1.取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；
即：按票面注明的税额抵扣进项
2.取得按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额，如购买含税10000元农产品，取得小规模纳税人取得增值税专用发票，以不含税的“金额”计算进项税额：10000/（1+3%）×11%=1067.96元，
注意：
（1）购进的货物必须是适用11%税率的农产品，上道环节一般是小规模农产品流通或粗加工企业。
（2）开具的必须是增值税专用发票，财税〔2012〕75号规定，小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票——7月1日起不再作为抵扣凭证。
（3）抵扣税额不是按照票面税额291.26（10000/（1+3%）×3%）。
（4）申报进项填在附表二第6栏，仍要办理发票认证（勾选）手续。
3.取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
如取得购买10000元农产品，开具收购发票，则以免税的“金额”计算进项税额，进项税额=10000*11%=1100元。
注意：
（1）销售发票不含：小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。
（2）销售发票不含：批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票。
（3）销售发票含：自产农产品免税的农产品销售发票，含难以甄别销售方是否自产的，应提供其向主管国税机关办理自产农产品享受免征增值税政策的备案回执。
（4）销售发票含：个人（自然人）农业生产者销售自产农产品，由个人或者购买单位按规定去税务机关代开的免征增值税政策而开具的普通发票。
特别提醒：是适用免征增值税政策而开具的普通发票，不是所有的普通发票哦，如代开的有税额的普通发票（开错了，您懂得）不属于抵扣凭证（农产品销售发票）范围，也就是说不能抵扣进项税额。
（5）销售发票含：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税，开具免税的增值税普通发票。
4.营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变，继续按13%抵扣，加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按11%税率（扣除率）抵扣税额÷11%×（简并税率前的扣除率-11%），即：
购进时抵扣进项税额=合计/金额*11%=1100
生产领用时抵扣进项税额=合计/金额*2%=200
5.继续推进农产品增值税进项税额核定扣除试点，纳税人购进农产品进项税额已实行核定扣除的，仍按照财税〔2012〕38号、财税〔2013〕57号执行。
其中，《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕 38号印发）第四条第（二）项规定的扣除率调整为11%；第（三）项规定的扣除率调整为按本条第（一）项、第（二）项规定执行。
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