史学界有个观点忽必烈的用人政策可以李璮叛乱为分界线，分为前期和后期。其前期，实际上相当于夺取政权时期，主要倾向是重用汉族儒士，用汉人、行汉法。后期即李璮叛乱之后，则将用人的重点转向依靠蒙古和色目贵族。
从漠北王府以及金莲川召士，直到南征大理、南下鄂州和北上夺权，重用汉族儒士和汉军万户，用汉人、行汉法，实行汉化改革，是忽必烈用人政策的基本特色。他首先完成了由单纯军事型向政治型人才的转变，他认为其历代祖先武功迭兴，文治多缺，尊贤使能之道未得其人，于是开始访求中原的大贤硕儒，向他们请教古今治乱兴亡之事。
金莲川
经过几十年的努力，忽必烈从各民族、各阶层搜罗了一大批有文化、有教养的政治人才，逐步实现了上层核心的知识化。在这些人的协助下，忽必烈比较顺利地完成了政治、经济、军事政策的转变，也使忽必烈由一个游牧民族的大汗转化为一位代表各族拥护的皇帝。
忽必烈努力改变蒙古旧法进行中央集权，主要重用精通汉法的人。比如，刘秉忠之所以受到忽必烈的重用，就是因为他熟悉中国历代的典章制度和封建的统治方法，使忽必烈逐步明确了政策转变的方向。他告诉忽必烈：“典章、礼乐、法度、三纲五常之教”是天下的“治乱之道，系乎天而由乎人”，只有实行这种传统的封建政策，才能永保“无疆之福”。他明确指出：任用懂得汉族传统的儒生，此“实太平之基，王道之本”。刘秉忠建议忽必烈实行文、武、周公、孔子之道，建议他重用“名士宿儒”，实质上就是要用汉族的封建主义政策代替蒙古贵族的奴隶主阶级政策，用汉族的知识分子代替蒙古的功臣宿将和西域商人，这是忽必烈政策转变的关键。
刘秉忠
正因为如此，许衡、郝经、徐世隆等人才反复强调必行汉法，国家方能长久，是用蒙古传统法，还是采纳汉族儒士的建议，实行汉法，这是摆在忽必烈面前的一个重要抉择。
为了“大有为于天下”，忽必烈毅然放弃了前者，而采用了后者。他当时依靠的主要是汉族和其他各族的谋臣和武将，也包括一部分主张汉化的蒙古宗王和功臣子弟。正因为如此，才促使忽必烈战胜了阿里不哥和西北、东北诸王，才使他有可能建立元朝，统一中国。
忽必烈即位后任用的中央官员和各路宣抚使也主要是汉人和各族谋臣，中书省以汉族人王文统为平章政事，刘秉忠的同学张文谦为左丞，赵璧、董文炳等为燕京路宣慰使；女真人粘合南合，刘秉忠的另一位同学张易为西京等处宣抚使。随后又派出十路宣抚使、宣抚副使，主要是金莲川时的幕僚赛典赤、李德辉、徐世隆、宋子贞、王磐、史天泽、张德辉、刘肃、姚枢、张文谦、廉希宪等，也是以汉人、女真人、畏兀儿人为主。
公元1261年，忽必烈进一步完善中书省，任命汉人史天泽为中书右丞相，耶律楚材之子耶律铸为中书左丞相，后又命蒙古人不花为中书右丞相，忽鲁不花为中书左丞相，王文统、塔察儿、廉希宪、赛典赤为平章政事。
在8个宰相、副宰相当中只有3个蒙古人，其他都是汉族人、畏兀儿人，而掌实权的却是汉人史天泽、王文统，这就是忽必烈即位时的中央政府和地方政府。而以各种形式参与朝廷决策的刘秉忠、姚枢、郝经、许衡更是忽必烈身边的亲信大臣，他们对稳定忽必烈的统治起了重大作用。
放弃屠杀掠夺政策，重用熟悉农事、懂得安业力农的人才，这是夺取政权时期和中统初年忽必烈用人政策的特点。
他在邢州、河南、关中地区试点改革的成功，正是重用熟悉农事、懂得安业力农人才的结果。忽必烈即位后，立即在全国范围内进行农业生产的恢复和发展工作，医治战争创伤，安定社会秩序。他在中统元年设立的十路宣抚司的长官，实行汉法最坚决，并对忽必烈恢复和发展农业生产做出了不同贡献。
总之，在这一时期，忽必烈对儒士推心置腹，信任备至，儒臣也纷纷施展自己的才智，帮助忽必烈实现他的宏图大志。
