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ceRNA套路解析:lncRNAs-miRNA-mRNA的爱恨情仇!

很久很久以前,非编码家族有个同门师兄弟—大师兄lncRNAs,小师弟miRNA,有一天他们爱上了同一个姑娘mRNA,然而这个姑娘更喜欢大师兄,于是小师弟心生妒忌将其囚禁……


咳咳,小编最近迷上了武侠剧,一不小心就入戏了。言归正传,今天为大家分享一篇近期发表在Molecular Cancer杂志(IF:7.776)中一篇lncRNAs通过作为miRNA的竞争性RNA(ceRNA)的相关研究,文献链接地址:https://doi.org/10.1186/s12943-018-0870-5。


首先介绍下文章背景
卵巢癌是世界上最常见的女性生殖系统恶性肿瘤之一,发病率高,死亡率高。由于早期难以发现,因此大多数卵巢癌易发生转移。


研究发现,上皮-间质转化(EMT)在肿瘤细胞转移中起关键作用。而转化生长因子-β信号通路(TGF-β)是其主要诱导因子,除此之外TGF-β也可通过激活ZEB1,ZEB2,SNAI1,SNAI2,TWIST1和TWIST2等多种转录因子进而直接或者间接抑制E-cadherin 的启动子。


迄今为止,大量非编码RNA(ncRNA)已被发现参与控制基因表达和激活途径,包括EMT过程的激活和抑制,进而参与癌症和其他疾病的发展。此外,许多研究表明lncRNAs通过作为miRNA的竞争性RNA(ceRNA)在肿瘤发生,侵袭,转移和耐药性中发挥关键作用。


在本篇研究中,作者在间质亚型卵巢癌中构建了一个lncRNA介导的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,作者假设PTAR可能作为 miR-101的竞争性内源性lncRNA起作用,进而调控TGF-β诱导的EMT现象,参与 OvCa的侵袭-转移过程。


----------------正文解读----------------


一:作者运用生物信息学分析发现卵巢癌的iM亚型特异性ceRNA网络:包含7个miRNA,14个lncRNA和12个EMT相关编码基因。根据ceRNA的假设,EMT基因和miRNA的表达以及lncRNA和miRNA应呈现负相关。于是作者确定研究ceRNA对-ZEB1,miR-101-3p和lncRNA AP000695.4:间质化OvCa亚型样品中ZEB1显著上调,与lncRNA AP000695.4(PTAR)的表达水平正相关,与miR-101-3p表达呈负相关。

二:为了确定PTAR对卵巢癌肿瘤发生和转移的影响,作者构建裸鼠异种移植肿瘤模型。种植sh-PTAR OvCa细胞的裸鼠体内肿瘤淋巴结的大小和总数较对照组裸鼠高。同时,肿瘤结节数和肿瘤重量也显著低于对照组。此外,免疫组化、Western blot、qRT-PCR 结果显示PTAR敲减组中E-cadherin表达增加而FN1,ZEB1和vimentin 表达降低。即敲减PTAR能够抑制卵巢癌肿瘤发生以及EMT现象。

三:接下来,作者向OvCa细胞中进行PTAR的过表达,划痕实验、侵袭实验结果显示PTAR的过表达能够增强SKOV3和A2780细胞的细胞迁移与侵袭能力,而联用miR-101处理后这些现象被阻断。此外,过表达PTAR可以导致OVCAR3细胞中E-钙粘蛋白的下调和ZEB1的上调,而当PTAR与miR-101 mimics共转染时,EMT受到抑制。以上实验表明PTAR的表达能够促进EMT的发生,但在miR-101的过表达后其作用被逆转。


四:TGF-β1可以诱导细胞迁移侵袭能力增加,上调间质化marker表达,但敲减PTAR后这些过程受到抑制,而当加入miR-101抑制剂后,这种抑制作用被解除。以上表明PTAR的沉默能够减弱了TGF-β1诱导的卵巢癌细胞的发生,可能通过调节miR-101的表达参与这一过程。

五:接下来,作者验证了PTAR是否通过充当ceRNA来调节miR-101的表达和活性。当运用10 ng/ml TGF-β1 处理SKOV3 、A2780 细胞48h后, PTAR 表达上调,而miR-101 表达下调。敲减PTAR后,miR-101 表达上调。于是作者构建PTAR的荧光素酶报告载体,包括 miR-101预测的结合位点的野生型或突变型质粒。结果发现 PTAR-WT 与miR-101 共转,荧光素活性降低50%。以上实验证明PTAR通过充当ceRNA而抑制miR-101的表达和活性。

六:据报道,在肝细胞癌和卵巢癌中的,EMT现象能够被 miR-101抑制。为了验证抑制miR-101是否促进OvCa细胞中的EMT进程,作者在OvCa细胞沉默miR-101后发现, E-cadherin 表达下调,vimentin 和FN1表达上调。此外,划痕以及侵袭实验表明抑制 miR-101能够促进SKOV3细胞和A2780细胞的迁移。进一步的研究表明,miR-101的过表达抑制了SKOV3细胞中ZEB1的mRNA以及蛋白质水平。以上实验表明ZEB1是miR-101的直接靶标之一,并调控miR-101对OvCa细胞中EMT现象的发生以及细胞迁移的影响。

七:最后为了进一步验证miR-101的功能,作者在SKOV3和A2780细胞中过表达 miR-101 ,结果发现miR-101能够抑制OvCa细胞中细胞迁移、侵袭能力,抑制EMT现象的发生。

通过以上的实验,作者证明PTAR可以作为miR-101的竞争性RNA(ceRNA)来抑制miR-101的表达,进而导致ZEB1表达上调,促进卵巢癌细胞中的EMT现象的发生,促进卵巢癌细胞的恶性化进程。

哎呀,故事好像还没有讲完,大师兄lncRNAs技高一筹,打败了小师弟,救出了心爱的姑娘,过上了幸福的生活……


ceRNA的机制就介绍到这里啦,希望可以为大家进行非编码RNA研究提供思路。


参考文献:

Liang Haihai,Yu Tong,Han Yue et al. LncRNA PTAR promotes EMT and invasion-metastasis in serous ovarian cancer by competitively binding miR-101-3p to regulate ZEB1 expression.[J] .Mol. Cancer, 2018, 17(1): 119.


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