慢性乙型肝炎是由于乙肝病毒（HBV）复制，激活了机体对病毒的免疫反应，由此介导对肝细胞和肝脏组织的损伤。因此，要减轻肝脏组织的炎症和延缓肝脏疾病的进展，可通过核苷类似物（NA）有效地抑制病毒复制，减少病毒对免疫系统的刺激得以实现，或通过免疫调节药物，提高人体对HBV的免疫控制能力和清除病毒感染的肝细胞来实现。
但是患者对病毒的清除和感染的转归，依赖于人体的HBV特异性细胞免疫。免疫控制和表面抗原（HBsAg)消失已经成为慢性乙型肝炎抗病毒治疗追求的目标。换句话说，慢性乙型肝炎患者的抗病毒疗效决定于病毒和人体之间的平衡。比如说，慢性HBV感染之所以难于从感染中恢复，是因为HBV DNA、DNA多聚酶和X蛋白(乙肝病毒表达的一种蛋白）可抑制干扰素-α信号转导途径，导致干扰素难于达到有效地、直接抑制病毒复制的能力。
另外，乙肝病毒标志物HBeAg可以抑制树突状细胞的产生和成熟，能够抑制HBV特异性细胞免疫功能。树突细胞(dendritic cell）也称DC细胞，一种既具分支或树突状形态及吞噬功能，又能提呈抗原的细胞。怎么理解呢？它就像人体的“哨兵”一样，既能识别外来性的抗原（比如乙肝病毒等），也能把信号传至淋巴器官，再激活T细胞的免疫应答。所以，树突状细胞是启动、调控和维持免疫应答的中心环节。
大三阳携带者就是因为HBeAg阳性，对HBV特异性的免疫功能有较强的抑制作用。所以，大部分的大三阳携带者由于乙肝病毒对免疫的持续抑制，表现出了病毒和免疫系统和平共处的假象，这就是免疫耐受期的主要免疫学表现之一。为什么说是假象？因为这种和平共处不是真正的相处和谐，是乙肝病毒入侵人体后，对机体发起的主动“攻击”，免疫系统表现出的“暂时性妥协”。
此外，HBsAg对人体的细胞免疫功能产生更为广泛的抑制，既能抑制T细胞的抗病毒活性，也能损伤树突状细胞的成熟和功能。所以，在慢性HBV感染者中，乙肝病毒可以从HBV NDA、HBeAg、HBsAg三个层次对机体免疫功能造成广泛的抑制。三个指标的水平越高，对免疫功能抑制就越强，临床疗效就越差。只有当HBV DNA阴性、HBeAg阴性（或抗-HBe阳性）和HBsAg消失时，才认为患者从感染中恢复。
在2019年的慢乙肝治疗指南中，明确说明了当HBV DNA阳性，ALT升高时，需要抗病毒治疗。慢性HBV感染时，谷丙转氨酶（ALT）升高表面肝脏存在炎症，也意味着机体对HBV感染免疫反应的激活，ALT越高，免疫激活可能越充分，所以高ALT水平患者有更高的HBeAg血清转换率，（换句话说，大三阳转为小三阳的机会就更大）。多年的临床治疗经验表明，真正处于免疫耐受期的药物疗效极差，难于达到免疫控制。
因此，慢性乙型病毒性肝炎患者的抗病毒治疗，特别是干扰素治疗需要选择优势患者，只有优势患者才能通过干扰素达到免疫控制和功能性治愈的目标，其中ALT水平是个很重要的参考因素，如果ALT能显著升高（大于200U/L），可以明显提高抗病毒的疗效，尤其对于初治使用干扰素尝试功能性治愈的人群来说，ALT的高水平是增加功能性治愈概率的有利因素之一。
总之，认识免疫耐受期的免疫学特征，选择好的抗病毒时机和治疗方案，尽快解除乙肝病毒对免疫功能的抑制，才能缩短疗程，提高疗效，更有机会实现功能性治愈。
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