忽必烈在蒙古人心中，无疑是个叛逆。至今，蒙古国人也不喜欢他。
当时，忽必烈并不是普通王爷。尤其在其兄长蒙哥成为大汗之后，黄金家族的正朔由窝阔台系转为拖雷系之后。忽必烈作为拖雷的四个嫡子之一，被蒙哥汗委以重任。
拖雷的四个嫡子，各有分工：
老大蒙哥是大汗，总领全局；
老二忽必烈总领漠南汉地庶务，并且南征大理；
三子旭烈兀监管敌对势力窝阔台后裔诸王，并且发动第三次蒙古西征；
老四阿里不哥留守和林（当时的蒙古国都）。
而其他的蒙古王爷——东道诸王（成吉思汗之子）和西道诸王（成吉思汗之弟），成为黄金家族的旁支。
但这也是忽必烈按正常程序能够达到的最高地位了，要想再进一步成为蒙古大汗，则毫无可能。
蒙哥汗在世时，由于忽必烈执行汉法，重用汉人，有收拾汉地民心的嫌疑，招致蒙哥汗的猜忌。蒙哥汗曾令自己心腹去汉地查忽必烈的帐，其中牵连出不少忽必烈重用的官员。忽必烈也就此被解除军政大权。甚至蒙哥在南下攻宋之前，想过要杀了忽必烈。
忽必烈能上位的变数是两件事：南征与蒙哥之死
1258年八月，蒙哥率军攻打南宋。这次出征，本来也没有忽必烈。当时，蒙哥分兵三路。一路自己亲自统领，入四川。一路由塔察儿统领，入湖北。一路由南征大理的兀良哈台统领，从云南经广西，上湖南。三路大军约定在鄂州会师，在顺江而下攻取南宋。
但计划赶不上变化。先是塔察儿的东路军在湖北畏缩不前。再有兀良哈台的北返太慢。最大的问题则是蒙哥这一路，受困于南宋在四川的山城防御体系，寸步难进。
在无人可用的情况下，蒙哥准许忽必烈出征增援。
就在忽必烈围攻鄂州的时候，蒙哥也被流矢击杀于钓鱼城下。蒙哥死了，忽必烈从至少三个方面得到消息。一是蒙哥、忽必烈的异母弟末哥从钓鱼城发来消息，蒙哥汗已死，请其北归即位；一是忽必烈的正妻察必皇后从开平（元上都）发来消息，阿里不哥已经有动作了；三是汉臣郝经直接写了《班师议》，陈述利弊。
蒙哥是八月上旬暴毙，忽必烈直到十一月初才北返燕京，距其登基称汗只剩下半年时间。而在这半年时间里，起码有三个人能与忽必烈争夺汗位。
南北相争，两汗并立。忽必烈本没有资格继承汗位
自从蒙哥成为蒙古大汗后，拖雷系成为蒙古黄金家族正统。其他支脉，则不再有继承资格。所以，当蒙哥去世后，有资格继承汗位的是：
蒙哥的嫡子玉龙答失、蒙哥的二弟忽必烈、蒙哥的三弟旭烈兀、蒙哥的幼弟阿里不哥
如果按照中原的传统——嫡长子继位，那就是玉龙答失继承汗位。但玉龙答失当时留守和林，得知蒙哥汗去世的消息后，却支持阿里不哥成为大汗。不但玉龙答失如此，连蒙哥其他的儿子也都支持阿里不哥。
如果按照草原的传统——幼子守灶，那就是阿里不哥继承汗位。阿里不哥虽然不是蒙哥的儿子，但却是拖雷的幼子。而拖雷是成吉思汗的幼子。成吉思汗大部分遗产也是拖雷继承的，并且在成吉思汗死后，拖雷监国。而蒙哥出征时，也是任命阿里不哥留守和林，监国。
并且，不但蒙哥的儿子们支持阿里不哥，连其他宗王也多数站在阿里不哥一方。所以，在忽必烈在漠南称汗之后，阿里不哥也急匆匆的召开忽里勒台大会。而相比于忽必烈称汗前的忽里勒台大会，阿里不哥在和林举办的这次，出席大会的宗王，在地位、数量上都远多于忽必烈的那次。
可以说，阿里不哥继承汗位，名正言顺，合情合理。而相对的，忽必烈简直就是叛逆谋反。
忽必烈与阿里不哥，先后宣称继承蒙古大汗之位。远征在外的旭烈兀就只能干瞪眼了。如果按照实力来定，旭烈兀的西征，要比蒙哥、忽必烈兄弟两个的南征取得的战果大得多。可就是因为太远，当旭烈兀得到蒙哥去世消息时，立刻班师。却在随后又得知，自己的兄弟已经在争夺汗位了。旭烈兀也就只能停在波斯，保持观望。所以，旭烈兀等于自动放弃比赛资格。
讲理讲不通，就只有开打了。现在场上只剩下两位选手
阿里不哥在忽必烈登基后，自己也在和林登基。并且派出两路大军南下攻伐忽必烈。其中一路去接应六盘山驻扎的四万骑兵。这四万骑兵，属于蒙哥南征时，留在当地的部队。如果有了这支部队，阿里不哥也就能打通进入巴蜀的道路。从而接收蒙哥留在巴蜀的南征部队。
陕西巴蜀之地在手，忽必烈就丢了半壁江山。同时，忽必烈的兵力不足，先派出廉希宪等文臣，去安抚陕西四川等地。双方相峙两个月后，忽必烈又派出合丹大王增援。合丹大王是窝阔台庶长子，在西北有威望，歼灭六盘山驻军与阿里不哥南下的西路人马，算是稳住了西面的局势。
阿里不哥的东路军又被忽必烈派出的东道诸王之长塔察儿击溃。阿里不哥立刻离开和林，逃向吉尔吉斯，并且向忽必烈请求宽恕，表示只要明年把马养肥了，就去主动谢罪。
忽必烈得胜后班师，留下塔察儿驻守和林。
第二年，阿里不哥不讲武德，以投降的名义，偷袭和林。塔察儿败退。阿里不哥乘胜追击，率大军直扑忽必烈的开平城。
忽必烈调动人马迎战，再胜阿里不哥。这一仗，把阿里不哥打的全军溃败。阿里不哥回到和林，失去了汉地的经济供应，只能向察哈尔的阿鲁忽索要。阿鲁忽本来也是阿里不哥扶持上台的，此时却因为阿里不哥索要太多，背叛了阿里不哥，转而支持忽必烈。
阿里不哥征讨察合台汗国，赶走了阿鲁忽，占据伊犁河谷，并大肆掳掠。又赶上第二年饥荒，阿里不哥众叛亲离，甚至蒙哥之子玉龙答失都带着玉玺投奔了忽必烈。
走投无路之下，阿里不哥向忽必烈归降。
至此，忽必烈真正成为蒙古唯一的大汗。并在阿里不哥归降的当年，改年号为“至元”。
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