对于符合规定应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于按规定税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算，税务机关确定应进行清算的项目，纳税人应当在收到税务机关下达的清算通知之日起90日内办理清算手续。
清算时，根据《土地增值税暂行条例》及实施细则及有关法规的规定，纳税人清算土地增值税时应提供的资料包括下面几项：
一是房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况。
二是项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件。
三是纳税人委托税务中介机构审核身份证签证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款签证报告》。
主管税务机关收到纳税人提供的清算资料后，对符合清算条件的项目，且报送的清算资料完备的，予以受理；对纳税人符合清算条件但报送的清算资料不完备的，应要求纳税人在规定期限内补报，纳税人在规定期限内补齐清算资料后，予以受理；对不符合清算条件的项目，不予受理。具体期限由各省、自治区、直辖市、计划单列市税务机关确定。主管税务机关已受理的清算申请，纳税人无正当理由不得撤销
