元帝次子地保奴和嫔妃公主，及北元朝廷都被明军俘获。北元政权宣告灭亡，黄金家族的大元政权也正式宣告终结。
不过蒙古势力依旧还在，并由窝阔台后裔鬼力赤建立的鞑靼所继承，成为明朝的北疆重患。
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