五运六气学说（简称“运气学说”），首见于《素问》的天元纪大论、五运行大论、六微旨大论、气交变大论、五常政大论、六元正纪大论、至真要大论诸篇，认为一岁中五运六气的变化，对人类和自然界其他方面有直接的影响，对当年或某个节气某种疾病的发生、病势的轻重有直接的关系，从而定出各种经得起客观实践检验的、至今仍然沿用的治疗法则。因其内容丰富、涉及面广，所以都用“大论”标其篇名。
自宋元以至明清，运气学说被广泛地应用于中医学，为预防和治疗疾病的理论依据之一。北宋时代的《圣济总录》、明朝初年的《普济方》等书都把运气学说列为专篇。明代张景岳的《类经》专辟“运气类”一项，备引《内经》有关论述，详加注释和阐发。清代吴谦等编的《医宗金鉴》亦列“运气”专篇，对运气学说的有关内容作了简要的说明。高明如刘河间、张元素、叶天士、吴鞠通诸贤，皆对此一学说有深刻的研究，并用之指导临床实践。刘河间说：“不知运气而求医无失者，鲜矣。”马莳说：“五运行大论……至真要大论诸篇，皆论五运六气南北政，凡天时、民病、人事等义，至详至备，为医籍中至宝。”足见不少医家对于运气学说都是十分重视的。
但气有常变，病有盛衰，所以有时会有“某气司天属阴寒，今反炎热；某运太过，今反不及”的情况出现，以致有的医家则持“运气不足凭”之说，谓运气学说“其实无关医道”，如缪仲淳、张飞畴等人便是。
《内经》在论证“运气”对于疾病的发生有密切关系的同时，对于不按“运气”规律发病的问题，也作了详细的说明，归纳起来，约有以下几点。
一、相同的邪气，可有不同的程度。
如《六元正纪大论》说：“余司其事，则而行之，不合其数何也？岐伯曰：'气用有多少，化洽有盛衰。盛衰多少，同其化也。’”此言六气致病有多有少，化而为病即有盛有衰。多者盛而少者衰，是病邪与化出的证候情况一致的反应。
二、病势的轻重，可由误治而成。
如《六元正纪大论》说：“岐伯曰：'发表不远热，攻里不远寒。’帝曰：'不发不攻，而犯寒热，何如？’岐伯曰：'寒热内贼，其病益甚。’”指出这种寒、热重症完全是人为的，与“运气”无关。
三、致病之气，不一定按“运气”的规律出现。
如《至真要大论》说“时有常位，而气无必也”，明确地指出了非其时亦会有其气的。
四、五运六气固然可以影响气候，但地理环境却是决定气候的重要因素。
如《六元正纪大论》说：“至高之地，冬气常在；至下之地，春气常在，必谨察之。”所以，必须时、地互参，不能单纯强调一面。
五、治疗法则，应以具体的病证为依据。
如《至真要大论》说：“气有高下，病有远近，证有中外，治有轻重，适其至所为故也。”所以，宋代的《三因方》《圣济总录》等书，按年辰运气列出方药的做法，显然是不对的。
此外，近世防疫工作的普遍开展，阻止了某些疾病的发生和流行，“人定胜天”地打破了部分疾病原定的发生、流行规律。
所以，我们既要重视运气学说中揭示的发病规律，又要具体情况具体分析，不要“惟务按图索骥”。张景岳以其亲身体验，一方面肯定“五六之义，逐气推测，则彼此盈虚，十应七八”。另一方面又认为，“徒欲以有限之年辰，概无穷之天道，隐微幽显，诚非易见”是值得我们借鉴的。
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