腐植酸类肥料含有大量的有机质和有机胶体，可将分散的无结构土粒胶结在一起。形成遇水不易松散的水稳性团粒。从而使土壤孔隙度增加，容重减少，土壤通气性、透水性和保墒能力得到加强，耕性变好。对于改良过黏、过砂的贫瘠土壤有良好的效果。
腐殖酸具有较高的阳离子交换量，通常可达300~500cmol(+)/kg。因此，在我国南方红黄壤地区施用，可以络合游离的铁、铝离子，形成络合物，提高磷肥利用率。在北方盐碱土上施用，可对土壤中的钠（Na﹢）、钙（Ca²﹢）、镁（Mg²﹢）、铁（Fe³﹢）、铝（Al³﹢）、氯（Cl﹣）、硫酸根（SO²4﹢）等具有很强的交换能力和吸附作用，降低土壤溶液中的氯化物、硫酸盐浓度，减少盐分对作物的危害，可以增强土壤的缓冲能力。（上面元素符号因为键盘输入无法匹配，格式不太规范，二价、三价等因为不是学术研究，没有具体标注。原文是元素符号，项目组编辑为中文元素，下文同格式，不足之处还请谅解）。
二、营养作用
腐植酸类肥料除含腐植酸外还含有一定数量的速效性氮、磷、钾养分，可供作物吸收。此外，由于腐植酸吸附能力强，能活化土壤中的矿质元素，如磷、钾、钙、镁和微量元素，使养分有效性提高。腐植酸吸附铵根正离子（NH4﹢）的能力强，与铵态氮肥配合施用，可以提高磷的有效性，减少磷的固定。同时，腐植酸能刺激根系发育，增大根系与肥料的接触面积和增加根系分泌有机酸的数量，从而提高根系对难溶性养分的利用率。
此外，黄腐酸等低分子的腐植酸对含钾的硅酸盐、钾长石等有溶蚀作用，可缓慢分解，增加钾的释放。腐植酸的螯合作用对微量元素也有活化作用，它能使难溶的微量元素形成可溶性的螯合物，供根部吸收，并有助于它们从根部向上运转。
三、刺激作用
主要表现在能促进作物种子萌发、提高种子出苗率，促进根系生长，提高根系吸收水分和养分的能力，增加分蘖（枝）和提早成熟。腐植酸类肥料产生刺激作用的主要原因在于腐植酸分子结构中存在着酚类和醌基，它们参与作物体内的氧化还原过程、加强作物体内多种酚，如酚氧化酶、过氧化氢酶、抗坏血酸氧化酶等的活性。
多酚-醌体系，既是氧的活化剂，又是氢的载体，故能促进作物的呼吸作用，增加养分吸收量和干物质累积量，有利于作物的生长发育和增产。
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