李璮叛乱被平定、王文统被杀之后，西域之人为所压抑者，伏阙群言：回回虽时盗国钱物，未若儒生敢为反逆。当时忽必烈头脑还比较清醒，肯定了姚枢、窦默早已指出王文统学术不纯，以游说干诸侯，他日必反。由此可见儒生也并非都是“敢为反逆之人。但西域人的这些看法却深深影响了忽必烈此后的政策，甚至影响了整个元朝的育才选士和用人制度。
从此之后，蒙古人在各级机构中均居于长官地位，而处于次要地位的并不是汉人，而是色目人，那时南人中很少有进入中央政权的。
从中央到地方，从元初到元末基本如此。元朝的中央机关“总政务者曰中书省，秉兵柄者曰枢密院，司黜陟者曰御史台”。中书省的名义长官为中书令，元朝统一前，耶律楚材、杨惟中曾任此职，元统一后则由太子兼任。中书省的实际长官为右、左丞相，从元世祖起至元末，汉人担任丞相之职的只有两个人，一是官制未定之前汉军将领史天泽曾以开国元勋的身份任右丞相，二是元顺帝时贺唯一曾任左丞相，但贺唯一被赐国姓，改名为“太平”，还是以蒙古人的身份任职的。
枢密院“掌天下兵甲机密之务”，只有元初史天泽、赵璧、张易担任过枢密副使，自阿合马被杀事件发生后，兵籍和用兵大事一概由蒙古人掌握，汉人、南人都不得参与。
御史大夫也是“非国姓不受”，因此顺帝让贺唯一当御史大夫时，贺唯一坚决推辞，顺帝这才赐给他国姓。御史中丞开始也不用汉人、南人。当元世祖命程钜夫为御史中丞时，台臣就说钜夫南人不宜用，这时世祖下了一道诏令：“自今省部台院，必参用南人。”但在一般情况下，汉人、南人连这种高级的副职也很难得到，只是在元末农民战争爆发后，元顺帝为了争取汉人、南人的支持，才下了一份诏书，说南人有才学者，依世祖旧制，中书省、枢密院、御史台皆用之，但这时已经为时太晚了。
地方官员也实行此类原则，至元二年，元世祖正式颁布：“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制。”从行省至路、府、州、县长官都用蒙古人。行省长官为丞相或平章政事，路、府、州、县长官为达鲁花赤，执掌印信。汉人、南人只能担任行省的副职和路的总管，府、州、县的守令（知府、府尹、知州、州尹、县令）。诸王封邑的达鲁花赤也没有以汉人担任的，各廉访司也是以蒙古人为长，或缺则以色目世臣子孙为之，其次才任用其他色目人及汉人。因此赵翼说：“此有元一代，中外百官偏重国姓之制也。”
把全国人民划分为四个等级是元朝政治的一大特征。这一特征表现在社会政治生活的各个方面。因此政权的组织、官吏的任用尤其突出了这种四等级制。蒙古贵族人数极少，单靠自己的力量无论如何也统治不了中国，于是需要寻找同盟者。色目人作为蒙古军队西征时掠来的奴仆，和远离故乡到东方经商的人们，他们对蒙古主子竭诚效忠，再加上他们善于理财，被征服较早，文化较高，而且在中国又没有很深的根基，一般不会发生武装叛乱，于是被列为第二等级，在政治生活中处在仅次于蒙古人的地位。在忽必烈看来，色目人同样能够担当起治国理政的重任，更为重要的是，任用色目人居于要职，能够压制、牵制汉人官僚，比如至元十年，“权臣（阿合马）屡毁汉法”，儒臣失势。
但要治汉地必须行汉法，治汉人必须用汉人，因此又不得不起用大批汉人做官，于是就形成了一种特殊的任官制度：由政治经验不多的蒙古贵族担任长官，处于“监临”地位；由汉人官吏办实事，负责日常行政；同时配备一位权位相当的色目官吏来进行防范和牵制。此后逐渐形成了蒙古贵族、将领掌握军权、政权，汉人官员负责具体行政事务，色目人掌握财经大权的用人格局。这是一种“用人而疑，疑人而用”的制度，是民族压迫、民族歧视在用人政策方面的制度化。这是一种很糟糕的制度。
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